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Yorodumi- PDB-4r84: Crystal structure of Sialyltransferase from Photobacterium damsel... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4r84 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Sialyltransferase from Photobacterium damsela with CMP-3F(a)Neu5Ac bound | ||||||
Components | Sialyltransferase 0160 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Rossmann Fold / glycosyltransferase GT-B structural group | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationnegative regulation of phosphate metabolic process / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / glycosyltransferase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Photobacterium damselae (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Fisher, A.J. / Chen, X. / Li, Y. / Huynh, N. | ||||||
Citation | Journal: Febs Lett. / Year: 2014Title: Crystal structures of sialyltransferase from Photobacterium damselae. Authors: Huynh, N. / Li, Y. / Yu, H. / Huang, S. / Lau, K. / Chen, X. / Fisher, A.J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4r84.cif.gz | 815.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4r84.ent.gz | 672.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4r84.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4r84_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4r84_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
| Data in XML | 4r84_validation.xml.gz | 91.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 4r84_validation.cif.gz | 140.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/4r84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/4r84 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4r83C ![]() 4r9vC ![]() 2z4tS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 56832.145 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 16-497 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Photobacterium damselae (bacteria) / Gene: bst / Plasmid: pET15b / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-CSF / #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.39 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 20% PEG 6000, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.0, crystal soaked in 1.25 mM CMP-3F(a)Neu5Ac for 5 hours prior to freezing, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.97946 Å |
| Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Jun 8, 2011 / Details: Si(111) |
| Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. all: 229782 / Num. obs: 229782 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 8.8 |
| Reflection shell | Resolution: 1.7→1.79 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 89.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 2Z4T Resolution: 1.7→39.749 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.97 / Phase error: 21.82 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.19 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→39.749 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Photobacterium damselae (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Citation












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