登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bkz |
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タイトル | X-ray structure of E coli AlkB crosslinked to dsDNA in the active site |
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要素 | - Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB
- DNA (5'-D(*DAP*DAP*DCP*DGP*DAP*DTP*DAP*DTP*DTP*DAP*DCP*DCP*DT)-3')
- DNA (5'-D(*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DAP*DCP*DAP*DTP*DCP*DGP*DT)-3')
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キーワード | DNA REPAIR / OXIDOREDUCTASE/DNA / alkylation repair / protein DNA interaction / cross-linking / dioxygenase / OXIDOREDUCTASE-DNA COMPLEX |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
response to methyl methanesulfonate / oxidative RNA demethylation / DNA oxidative demethylase / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding ...response to methyl methanesulfonate / oxidative RNA demethylation / DNA oxidative demethylase / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding / DNA repair / cytosol / cytoplasm類似検索 - 分子機能 Alkylated DNA repair protein AlkB / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta類似検索 - ドメイン・相同性 2-OXOGLUTARIC ACID / : / DNA / DNA (> 10) / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB類似検索 - 構成要素 |
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生物種 |  Escherichia coli K12 (大腸菌) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å |
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データ登録者 | Yi, C. / Yang, C.-G. / He, C. |
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2008 タイトル: Crystal structures of DNA/RNA repair enzymes AlkB and ABH2 bound to dsDNA 著者: Yang, C.-G. / Yi, C. / Duguid, E.M. / Sullivan, C.T. / Jian, X. / Rice, P.A. / He, C. |
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履歴 | 登録 | 2007年12月9日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2008年4月22日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2011年7月13日 | Group: Advisory / Version format compliance |
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改定 1.2 | 2014年5月28日 | Group: Non-polymer description / Structure summary |
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改定 1.3 | 2021年10月20日 | Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id |
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改定 1.4 | 2024年10月30日 | Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature |
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