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Yorodumi- PDB-4r84: Crystal structure of Sialyltransferase from Photobacterium damsel... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4r84 | ||||||
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Title | Crystal structure of Sialyltransferase from Photobacterium damsela with CMP-3F(a)Neu5Ac bound | ||||||
Components | Sialyltransferase 0160 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Rossmann Fold / glycosyltransferase GT-B structural group | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of phosphate metabolic process / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / glycosyltransferase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Photobacterium damselae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Fisher, A.J. / Chen, X. / Li, Y. / Huynh, N. | ||||||
Citation | Journal: Febs Lett. / Year: 2014 Title: Crystal structures of sialyltransferase from Photobacterium damselae. Authors: Huynh, N. / Li, Y. / Yu, H. / Huang, S. / Lau, K. / Chen, X. / Fisher, A.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4r84.cif.gz | 815.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4r84.ent.gz | 672.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4r84.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4r84_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4r84_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 4r84_validation.xml.gz | 91.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4r84_validation.cif.gz | 140.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/4r84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/4r84 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4r83C 4r9vC 2z4tS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 56832.145 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 16-497 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Photobacterium damselae (bacteria) / Gene: bst / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: O66375, beta-galactoside alpha-(2,6)-sialyltransferase #2: Chemical | ChemComp-CSF / #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 20% PEG 6000, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.0, crystal soaked in 1.25 mM CMP-3F(a)Neu5Ac for 5 hours prior to freezing, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.97946 Å |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Jun 8, 2011 / Details: Si(111) |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. all: 229782 / Num. obs: 229782 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.79 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 89.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2Z4T Resolution: 1.7→39.749 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.97 / Phase error: 21.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.19 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→39.749 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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