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Yorodumi- PDB-4mij: Crystal structure of a Trap periplasmic solute binding protein fr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mij | |||||||||
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Title | Crystal structure of a Trap periplasmic solute binding protein from Polaromonas sp. JS666 (Bpro_3107), target EFI-510173, with bound alpha/beta D-Galacturonate, space group P21 | |||||||||
Components | TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit | |||||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics | |||||||||
Function / homology | Function and homology information carbohydrate transport / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Polaromonas (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.1 Å | |||||||||
Authors | Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Zhao, S. / Stead, M. / Washington, E. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Zhao, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Jacobson, M.P. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | |||||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2015 Title: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes. Authors: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...Authors: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. / Seidel, R.D. / Quinn, R.J. / Osterman, A.L. / Cronan, J.E. / Jacobson, M.P. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4mij.cif.gz | 195.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4mij.ent.gz | 156.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4mij.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4mij_validation.pdf.gz | 474.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4mij_full_validation.pdf.gz | 475.4 KB | Display | |
Data in XML | 4mij_validation.xml.gz | 18.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4mij_validation.cif.gz | 29.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/4mij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/4mij | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ln5SC 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 36651.281 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Polaromonas (bacteria) / Strain: JS666 / ATCC BAA-500 / Gene: Bpro_3107 / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q128M1 |
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-Sugars , 2 types, 2 molecules
#4: Sugar | ChemComp-GTR / |
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#5: Sugar | ChemComp-ADA / |
-Non-polymers , 3 types, 506 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.82 Å3/Da / Density % sol: 32.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: Protein (50 mg/ml, 10 mM Hepes, pH 7.5, 10 mM Galacturonate, 5 mM DTT); Reservoir (0.8 M Lithium Chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, 32 %(w/v) PEG 4000, (MCSG1 C9)); Cryoprotection (20% Ethylene ...Details: Protein (50 mg/ml, 10 mM Hepes, pH 7.5, 10 mM Galacturonate, 5 mM DTT); Reservoir (0.8 M Lithium Chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, 32 %(w/v) PEG 4000, (MCSG1 C9)); Cryoprotection (20% Ethylene Glycol, 80% of Reservoir), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jul 23, 2013 / Details: MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.1→63.341 Å / Num. all: 104054 / Num. obs: 104054 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 7.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 9.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 4LN5 Resolution: 1.1→34.665 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.9224 / SU ML: 0.09 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Phase error: 14.11 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 48.16 Å2 / Biso mean: 13.8665 Å2 / Biso min: 5.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.1→34.665 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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