PDB-4n8g: Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n8g

タイトル

Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein from Chromohalobacter salexigens DSM 3043 (Csal_0660), Target EFI-501075, with bound D-alanine-D-alanine

要素

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRAP periplasmic solute binding family / Enzyme Function Initiative / EFI / structural genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chromohalobacter salexigens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.502 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2013年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n8g.cif.gz	740.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n8g.ent.gz	629.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n8g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/4n8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/4n8g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1os7-d 5txl-1 4cqn-2 2rka-d 4cqn-1 3bsc-d 6kdn-1 6fjy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510075

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

B: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

C: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

D: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

162 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
40.5 kDa, 1 ポリマー
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3

B: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
40.4 kDa, 1 ポリマー
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4

C: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
40.4 kDa, 1 ポリマー
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5

D: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
40.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.536, 67.964, 276.012
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit / TRAP periplasmic solute binding protein 分子量: 40153.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chromohalobacter salexigens (バクテリア) 株: DSM 3043 / ATCC BAA-138 / NCIMB 13768 / 遺伝子: Csal_0660 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1QZT7
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-DAL / D-ALANINE / D-アラニンタイプ: D-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	THIS ENTRY CONTAINS THE LIGAND D-ALANINE-D-ALANINE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.72 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 10 mg/mL protein in 10 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-Ala-D-Ala, reservoir: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M acetate, pH 4.5, 1.26 M ammonium sulfate, cryoprotection: 4:1 2.0 M lithium ...詳細: 10 mg/mL protein in 10 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-Ala-D-Ala, reservoir: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M acetate, pH 4.5, 1.26 M ammonium sulfate, cryoprotection: 4:1 2.0 M lithium sulfate:reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.72 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 10 mg/mL protein in 10 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-Ala-D-Ala, reservoir: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M acetate, pH 4.5, 1.26 M ammonium sulfate, cryoprotection: 4:1 2.0 M lithium ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月10日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.502→138.006 Å / Num. all: 197113 / Num. obs: 196106 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 14.62 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / R_sym value: 0.092 / Χ²: 1.228 / Net I/σ(I): 6.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.502-1.53	7.5	0.779	19017	0.794	1	100
1.53-1.55	7.5	0.696	18985	0.813	1	100
1.55-1.58	7.6	0.577	19001	0.825	1	100
1.58-1.62	7.6	0.502	18927	0.838	1	100
1.62-1.65	7.6	0.432	19001	0.848	1	100
1.65-1.69	7.6	0.379	18965	0.862	1	100
1.69-1.73	7.6	0.323	18965	0.878	1	100
1.73-1.78	7.6	0.278	19056	0.892	1	100
1.78-1.83	7.6	0.233	18867	0.919	1	100
1.83-1.89	7.5	0.228	19066	0.984	1	100
1.89-1.96	7.5	0.194	18939	1.589	1	100
1.96-2.04	7.7	0.127	18988	0.997	1	100
2.04-2.13	7.6	0.102	18995	1.045	1	100
2.13-2.24	6.7	0.118	18036	1.569	1	94.9
2.24-2.38	6.8	0.118	18737	2.084	1	99.2
2.38-2.56	7.3	0.097	19010	2.135	1	100
2.56-2.82	7	0.088	18998	2.388	1	100
2.82-3.23	7	0.065	18926	1.906	1	99.7
3.23-4.07	6.2	0.043	18480	1.539	1	97.2
4.07-100	6.6	0.031	18546	1.079	1	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ削減
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.502→30.869 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.9051 / SU ML: 0.13 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 16.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.181	9813	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1586	-	-	-
all	0.1598	194898	-	-
obs	0.1598	194898	98.88 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.9 Å² / B_iso mean: 19.8039 Å² / B_iso min: 7.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.502→30.869 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10141	0	53	1382	11576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10486
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.234	14260
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1526
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1931
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.601	3928

