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- PDB-6fjy: Crystal structure of CsuC-CsuE chaperone-tip adhesion subunit pre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fjy
タイトルCrystal structure of CsuC-CsuE chaperone-tip adhesion subunit pre-assembly complex from archaic chaperone-usher Csu pili of Acinetobacter baumannii
要素
  • (Protein CsuE) x 2
  • CsuC
キーワードCELL ADHESION / Ig-like fold / beta sandwich / donor-strand complementation
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Spore coat protein U / Spore Coat Protein U domain / Spore Coat Protein U domain / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...Spore coat protein U / Spore Coat Protein U domain / Spore Coat Protein U domain / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SCPU domain-containing protein / CsuC
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Pakharukova, N.A. / Tuitilla, M. / Paavilainen, S. / Zavialov, A.V.
資金援助 フィンランド, 3件
組織認可番号国
Academy of Finland273075 フィンランド
Juselius Foundation フィンランド
Magnus Ehrnrooth foundation フィンランド
引用
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Methylation, crystallization and SAD phasing of the Csu pilus CsuC-CsuE chaperone-adhesin subunit pre-assembly complex from Acinetobacter baumannii.
著者: Pakharukova, N. / Tuittila, M. / Paavilainen, S. / Zavialov, A.
履歴
登録2018年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / diffrn_radiation_wavelength
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength
改定 1.32025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CsuC
B: Protein CsuE
C: CsuC
D: Protein CsuE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,9444
ポリマ－122,9444
非ポリマー00
水1,71195
1
A: CsuC
B: Protein CsuE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4992
ポリマ－61,4992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
2
C: CsuC
D: Protein CsuE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4452
ポリマ－61,4452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area23550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.836, 63.854, 89.245
Angle α, β, γ (deg.)74.650, 79.650, 69.070
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 16 or (resid 17...
21(chain C and (resid 1 through 83 or resid 85...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAGLUGLU(chain A and (resid 1 through 16 or (resid 17...AA1 - 161 - 16
12LYSLYSALAALA(chain A and (resid 1 through 16 or (resid 17...AA17 - 1817 - 18
13ALAALAGLUGLU(chain A and (resid 1 through 16 or (resid 17...AA1 - 2401 - 240
14ALAALAGLUGLU(chain A and (resid 1 through 16 or (resid 17...AA1 - 2401 - 240
15ALAALAGLUGLU(chain A and (resid 1 through 16 or (resid 17...AA1 - 2401 - 240
16ALAALAGLUGLU(chain A and (resid 1 through 16 or (resid 17...AA1 - 2401 - 240
21ALAALAGLYGLY(chain C and (resid 1 through 83 or resid 85...CC1 - 831 - 83
22GLUGLUASPASP(chain C and (resid 1 through 83 or resid 85...CC85 - 9385 - 93
23SERSERTHRTHR(chain C and (resid 1 through 83 or resid 85...CC108 - 132108 - 132
24GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 1 through 83 or resid 85...CC133 - 134133 - 134
25ALAALAMETMET(chain C and (resid 1 through 83 or resid 85...CC1 - 2391 - 239
26ALAALAMETMET(chain C and (resid 1 through 83 or resid 85...CC1 - 2391 - 239
27ALAALAMETMET(chain C and (resid 1 through 83 or resid 85...CC1 - 2391 - 239
28ALAALAMETMET(chain C and (resid 1 through 83 or resid 85...CC1 - 2391 - 239

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要素

#1: タンパク質 CsuC


分子量: 27890.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: csuC / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q6XBY4
#2: タンパク質 Protein CsuE


分子量: 33608.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: APD31_16895, CHQ89_02960 / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): AI / 参照: UniProt: A0A0Q1P5T2
#3: タンパク質 Protein CsuE


分子量: 33554.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: APD31_16895, CHQ89_02960 / プラスミド: PET101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Q1P5T2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.98 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M bis-Tris, 17% PEG 3350

