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Yorodumi- PDB-4o7m: Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein fr... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4o7m | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from shewanella loihica PV-4, target EFI-510273, with bound L-malate | ||||||
Components | TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationC4-dicarboxylate transport / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Shewanella loihica (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2015Title: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes. Authors: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...Authors: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. / Seidel, R.D. / Quinn, R.J. / Osterman, A.L. / Cronan, J.E. / Jacobson, M.P. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4o7m.cif.gz | 721 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4o7m.ent.gz | 609.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4o7m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4o7m_validation.pdf.gz | 476.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4o7m_full_validation.pdf.gz | 480.9 KB | Display | |
| Data in XML | 4o7m_validation.xml.gz | 76.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 4o7m_validation.cif.gz | 114.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/4o7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/4o7m | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4ln5C ![]() 4mcoC ![]() 4mevC ![]() 4mhfC ![]() 4mijC ![]() 4mncC ![]() 4mniC ![]() 4mx6C ![]() 4n15C ![]() 4n17C ![]() 4n4uC ![]() 4n6dC ![]() 4n6kC ![]() 4n8gC ![]() 4n8yC ![]() 4n91C ![]() 4napC ![]() 4nf0C ![]() 4ng7C ![]() 4nguC ![]() 4nhbC ![]() 4nn3C ![]() 4nq8C ![]() 4nx1C ![]() 4o8mC ![]() 4o94C ![]() 4oa4C ![]() 4oanC ![]() 4ovpC ![]() 4ovqC ![]() 4ovrC ![]() 4ovsC ![]() 4ovtC ![]() 4p1eC ![]() 4p1lC ![]() 4p3lC ![]() 4p47C ![]() 4p56C ![]() 4p8bC ![]() 4p9kC ![]() 4pafC ![]() 4paiC ![]() 4pakC ![]() 4pbhC ![]() 4pbqC ![]() 4pc9C ![]() 4pcdC ![]() 4pddC ![]() 4pdhC ![]() 4pe3C ![]() 4petC ![]() 4pf6C ![]() 4pf8C ![]() 4pfbC ![]() 4pfiC ![]() 4pfrC ![]() 4pgnC ![]() 4pgpC ![]() 4uabC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 37388.996 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shewanella loihica (bacteria) / Strain: PV-4 / Gene: Shew_1446 / Plasmid: pET / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-LMR / ( #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.09 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Protein (34.4 mg/ml, 10 mM HEPES, 5 mM DTT, 10 mM L-Malate); Reservoir (0.2 M Sodium Citrate, 20% (w/v) PEG 3350); Cryoprotection (Reservoir with 20% Diethylene Glycol), pH 7.5, VAPOR ...Details: Protein (34.4 mg/ml, 10 mM HEPES, 5 mM DTT, 10 mM L-Malate); Reservoir (0.2 M Sodium Citrate, 20% (w/v) PEG 3350); Cryoprotection (Reservoir with 20% Diethylene Glycol), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: RAYONIX 225 HE / Detector: CCD / Date: Nov 8, 2013 / Details: MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.5→118.64 Å / Num. all: 268529 / Num. obs: 268529 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 9.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 10.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.5→22.603 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / FOM work R set: 0.93 / SU ML: 0.11 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Phase error: 13.87 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 53.69 Å2 / Biso mean: 13.7201 Å2 / Biso min: 2.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→22.603 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Shewanella loihica (bacteria)
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