PDB-4r84: Crystal structure of Sialyltransferase from Photobacterium damsel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r84

タイトル

Crystal structure of Sialyltransferase from Photobacterium damsela with CMP-3F(a)Neu5Ac bound

要素

Sialyltransferase 0160

キーワード

TRANSFERASE / Rossmann Fold / glycosyltransferase GT-B structural group

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of phosphate metabolic process / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / glycosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Photobacterium damselae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Fisher, A.J. / Chen, X. / Li, Y. / Huynh, N.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of sialyltransferase from Photobacterium damselae.
著者: Huynh, N. / Li, Y. / Yu, H. / Huang, S. / Lau, K. / Chen, X. / Fisher, A.J.

履歴

登録	2014年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.2	2015年1月14日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r84.cif.gz	815.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r84.ent.gz	672.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r84.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4r84_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4r84_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	4r84_validation.xml.gz	91.1 KB	表示
CIF形式データ	4r84_validation.cif.gz	140.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/4r84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/4r84	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4r83C 4r9vC 2z4tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4r83-1 4r83-4 4r83-3 4r83-2 6fjy-2 5sy5-1 7b01-d 6fjy-1 4g3e-d 2qn6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

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ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
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#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Sialyltransferase 0160

B: Sialyltransferase 0160

C: Sialyltransferase 0160

D: Sialyltransferase 0160

ヘテロ分子

230 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Sialyltransferase 0160

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Sialyltransferase 0160

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Sialyltransferase 0160

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Sialyltransferase 0160

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.340, 81.450, 111.210
Angle α, β, γ (deg.)	99.02, 91.59, 101.20
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Sialyltransferase 0160 分子量: 56832.145 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 16-497 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Photobacterium damselae (バクテリア) 遺伝子: bst / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66375, EC: 2.4.99.1
#2: 化合物	ChemComp-CSF / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE-3-FLUORO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / CMP-3FNEUAC タイプ: RNA linking / 分子量: 632.442 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₀FN₄O₁₆P
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 6000, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.0, crystal soaked in 1.25 mM CMP-3F(a)Neu5Ac for 5 hours prior to freezing, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月8日 / 詳細: Si(111)
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 229782 / Num. obs: 229782 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 23.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 89.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2Z4T

2z4t

解像度: 1.7→39.749 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2026	11502	5.01 %
R_work	0.1715	-	-
obs	0.1731	229738	95.64 %
all	-	229738	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.19 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.749 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15164	0	172	2441	17777

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	15859
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.091	21680
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.486	5793
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2429
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2795

