PDB-4pf8: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pf8

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM SULFITOBACTER sp. NAS-14.1 (TARGET EFI-510299) WITH BOUND BETA-D-GALACTURONATE

要素

TRAP-T family transporter, DctP (Periplasmic binding) subunit

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfitobacter sp. NAS-14.1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2014年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月9日	Group: Structure summary
改定 1.2	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.3	2015年10月7日	Group: Experimental preparation
改定 1.4	2015年10月14日	Group: Non-polymer description
改定 1.5	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.6	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pf8.cif.gz	358.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pf8.ent.gz	297.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pf8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/4pf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/4pf8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqSC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xeq-4 4ovp-2 4xeq-1 4xeq-3 6hzv-3 4oa4-1 3i36-d 4mni-d 5i7i-1 4ovq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510299

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRAP-T family transporter, DctP (Periplasmic binding) subunit

B: TRAP-T family transporter, DctP (Periplasmic binding) subunit

ヘテロ分子

73.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: TRAP-T family transporter, DctP (Periplasmic binding) subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TRAP-T family transporter, DctP (Periplasmic binding) subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.979, 58.014, 62.968
Angle α, β, γ (deg.)	115.620, 104.690, 94.160
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

biological unit is a monomer

#1: タンパク質

TRAP-T family transporter, DctP (Periplasmic binding) subunit

分子量: 36722.688 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-331 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Sulfitobacter sp. NAS-14.1 (バクテリア)
遺伝子: NAS141_03681 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3T0C3

#2: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#3: 糖

ChemComp-GTR / beta-D-galactopyranuronic acid / beta-D-galacturonic acid / D-galacturonic acid / galacturonic acid / β-D-ガラクトピラヌロン酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O₇

識別子	タイプ	プログラム
DGalpAb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-galactopyranuronic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GalpA	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalA	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 766 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein (31.8 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-Galacturonate); Reservoir (2.4 M Sodium Malonate pH 7.0); Cryoprotection (80% Reservoir + 20% Diethylene Glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月2日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→53.85 Å / Num. obs: 106185 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 14.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 414615

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	% possible all
1.5-1.53	4	0.698	2.3	20449	5175	0.406	93.6
8.22-53.85	3.3	0.093	22.8	1583	484	0.06	71.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OVQ

4ovq

解像度: 1.5→27.923 Å / FOM work R set: 0.9075 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 16.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.165	10400	5 %	Random Selection
R_work	0.1473	197409	-	-
obs	0.1482	106184	92.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 56.58 Å² / B_iso mean: 18.16 Å² / B_iso min: 4.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→27.923 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4586	0	28	766	5380
B_iso mean	-	-	7.41	32.77	-
残基数	-	-	-	-	600

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4756
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.299	6447
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	706
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	845
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.929	1757