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-110.98
シンクロトロンESRF ID23-120.98
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M-F1PIXEL2015年10月3日
DECTRIS PILATUS 6M-F2PIXEL2015年11月18日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
21
反射解像度: 2.31→53.925 Å / Num. all: 44881 / Num. obs: 44881 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 55.03 Å2 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.064 / Rsym value: 0.055 / Net I/av σ(I): 9.9 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 166711
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.31-2.433.50.79212291164620.4890.9350.7921.594.3
2.43-2.583.80.5241.52377162190.3090.610.5242.496.4
2.58-2.763.80.2942.62219758150.1730.3420.2944.196.2
2.76-2.983.80.1674.62058154760.0990.1940.1676.896.5
2.98-3.273.60.098.31772249240.0550.1060.0911.495.3
3.27-3.653.80.05612.81764445880.0330.0650.0561997.5
3.65-4.223.70.0416.61510140330.0240.0470.042696.6
4.22-5.173.60.03220.41191033360.020.0380.03232.795.8
5.17-7.33.70.03419980426280.020.0390.03432.997.1
7.3-53.9253.60.02919.1507014000.0170.0340.02939.594.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.31→53.925 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2717 2000 4.46 %
Rwork0.2161 42869 -
obs0.2185 44869 95.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 156.58 Å2 / Biso mean: 76.5259 Å2 / Biso min: 29.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.31→53.925 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7629 0 0 95 7724
Biso mean---49.75 -
残基数----995
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1676X-RAY DIFFRACTION16.272TORSIONAL
12C1676X-RAY DIFFRACTION16.272TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.31-2.36780.3641410.32623036317795
2.3678-2.43180.34371400.31682975311593
2.4318-2.50330.32711410.293042318396
2.5033-2.58410.33931460.28333109325596
2.5841-2.67650.36051420.26713068321096
2.6765-2.78370.33581440.25533080322496
2.7837-2.91030.31391430.25443059320297
2.9103-3.06380.3371430.25153065320896
3.0638-3.25570.31081410.22813025316695
3.2557-3.5070.28451450.21673113325897
3.507-3.85990.27551450.19773111325697
3.8599-4.41820.22821420.17383041318396
4.4182-5.56550.21081440.16853083322796
5.5655-53.940.25541430.22933062320596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93280.28321.03471.69960.67122.58570.01450.0067-0.07-0.09230.08290.0393-0.0637-0.1068-0.08230.28940.0099-0.0060.4095-0.00960.40280.687720.603313.9728
22.51540.79611.2078.73191.22370.6339-0.41160.7295-0.0882-0.4550.178-0.93260.06530.73630.11510.527-0.15580.20420.8104-0.01451.057918.351835.246516.739
33.5483-0.1780.94165.27830.28464.35810.1945-0.74980.01871.0908-0.035-0.41590.2826-0.2165-0.08570.6782-0.0578-0.01910.7281-0.05950.57477.400130.813736.6551
41.37390.0466-1.31071.4629-0.84614.12890.2198-0.1004-0.0386-0.2865-0.10130.07530.06570.3415-0.12230.3610.01780.01330.4205-0.03490.526731.564917.1756-0.9261
54.61481.1735-1.24185.3253-0.76713.75390.1276-0.4092-0.41110.38560.11890.28610.1528-0.1602-0.19980.4347-0.0741-0.0290.51970.06010.4895-6.98914.657930.0368
62.2538-1.145-1.11473.24590.462.66310.07080.3451-0.172-0.7828-0.1050.3223-0.0463-0.13250.01970.63750.0616-0.06140.4799-0.08640.49361.65630.9039-12.191
72.1181-0.3215-0.69816.06852.575.6390.2102-0.1561-0.73550.0285-0.2158-0.05950.98720.957-0.05680.90750.0246-0.16230.61090.11220.87115.1985-21.9118-7.9148
82.97510.0750.01892.4779-0.00662.5180.21180.6343-0.1237-0.9518-0.0437-0.50470.55550.1227-0.08531.24730.08030.06080.6928-0.11770.70239.9143-15.319-27.6226
91.8443-0.1171-1.81211.8459-0.72514.259-0.3649-0.4073-0.465-0.1066-0.3085-0.34310.18370.69620.63840.5539-0.0148-0.15240.52550.15780.867414.0997-12.63316.6087
103.7054-0.58890.19283.6702-1.18152.9970.30390.44740.39980.2675-0.3260.06240.19670.16560.0330.89970.05190.0560.51450.02110.445214.35215.2138-23.4667
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 126 )A1 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 127 through 143 )A127 - 143
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 144 through 239 )A144 - 239
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 180 )B1 - 180
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 181 through 312 )B181 - 312
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 126 )C1 - 126
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 127 through 143 )C127 - 143
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 144 through 239 )C144 - 239
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 180 )D1 - 180
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 181 through 239 )D181 - 239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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