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Yorodumi- PDB-4p8b: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4p8b | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM RALSTONIA EUTROPHA H16 (H16_A1328), TARGET EFI-510189, WITH BOUND (S)-2-hydroxy-2-methyl-3-oxobutanoate ((S)-2-Acetolactate) | ||||||
Components | TRAP-type transporter, periplasmic component | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Cupriavidus necator (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.3 Å | ||||||
Authors | Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. ...Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2015 Title: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes. Authors: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...Authors: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. / Seidel, R.D. / Quinn, R.J. / Osterman, A.L. / Cronan, J.E. / Jacobson, M.P. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4p8b.cif.gz | 201.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4p8b.ent.gz | 163.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4p8b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4p8b_validation.pdf.gz | 441.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4p8b_full_validation.pdf.gz | 441.2 KB | Display | |
Data in XML | 4p8b_validation.xml.gz | 17.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4p8b_validation.cif.gz | 27.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/4p8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/4p8b | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is a monomer |
-Components
#1: Protein | Mass: 37695.691 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cupriavidus necator (bacteria) / Strain: ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337 / Gene: H16_A1328, h16_A1328 / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q0KC03 | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-X2X / ( | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.94 Å3/Da / Density % sol: 36.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: Protein (35.72 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT); Reservoir (0.1 M HEPES pH 7.0, 30 %(v/v) Jeffamine ED-2001 pH 7.0); Cryoprotection (Reservoir, Pause 5 secs in air, prior to vitrification in liquid nitrogen) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Mar 21, 2014 / Details: MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.3→40.47 Å / Num. obs: 68680 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 11.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 761899 / Scaling rejects: 5 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.3→26.494 Å / FOM work R set: 0.8937 / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 18.05 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 57.5 Å2 / Biso mean: 19 Å2 / Biso min: 5.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.3→26.494 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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