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- PDB-4r9v: Crystal structure of sialyltransferase from photobacterium damsel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r9v
タイトルCrystal structure of sialyltransferase from photobacterium damselae, residues 113-497 corresponding to the gt-b domain
要素Sialyltransferase 0160
キーワードTRANSFERASE / Rossmann Fold / glycosyltransferase GT-B structural group
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phosphate metabolic process / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / glycosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphate transport system protein PhoU / PhoU domain / PhoU domain / PhoU-like domain superfamily / Sialyltransferase, C-terminal GT-B Rossman nucleotide-binding domain / Sialyltransferase, N-terminal GT-B Rossman nucleotide-binding domain / Sialyltransferase PMO188 / Sialyltransferase, N-terminal GT-B Rossman nucleotide-binding domain / Sialyltransferase PMO188 / K319L-like, PKD domain ...Phosphate transport system protein PhoU / PhoU domain / PhoU domain / PhoU-like domain superfamily / Sialyltransferase, C-terminal GT-B Rossman nucleotide-binding domain / Sialyltransferase, N-terminal GT-B Rossman nucleotide-binding domain / Sialyltransferase PMO188 / Sialyltransferase, N-terminal GT-B Rossman nucleotide-binding domain / Sialyltransferase PMO188 / K319L-like, PKD domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sialyltransferase 0160
類似検索 - 構成要素
生物種Photobacterium damselae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Li, Y. / Huynh, N. / Chen, X. / Fisher, A.J.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of sialyltransferase from Photobacterium damselae.
著者: Huynh, N. / Li, Y. / Yu, H. / Huang, S. / Lau, K. / Chen, X. / Fisher, A.J.
履歴
登録2014年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialyltransferase 0160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1963
ポリマ－46,1151
非ポリマー802
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.444, 56.523, 87.375
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1213-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Sialyltransferase 0160


分子量: 46115.492 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 113-497 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photobacterium damselae (バクテリア)
遺伝子: BAA25316, bst / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66375
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 20% (w/v) PEG-1000, 100mM imidazole, pH 8.0, 200mM Calcium Acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97607 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月10日 / 詳細: Si crystal
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97607 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 17873 / Num. obs: 17873 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 43.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1287 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2Z4T

2z4t


解像度: 2.3→41.35 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2482 1647 5.08 %RANDOM
Rwork0.1837 ---
obs0.187 17873 92.27 %-
all-32413 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3099 0 2 126 3227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083178
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0754331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2161154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005561
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.36770.31261270.25362502X-RAY DIFFRACTION90
2.3677-2.44410.30511390.23912497X-RAY DIFFRACTION91
2.4441-2.53150.2881290.22662525X-RAY DIFFRACTION91
2.5315-2.63280.30341280.21932560X-RAY DIFFRACTION92
2.6328-2.75260.27161350.22462563X-RAY DIFFRACTION92
2.7526-2.89770.32191520.22512540X-RAY DIFFRACTION92
2.8977-3.07920.27981440.21132584X-RAY DIFFRACTION93
3.0792-3.31680.29391280.20132558X-RAY DIFFRACTION93
3.3168-3.65050.28431350.18772617X-RAY DIFFRACTION93
3.6505-4.17820.22461540.15252577X-RAY DIFFRACTION93
4.1782-5.26240.17911290.13862586X-RAY DIFFRACTION93
5.2624-41.35710.19791470.16522657X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.679-0.6758-0.02951.155-0.00561.3175-0.0224-0.0490.20660.15270.1286-0.1998-0.13970.3055-0.08590.2757-0.0312-0.01660.2478-0.02660.2746-28.8922-15.9265108.3111
21.0164-0.2461-0.01490.83111.10632.21420.03870.20120.1243-0.1419-0.02360.1854-0.2256-0.3505-0.00530.28940.02-0.03410.26530.05050.2842-48.0316-14.0138101.9682
31.9113-0.9972-0.64431.44871.14781.8314-0.14580.4244-0.33890.0831-0.058-0.13210.38040.08870.00130.3295-0.03510.04870.3925-0.13040.3341-28.3987-38.346589.1546
43.2263-0.29780.21421.49720.49961.3051-0.3331-0.1708-0.80590.1809-0.16230.0679-0.0233-0.21280.34790.3621-0.08530.05440.5876-0.15020.3974-46.4739-37.413187.6365
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 112:206 )A112 - 206
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 207:313 )A207 - 313
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 314:443 )A314 - 443
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 444:497 )A444 - 497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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