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.2969	291	0.2665	5744	X-RAY DIFFRACTION	76
1.7193-1.7395	0.2927	361	0.254	6757	X-RAY DIFFRACTION	88
1.7395-1.7608	0.2681	389	0.2368	7230	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7608-1.7831	0.2781	389	0.2313	7199	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7831-1.8065	0.2627	371	0.2285	7265	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8065-1.8313	0.2547	366	0.2235	7334	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8313-1.8574	0.2845	381	0.2322	7205	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8574-1.8851	0.2601	372	0.2175	7340	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8851-1.9146	0.2555	379	0.2146	7278	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9146-1.946	0.263	400	0.2014	7317	X-RAY DIFFRACTION	96
1.946-1.9795	0.2368	390	0.1972	7284	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9795-2.0155	0.234	372	0.195	7321	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0155-2.0543	0.2255	382	0.193	7331	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0543-2.0962	0.2265	406	0.1879	7300	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0962-2.1418	0.2274	370	0.1851	7403	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1418-2.1916	0.2277	367	0.1848	7357	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1916-2.2464	0.2171	406	0.1834	7308	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2464-2.3072	0.2123	407	0.1819	7430	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3072-2.3751	0.2405	375	0.1813	7360	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3751-2.4517	0.2151	401	0.1802	7396	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4517-2.5393	0.2105	403	0.1805	7388	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5393-2.641	0.2293	430	0.1775	7393	X-RAY DIFFRACTION	97
2.641-2.7611	0.2335	379	0.1793	7446	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7611-2.9067	0.2097	384	0.1754	7460	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9067-3.0887	0.2038	406	0.1699	7423	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0887-3.3271	0.1865	374	0.1631	7473	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3271-3.6617	0.1686	382	0.1481	7477	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6617-4.191	0.1532	407	0.1396	7496	X-RAY DIFFRACTION	99
4.191-5.2783	0.1471	413	0.13	7475	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2783-39.7601	0.1978	349	0.1657	7046	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2677	0.0527	-0.2338	0.5142	-0.1205	0.2394	0.1857	0.1605	-0.0937	0.1012	-0.5078	-0.4954	0.0138	0.3474	-0.5264	0.0947	0.1926	0.1687	0.44	-0.0109	0.1001	46.0552	15.9375	71.0995
2	0.7701	-0.1019	-0.289	0.5491	-0.1983	0.2082	0.0174	-0.0119	-0.0417	0.034	-0.0611	0.0609	0.0122	0.0765	-0	0.136	-0.0057	0.0156	0.1331	-0.031	0.116	25.9076	11.0126	96.8757
3	1.0938	0.2738	-0.1837	0.2192	0.055	0.3402	0.0666	0.1125	0.1713	-0.0105	0.0354	0.0657	-0.0667	-0.0552	0.0236	0.1845	0.0094	0.0111	0.1161	-0.0211	0.1767	10.8793	13.3007	97.0824
4	0.06	0.0231	-0.0413	0.1393	-0.0509	0.0499	0.003	0.0595	-0.1143	0.0701	0.0352	0.1494	0.0104	-0.0463	0.0003	0.1802	-0.0255	-0.0063	0.2206	-0.0443	0.2484	-11.0189	-4.7173	99.3834
5	0.0742	-0.0424	-0.0637	0.0837	0.0752	0.1113	-0.0519	0.1652	-0.0632	-0.0354	0.061	0.0656	0.0265	-0.0988	0	0.2168	-0.0278	-0.0202	0.1973	-0.0607	0.226	-0.1472	-4.9123	94.838
6	0.0531	0.036	-0.0154	0.1389	0.0632	0.0363	0.0409	0.0272	0.1076	0.0487	0.0575	0.0859	0.0188	-0.0503	0.0001	0.1889	0.0134	-0.0019	0.1797	0.0047	0.2576	-7.3188	10.1054	102.7723
7	0.1335	-0.0293	0.0274	-0.0009	-0.0065	0.0074	-0.243	-0.068	0.2026	0.0244	-0.0777	0.0527	0.0361	0.0115	-0.0095	0.2701	0.0019	0.0198	0.2926	-0.0179	0.2526	29.2655	16.3508	48.8428
8	0.7363	0.0521	-0.2879	0.2051	0.3976	0.3332	-0.0316	0.0876	0.1963	-0.0418	0.0099	0.0084	0.0339	-0.0989	-0.0019	0.132	0.0079	-0.0119	0.2232	0.0598	0.2139	36.568	20.9812	29.9397
9	0.9635	-0.101	-0.4207	0.0845	-0.0817	0.6773	0.13	-0.1325	0.177	-0.0051	0.1164	0.0515	-0.0612	-0.0657	0.1081	0.189	-0.0056	0.0577	0.1372	0.0045	0.2451	60.1907	27.0832	22.1915
10	0.1307	0.0795	0.0421	0.2826	-0.209	0.2412	0.0301	-0.1175	-0.1124	-0.0408	-0.0239	0.0157	0.0906	0.1088	-0	0.2317	0.0223	-0.0013	0.1768	0.0247	0.2159	76.7828	8.5772	17.0574
11	0.1198	0.0471	-0.0737	0.0912	0.0443	0.0686	0.0693	-0.1865	0.1424	-0.0803	0.0671	0.0874	-0.0116	0.0754	0.0001	0.1914	-0.0314	0.0146	0.2083	-0.0527	0.2077	78.3565	24.4391	16.4556
12	0.3576	0.0956	0.0434	0.1339	0.2188	0.3596	-0.0736	-0.0814	-0.1056	0.1325	-0.1471	0.0807	0.1408	-0.004	-0.014	0.2414	-0.0497	0.0335	0.155	0.0052	0.2146	70.3643	-11.5318	-8.8474