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.502-1.519	0.248	288	0.202	6012	6300	96
1.519-1.5369	0.2217	312	0.1834	6156	6468	100
1.5369-1.5556	0.2198	343	0.1811	6152	6495	100
1.5556-1.5753	0.2109	338	0.1694	6181	6519	100
1.5753-1.596	0.1795	344	0.1623	6138	6482	100
1.596-1.6179	0.1923	337	0.1609	6142	6479	100
1.6179-1.641	0.1879	337	0.1525	6189	6526	100
1.641-1.6655	0.1787	361	0.1479	6113	6474	100
1.6655-1.6915	0.1813	323	0.1478	6209	6532	100
1.6915-1.7193	0.1801	337	0.1458	6205	6542	100
1.7193-1.7489	0.1717	295	0.1467	6208	6503	100
1.7489-1.7807	0.1835	322	0.1397	6200	6522	100
1.7807-1.815	0.1906	342	0.1394	6150	6492	100
1.815-1.852	0.1772	338	0.1416	6193	6531	100
1.852-1.8923	0.2231	309	0.1983	5942	6251	95
1.8923-1.9363	0.3097	306	0.2877	5926	6232	95
1.9363-1.9847	0.184	286	0.1641	6096	6382	97
1.9847-2.0383	0.1833	315	0.1374	6204	6519	100
2.0383-2.0983	0.1496	321	0.1294	6252	6573	100
2.0983-2.166	0.1643	322	0.1368	6185	6507	100
2.166-2.2434	0.203	310	0.2016	5776	6086	92
2.2434-2.3332	0.2336	340	0.2075	5956	6296	96
2.3332-2.4394	0.1408	306	0.128	6286	6592	100
2.4394-2.5679	0.1672	336	0.1402	6233	6569	100
2.5679-2.7287	0.1671	346	0.1434	6314	6660	100
2.7287-2.9392	0.1611	331	0.1509	6263	6594	100
2.9392-3.2347	0.1714	357	0.1528	6300	6657	100
3.2347-3.7021	0.1687	323	0.1511	6256	6579	98
3.7021-4.6617	0.1455	336	0.1296	6310	6646	98
4.6617-30.8751	0.1933	352	0.1842	6538	6890	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.142	-0.6492	0.286	1.1514	-0.0467	0.5674	-0.0053	-0.1203	-0.059	0.1879	-0.0715	-0.2091	0.0639	0.1477	0.0588	0.1437	-0.0091	-0.028	0.1437	0.0333	0.1306	14.2934	27.3621	135.393
2	0.8397	0.3433	0.0625	0.7571	-0.2921	0.5633	-0.0656	0.0712	-0.043	-0.0088	0.0313	-0.0774	0.0125	0.0689	0.0342	0.1021	-0.013	0.0165	0.1075	-0.0083	0.1151	7.7626	28.3317	118.7794
3	1.0082	0.0002	-0.1771	0.884	-0.5643	0.9547	-0.0173	0.0104	0.0579	0.0613	0.0393	0.0249	-0.0412	-0.0049	-0.0101	0.1378	-0.0214	0.0181	0.1135	-0.0126	0.1273	-11.5585	35.5973	124.9434
4	1.397	0.0336	-0.0717	0.5137	-0.3127	0.8858	-0.0912	0.0041	-0.0905	-0.0029	-0.0233	-0.1168	0.0539	0.1374	0.082	0.1047	-0.0121	0.0171	0.1093	0.0023	0.1284	10.8229	26.7561	122.3535
5	3.0293	-0.1319	-0.5722	0.5873	-0.0988	0.8523	-0.049	-0.078	-0.2782	0.0844	-0.0254	-0.0325	0.1031	0.1165	0.0709	0.1587	0.0049	0.0143	0.1085	0.0142	0.1301	5.1354	19.3135	131.5643
6	0.596	-0.0223	0.0949	0.4828	-0.0109	0.461	-0.0034	0.0693	0.0165	0.0569	0.0802	0.1311	0.1197	-0.1627	-0.0209	0.1528	-0.0595	0.0054	0.1615	-0.0017	0.1591	-15.2753	25.6683	116.9595
7	1.0864	-0.0066	0.1225	0.6658	-0.1695	0.7218	0.0618	0.2484	-0.1529	-0.1687	0.0274	0.1704	0.0755	-0.0415	-0.0665	0.2091	-0.0444	0.0285	0.2343	-0.0216	0.2204	-4.2866	23.186	102.7664
8	1.2258	0.3877	-0.2813	0.9832	-0.2398	1.6697	-0.0542	0.2341	0.0532	-0.2212	0.1189	0.0719	-0.0938	-0.1665	-0.0565	0.1194	-0.0257	-0.018	0.1564	0.0219	0.1326	-5.0727	56.6322	97.21
9	0.4325	-0.1806	0.0265	0.5508	0.0261	1.0249	0.0185	0.0424	-0.0085	-0.0402	-0.0006	-0.0142	-0.0104	0.0117	-0.0169	0.0959	-0.0227	0.0073	0.0954	0.0002	0.1108	9.1906	51.1114	106.7846
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12	0.121	-0.0547	-0.1741	0.6895	0.2333	0.3569	-0.0696	-0.0634	0.1446	0.2838	0.0382	-0.0614	-0.1038	0.0389	0.0192	0.1912	-0.0578	-0.0334	0.1558	-0.0249	0.175	13.4185	64.4129	125.4187
13	0.6786	0.4701	-0.5306	1.8319	-0.2963	0.4198	0.0518	-0.231	-0.0887	0.3632	-0.2346	-0.4182	-0.3457	0.6623	0.038	0.2261	-0.1145	-0.0304	0.3301	0.0395	0.2397	26.2251	53.6592	115.2177
14	1.3577	0.0887	-0.2366	0.9479	-0.2012	1.1704	0.005	0.0776	-0.0938	-0.0754	-0.0128	0.2499	0.1565	-0.3084	0.0127	0.1456	-0.0657	0.0059	0.187	-0.0315	0.1398	13.438	8.5933	85.1017
15	0.6613	-0.0212	0.1496	0.8369	-0.0375	0.5958	0.0101	-0.0334	0.0148	0.0468	-0.0319	0.043	0.0665	-0.1441	0.0198	0.1064	-0.044	0.0228	0.132	-0.0107	0.1115	23.1487	16.7289	98.046
16	0.6012	0.0941	0.1635	1.0839	0.271	0.9229	0.0243	0.0322	0.0223	0.02	-0.0233	-0.049	0.1175	0.0172	0.0101	0.1389	-0.0081	0.0133	0.1274	0.008	0.1222	41.9828	10.1204	90.3011