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5-1.5171	0.28	403	0.2633	6413	6816	93
1.5171-1.5349	0.2638	376	0.2531	6620	6996	92
1.5349-1.5536	0.2386	361	0.2452	6505	6866	93
1.5536-1.5733	0.266	346	0.2322	6725	7071	93
1.5733-1.594	0.2615	301	0.2216	6445	6746	93
1.594-1.6158	0.2064	304	0.2097	6856	7160	93
1.6158-1.6389	0.2153	344	0.2051	6518	6862	93
1.6389-1.6634	0.226	351	0.1954	6683	7034	94
1.6634-1.6893	0.2088	366	0.187	6634	7000	94
1.6893-1.717	0.1989	367	0.18	6678	7045	94
1.717-1.7466	0.1854	324	0.1707	6771	7095	94
1.7466-1.7784	0.2106	323	0.1691	6623	6946	94
1.7784-1.8126	0.1877	330	0.1614	6778	7108	94
1.8126-1.8496	0.1663	405	0.1499	6707	7112	95
1.8496-1.8898	0.1757	353	0.148	6631	6984	94
1.8898-1.9337	0.1667	374	0.1424	6684	7058	94
1.9337-1.9821	0.1537	288	0.1344	6644	6932	94
1.9821-2.0357	0.1535	372	0.1346	6710	7082	94
2.0357-2.0956	0.1458	374	0.132	6671	7045	94
2.0956-2.1632	0.1518	358	0.1281	6705	7063	94
2.1632-2.2404	0.1575	393	0.1341	6703	7096	94
2.2404-2.3301	0.1488	352	0.1244	6590	6942	93
2.3301-2.4361	0.1651	349	0.124	6574	6923	93
2.4361-2.5645	0.16	322	0.1361	6669	6991	93
2.5645-2.725	0.1458	346	0.1392	6586	6932	93
2.725-2.9352	0.1524	327	0.1373	6531	6858	92
2.9352-3.2302	0.1638	367	0.1427	6312	6679	89
3.2302-3.6967	0.1529	339	0.1253	6318	6657	90
3.6967-4.6539	0.1185	298	0.117	6265	6563	88
4.6539-27.9277	0.1577	287	0.1606	5860	6147	82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6126	-1.024	-0.3227	1.9211	0.1255	1.0339	0.052	0.201	-0.2882	-0.2959	-0.0996	-0.0321	0.5295	0.1991	0.0183	0.1941	0.0533	0.0238	0.1195	-0.0093	0.1129	9.2024	5.5416	0.3065
2	3.0735	-0.4167	-0.2798	2.3421	-0.7174	1.0215	-0.0993	-0.2463	-0.0437	0.2538	0.0467	-0.0286	-0.0176	0.0475	0.0408	0.1017	0.0075	-0.0027	0.1044	0.0234	0.0616	4.9914	12.0156	13.0639
3	1.0433	-1.0754	0.4464	3.0213	-0.1595	0.5917	-0.0632	-0.1408	0.0424	0.2548	0.0117	-0.1626	-0.0675	0.03	0.0458	0.0802	-0.015	-0.0072	0.1077	-0.0046	0.0925	8.5308	23.914	8.5162
4	1.203	-0.2412	0.77	1.5341	-1.2294	3.0824	-0.0804	0.1028	0.0812	0.0601	-0.1455	-0.4599	-0.128	0.4162	0.1937	0.0856	-0.0277	-0.0203	0.1586	0.0229	0.1859	16.5233	26.1829	3.6649
5	1.2982	-0.2873	0.1108	0.8981	-0.3083	1.0383	0.0634	0.039	0.1142	-0.0349	-0.0488	0.0095	-0.1038	-0.0274	0.0012	0.0759	-0.0242	-0.009	0.0472	0.0068	0.0613	-2.9425	28.5321	2.1051
6	1.4439	-0.0501	0.0671	2.9226	0.2313	1.3982	-0.0581	-0.0726	0.1068	0.1184	0.1123	-0.142	-0.1143	0.0125	-0.0491	0.0952	-0.002	0.0022	0.0864	-0.0075	0.0837	-8.0164	27.6596	11.0181
7	0.8917	-0.403	-0.0558	1.0303	-0.1601	0.6921	-0.014	0.0073	0.0097	-0.0317	-0.0033	-0.0609	0.026	0.0246	0.0133	0.0575	-0.0143	-0.002	0.0642	0.0096	0.0417	-0.4676	20.4649	3.0857
8	3.4108	-1.2105	0.5049	1.6972	-0.8607	1.3646	0.0577	0.2541	0.0711	-0.1893	-0.1775	-0.1589	0.1989	0.237	0.0891	0.1304	0.0176	0.0256	0.1299	0.0035	0.0568	7.557	16.1596	-6.718
9	1.9954	-0.1165	0.2463	2.3859	0.0876	0.8945	-0.2439	-0.0337	0.4166	0.0518	0.1755	-0.4154	-0.3178	0.179	0.0814	0.1652	-0.0131	0.0031	0.1428	-0.0284	0.2148	3.6914	38.2856	5.7692
10	2.3764	-1.3089	0.0548	3.2618	-0.3424	1.4575	-0.0496	-0.1993	0.0417	0.1295	0.0266	-0.3337	0.2031	0.4493	0.0203	0.1028	0.0304	-0.0093	0.1534	0.0162	0.0967	3.5219	-1.2334	28.5532
11	2.4602	-0.1569	-0.1574	2.7561	-0.3674	1.3836	0.0245	0.1652	0.0373	-0.263	-0.0606	-0.0451	0.0248	0.0712	0.0225	0.1024	0.0078	0.0234	0.0918	0.0083	0.077	-3.2239	3.2389	16.0681
12	2.3615	-0.5601	0.2805	0.6933	0.2162	0.5049	-0.0003	0.1663	-0.0695	-0.0942	0.0028	0.0128	0.0272	-0.0357	0.0093	0.1055	-0.0103	0.0022	0.0802	0.0073	0.0853	-14.6791	-1.2478	20.6255
13	2.9361	-0.466	-3.2765	1.1447	0.5558	5.1074	-0.185	-0.0706	-0.4183	0.0661	-0.0974	0.0542	0.3567	0.0152	0.2479	0.1407	-0.0202	0.0038	0.0984	0.0064	0.1449	-17.1485	-9.6947	25.4327
14	0.5742	0.059	-0.1398	0.5318	0.0505	0.9708	-0.0449	-0.08	0.065	0.0762	0.0541	0.0696	-0.0202	-0.1066	0.0012	0.0729	-0.0129	0.0135	0.0827	-0.0037	0.0826	-20.0154	9.5825	27.1288
15	3.6503	-1.0825	0.4439	3.6125	0.0465	1.15	0.0538	0.0288	-0.2875	-0.0378	-0.0372	0.2849	0.0541	-0.1423	-0.0089	0.0898	-0.0095	-0.0114	0.1211	0.0235	0.1167	-23.6696	12.5976	17.9694
16	1.0067	-0.441	-0.0725	0.5683	-0.0559	0.8177	-0.0148	-0.0167	0.0641	0.0298	0.0132	-0.0435	-0.0521	0.0001	0.002	0.0718	-0.0134	-0.0048	0.0577	-0.0072	0.0662	-12.8356	10.8571	24.5665
17	1.8903	-1.1634	-0.3086	2.4835	0.3224	2.0988	-0.1957	-0.2181	-0.1093	0.3452	0.1013	0.1062	0.2374	0.0646	0.0873	0.1294	0.0056	-0.0054	0.1132	0.0221	0.0525	-7.2028	-0.5545	35.5663
18	2.0145	0.6149	1.1583	2.638	1.8246	3.3909	0.1972	-0.191	-0.0391	0.1121	-0.1954	0.1405	0.1163	-0.5083	-0.0035	0.1086	0.0016	0.0042	0.1325	0.0209	0.1139	-30.0457	8.0539	24.7076
19	1.5242	-0.1874	1.0395	1.9284	-0.1861	6.1362	0.1285	-0.0866	-0.4699	0.0079	-0.2022	0.0573	0.381	-0.5212	0.0349	0.1755	-0.0506	-0.0544	0.1869	-0.0052	0.2557	-27.918	-8.5418	18.4779

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 63 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 64 through 80 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 81 through 111 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 112 through 134 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 135 through 162 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 163 through 199 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 200 through 248 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 249 through 283 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 284 through 325 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 25 through 63 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 64 through 80 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 81 through 111 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 112 through 134 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 135 through 162 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 163 through 182 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 183 through 248 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 249 through 283 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 284 through 311 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 312 through 325 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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