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万見
- PDB-2w5a: Human Nek2 kinase ADP-bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w5a
タイトルHuman Nek2 kinase ADP-bound
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE NEK2
キーワードTRANSFERASE / SER/THR PROTEIN KINASE / KINASE / NUCLEUS / MEIOSIS / MITOSIS / CYTOPLASM / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / METAL-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING / MAGNESIUM / CELL CYCLE / ATP-BINDING / CENTROSOME SPLITTING / ALTERNATIVE SPLICING / COILED COIL / POLYMORPHISM / CELL DIVISION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of centriole-centriole cohesion / centrosome separation / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / regulation of mitotic centrosome separation / regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of telomere maintenance / blastocyst development / mitotic spindle assembly / intercellular bridge / spindle assembly ...negative regulation of centriole-centriole cohesion / centrosome separation / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / regulation of mitotic centrosome separation / regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of telomere maintenance / blastocyst development / mitotic spindle assembly / intercellular bridge / spindle assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / condensed nuclear chromosome / meiotic cell cycle / chromosome segregation / kinetochore / spindle pole / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / mitotic cell cycle / midbody / protein autophosphorylation / protein phosphatase binding / microtubule / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / ciliary basal body / cilium / protein phosphorylation / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / nucleolus / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Serine/threonine-protein kinase Nek2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Westwood, I. / Bayliss, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Insights Into the Conformational Variability and Regulation of Human Nek2 Kinase.
著者: Westwood, I. / Cheary, D.M. / Baxter, J.E. / Richards, M.W. / Van Montfort, R.L. / Fry, A.M. / Bayliss, R.
履歴
登録2008年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE NEK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3627
ポリマ－32,6621
非ポリマー7006
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.467, 57.103, 80.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE NEK2 / NIMA-RELATED PROTEIN KINASE 2 / NIMA-LIKE PROTEIN KINASE 1 / HSPK 21 / NEK2


分子量: 32662.479 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-271 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P51955, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細C-TERMINAL LEHHHHHH AFFINITY TAG FROM VECTOR SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.04 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 50 MM TRIS, PH 8.5 2-10% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.92
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→26.23 Å / Num. obs: 45663 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 14.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.55→24.74 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 19.18 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 2241 5.1 %
Rwork0.172 --
obs0.173 43905 91.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.36 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7541 Å2-0 Å2-3.968 Å2
2---2.5531 Å20 Å2
3---4.3073 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→24.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2175 0 44 355 2574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9773245
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.264916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004413
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.58370.2295840.22171632X-RAY DIFFRACTION59
1.5837-1.62050.2445900.21631935X-RAY DIFFRACTION68
1.6205-1.66110.24871170.20162222X-RAY DIFFRACTION79
1.6611-1.7060.211270.18992592X-RAY DIFFRACTION91
1.706-1.75610.24331530.18262617X-RAY DIFFRACTION94
1.7561-1.81280.20291530.17582668X-RAY DIFFRACTION95
1.8128-1.87760.18211210.17092728X-RAY DIFFRACTION96
1.8776-1.95270.19871410.17322726X-RAY DIFFRACTION97
1.9527-2.04160.20041590.15852794X-RAY DIFFRACTION98
2.0416-2.14910.17781480.15752771X-RAY DIFFRACTION99
2.1491-2.28370.17161640.15562808X-RAY DIFFRACTION99
2.2837-2.45990.19121610.16052791X-RAY DIFFRACTION99
2.4599-2.70720.16471370.17012829X-RAY DIFFRACTION99
2.7072-3.09820.1971850.16692806X-RAY DIFFRACTION99
3.0982-3.9010.1711570.15852838X-RAY DIFFRACTION100
3.901-24.74250.17521440.16862907X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6560.60710.02470.61980.06540.2259-0.14560.2028-0.2518-0.0670.1025-0.0319-0.0195-0.09950.03560.0422-0.030.0320.0685-0.03770.0673-32.72130.363516.2181
2-0.0260.0484-0.32320.9910.09160.2414-0.25560.0070.1698-0.14420.1689-0.18850.0345-0.02280.00850.1689-0.0152-0.05750.2915-0.03040.0843-22.79733.30281.106
31.10180.63650.10680.84530.43391.2668-0.0090.07210.0237-0.0086-0.03240.08020.0131-0.16960.09220.0189-0.00810.01090.0354-0.00590.0251-19.03598.233719.8479
40.8649-0.34050.17672.74480.1495-1.42550.04580.18340.0222-0.46540.0028-0.06190.0453-0.04040.01840.0902-0.01330.02110.08470.01010.0096-14.62569.004818.3151
50.3074-0.05290.16950.6846-0.0225-0.1826-0.16920.1730.0769-0.4240.26730.29990.0197-0.0954-0.01450.2105-0.0819-0.07550.20390.03640.1201-18.623119.43867.5994
62.7771-0.4011-0.07333.22750.544-0.96380.00480.37560.006-0.51450.03210.1654-0.1405-0.0981-0.05860.1103-0.02-0.01880.05420.00740.0115-7.13421.635914.9434
70.90110.38510.0682-0.08120.47071.0777-0.07150.11380.06580.00550.0012-0.0488-0.185-0.0345-0.01010.0629-0.00720.00530.02680.00790.0161-5.98328.632521.6295
80.41210.48-0.05060.9248-0.5070.5395-0.05620.0613-0.1114-0.08090.0665-0.20170.08880.00630.03640.0472-0.01320.03350.0221-0.01160.0471-0.60112.089123.3782
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 3-36
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 37-63
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 64-128
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 129-156
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESID 157-184
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND RESID 185-214
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND RESID 215-252
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND RESID 253-279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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