17	1.3511	-0.4604	0.0366	0.7459	-0.0687	0.5437	0.0453	-0.0462	-0.1012	-0.0047	-0.0288	0.152	0.1784	-0.1507	-0.0033	0.1795	-0.0699	0.013	0.1406	-0.0022	0.1054	19.5545	6.6441	94.6111
18	0.8527	-0.5697	-0.1541	0.9931	0.0833	0.5087	0.021	-0.0287	-0.0886	0.1432	-0.0359	-0.1437	0.262	0.1623	0.0165	0.2384	0.0195	-0.0206	0.1943	0.02	0.1696	43.5289	7.0939	103.6352
19	1.8288	1.5115	-0.954	1.5885	-0.3083	1.2931	0.1315	-0.5098	-0.043	0.1992	-0.2508	0.0336	-0.079	0.0562	0.0975	0.2218	-0.034	-0.0098	0.2966	0.0088	0.2151	31.0931	17.5503	113.5382
20	0.709	0.1484	0.4581	0.9838	0.4238	0.8298	0.0307	-0.0163	0.0442	0.1351	-0.0108	-0.0732	-0.0058	0.0941	-0.0193	0.1036	-0.0387	-0.0181	0.1401	0.0182	0.1377	48.3827	43.8387	100.1504
21	0.775	0.1011	0.2274	0.6068	0.0994	0.9141	0.0039	-0.119	0.0618	0.0755	-0.0429	-0.0254	-0.0817	-0.032	0.0251	0.1054	-0.0205	0.0077	0.1218	-0.0094	0.1266	31.984	40.4432	92.9096
22	0.9283	-0.0345	0.3186	0.2976	-0.3013	1.4193	0.008	0.0976	0.006	-0.1394	-0.112	0.0011	0.1777	0.0925	0.1028	0.1526	-0.0003	0.0258	0.1135	0.0224	0.1233	39.2783	35.9301	71.2057
23	0.9165	0.3282	0.0684	0.8397	-0.3825	0.9835	-0.002	-0.0446	0.0108	-0.0815	-0.0031	-0.0593	0.1295	0.0025	-0.0094	0.1371	-0.0139	0.0141	0.1263	0.011	0.1223	35.9239	28.2996	76.494
24	0.6344	0.0572	-0.2738	0.569	-0.1283	0.7942	0.0597	-0.0723	0.0566	-0.0187	-0.07	-0.0232	0.0198	0.0784	0.0175	0.0982	-0.0176	0.0038	0.1239	0.0095	0.1296	40.8821	36.9688	84.583
25	0.969	0.1445	-0.2286	1.0517	0.8688	3.0074	0.0935	-0.1317	0.1396	-0.1386	-0.0791	-0.0525	-0.4548	0.0998	0.0108	0.1174	-0.0393	0.0039	0.1271	0.0181	0.1702	44.2589	50.136	89.358
26	0.5388	0.2216	-0.6641	0.535	-0.3396	1.1825	0.0202	0.0497	0.1282	-0.1054	0.0294	-0.0221	0.0507	-0.0586	-0.0418	0.162	-0.0051	0.0046	0.1636	0.0137	0.1533	31.0079	39.8264	69.8612
27	0.7558	0.2657	0.1883	3.725	0.2417	0.3552	0.0132	-0.1289	0.1238	0.0742	-0.1171	0.5663	-0.1544	-0.253	0.0952	0.1867	0.0079	0.0321	0.2557	-0.0167	0.2536	17.9909	43.317	84.475

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 70 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 71 through 151 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 152 through 234 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 235 through 256 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 257 through 291 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 292 through 320 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 321 through 352 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 28 through 70 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 71 through 150 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 151 through 256 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 257 through 290 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 291 through 320 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 321 through 348 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 28 through 70 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 71 through 151 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 152 through 234 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 235 through 291 )	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 292 through 321 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 322 through 343 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 28 through 70 )	D
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 71 through 151 )	D
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 152 through 167 )	D
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 168 through 207 )	D
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 208 through 256 )	D
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 257 through 291 )	D
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 292 through 320 )	D
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 321 through 339 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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