13	0.7621	-0.4298	-0.0696	0.7336	0.5026	0.4408	-0.0471	-0.1102	-0.0108	-0.1351	0.1075	-0.0412	-0.049	0.051	0.0014	0.1621	-0.0323	-0.0262	0.1857	0.0065	0.1514	92.0464	-3.2496	-34.1549
14	0.2617	-0.138	0.1048	0.3196	-0.0537	0.0588	-0.0533	-0.0717	-0.0827	-0.0476	0.0431	0.0221	0.0441	0.0564	0	0.2208	0.0021	-0.0078	0.172	0.0374	0.1777	114.8826	-23.4455	-34.6135
15	0.2377	-0.0392	-0.139	0.3779	-0.1284	0.1714	-0.043	-0.1214	-0.0643	-0.0196	0.0763	0.0389	0.0081	0.0125	-0.0001	0.2051	-0.0078	-0.027	0.1845	0.0231	0.1887	115.5341	-19.7867	-37.6076
16	0.0651	0.049	-0.028	0.061	0.0178	0.0243	0.0412	-0.2366	0.1336	-0.1313	0.008	0.0456	0.0103	-0.0988	0.0001	0.1755	-0.0269	-0	0.2754	-0.0756	0.2219	122.7074	-4.7736	-37.949
17	0.3346	0.029	-0.1008	0.1938	0.0815	0.19	-0.032	-0.0143	-0.1317	-0.0872	-0.0656	-0.1186	0.0105	0.0942	-0.0001	0.1937	0.045	0.052	0.2068	0.0246	0.1688	85.5634	-13.1014	20.2004
18	0.1363	0.0668	0.106	0.0789	-0.0029	0.0829	-0.0755	0.2605	-0.1326	-0.0793	-0.043	0.0603	0.1122	0.0054	-0.0053	0.1941	0.0364	0.0324	0.2172	-0.0257	0.1444	65.2276	-24.4475	37.9363
19	0.2466	0.0346	0.0362	0.1223	-0.0348	0.0839	-0.0558	0.0266	-0.1525	0.0518	-0.1722	-0.0996	0.0615	0.183	-0.0054	0.1982	0.0545	0.0453	0.2523	0.0455	0.1969	73.0884	-23.2993	45.658
20	0.096	-0.0747	0.054	0.2409	-0.0976	0.1632	-0.083	-0.0207	0.0683	0.1557	0.0308	0.0219	-0.1514	-0.0396	-0.0001	0.2216	0.0606	-0.0015	0.1919	-0.0044	0.1896	61.3911	-11.2988	51.4253
21	0.5392	0.2547	-0.1718	0.1771	-0.0756	0.0603	-0.1223	0.063	0.2121	0.1476	0.0616	0.0178	-0.1661	-0.0816	-0.0236	0.3108	0.0827	-0.0547	0.1668	-0.0403	0.2512	57.4758	-4.4353	50.5124
22	0.3414	0.0716	0.0008	0.4499	-0.2317	0.1227	0.1495	0.1084	-0.0517	-0.2203	0.1159	0.1761	0.1743	-0.088	0.2391	0.3204	0.0239	-0.1059	0.2816	-0.0647	0.1281	48.1823	-30.6183	32.587
23	0.0415	-0.0633	0.052	0.0163	-0.0233	0.0816	-0.1111	-0.0358	-0.0482	-0.0937	0.1134	0.164	0.0775	-0.4863	0.0014	0.0552	-0.3302	-0.3729	0.6517	0.2511	0.3222	29.0973	-34.5721	46.5043
24	0.4787	-0.1352	-0.3656	0.2035	0.1582	0.2952	0.4077	0.0121	-0.1816	-0.1406	0.175	0.2113	0.4614	-0.2856	0.2385	0.4038	-0.0931	-0.1785	0.292	0.044	0.2654	42.5745	-35.2438	39.4153
25	0.0422	0.0121	-0.0258	0.0727	0.0013	0.0127	0.0706	0.0261	0.0653	0.0258	0.0971	0.0568	0.0639	-0.172	-0.0001	0.2408	0.0081	-0.0282	0.3379	0.0822	0.2268	36.9626	-23.5414	46.7139
26	0.0211	0.0101	-0.0286	0.0335	0.0156	0.0287	0.1232	0.1049	0.0841	0.0984	0.2037	0.1151	0.0538	-0.229	0	0.238	0.0487	0.008	0.3928	0.1081	0.3384	32.7023	-17.6371	50.2085

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 24:98 )	A	24 - 98
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 99:245 )	A	99 - 245
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 246:366 )	A	246 - 366
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 367:404 )	A	367 - 404
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 405:443 )	A	405 - 443
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 444:497 )	A	444 - 497
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 25:52 )	B	25 - 52
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 53:218 )	B	53 - 218
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 219:366 )	B	219 - 366
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 367:443 )	B	367 - 443
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 444:497 )	B	444 - 497
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 24:122 )	C	24 - 122
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 123:313 )	C	123 - 313
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 314:393 )	C	314 - 393
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 394:469 )	C	394 - 469
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 470:497 )	C	470 - 497
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 24:122 )	D	24 - 122
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 123:154 )	D	123 - 154
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID 155:198 )	D	155 - 198
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 199:245 )	D	199 - 245
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 246:313 )	D	246 - 313
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 314:363 )	D	314 - 363
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND RESID 364:394 )	D	364 - 394
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN D AND RESID 395:438 )	D	395 - 438
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN D AND RESID 439:469 )	D	439 - 469
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN D AND RESID 470:497 )	D	470 - 497

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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