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万見
- PDB-4g3e: Crystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g3e
タイトルCrystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) bound to a 6-alkynylindoline (cmp1)
要素NF-kappa-beta-inducing kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / non-RD kinase / protein serine/threonine kinase / NF-kappaB / Structure-based drug design / MAP3K14 / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / non-canonical NF-kappaB signal transduction / fibrillar center / cellular response to mechanical stimulus ...TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / non-canonical NF-kappaB signal transduction / fibrillar center / cellular response to mechanical stimulus / defense response to virus / protein kinase activity / immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 14 / M3K14, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 14 / M3K14, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0WC / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hymowitz, S.G. / de Leon-Boenig, G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: The crystal structure of the catalytic domain of the NF-kappaB inducing kinase reveals a narrow but flexible active site.
著者: de Leon-Boenig, G. / Bowman, K.K. / Feng, J.A. / Crawford, T. / Everett, C. / Franke, Y. / Oh, A. / Stanley, M. / Staben, S.T. / Starovasnik, M.A. / Wallweber, H.J. / Wu, J. / Wu, L.C. / ...著者: de Leon-Boenig, G. / Bowman, K.K. / Feng, J.A. / Crawford, T. / Everett, C. / Franke, Y. / Oh, A. / Stanley, M. / Staben, S.T. / Starovasnik, M.A. / Wallweber, H.J. / Wu, J. / Wu, L.C. / Johnson, A.R. / Hymowitz, S.G.
履歴
登録2012年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name / _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NF-kappa-beta-inducing kinase
B: NF-kappa-beta-inducing kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6877
ポリマ－77,6032
非ポリマー1,0845
水1,09961
1
A: NF-kappa-beta-inducing kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3924
ポリマ－38,8021
非ポリマー5903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NF-kappa-beta-inducing kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2963
ポリマ－38,8021
非ポリマー4942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.145, 143.145, 45.151
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.732896, -0.680151, -0.01605), (0.680038, 0.73307, -0.012527), (0.020286, -0.001733, 0.999793)69.10763, -30.25893, -6.31223

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要素

#1: タンパク質 NF-kappa-beta-inducing kinase / Serine/threonine-protein kinase NIK


分子量: 38801.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Map3k14, NF-kappaB inducing kinase, Nik / プラスミド: pAcGP67
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: Q9WUL6, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-0WC / (2R)-4-[1-(2-amino-5-chloropyrimidin-4-yl)-2,3-dihydro-1H-indol-6-yl]-2-(1,3-thiazol-2-yl)but-3-yn-2-ol


分子量: 397.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16ClN5OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 2uL protein with 2uL well solution of 0.5 M ammonium sulfate, 0.9 M lithium sulfate,0.1M sodium citrate tribasic dihydrate then soaked in well solution with 1 mM cmp1, pH 6.2, VAPOR ...詳細: 2uL protein with 2uL well solution of 0.5 M ammonium sulfate, 0.9 M lithium sulfate,0.1M sodium citrate tribasic dihydrate then soaked in well solution with 1 mM cmp1, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 32116 / Num. obs: 32116 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3153 / Rsym value: 0.598 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Web-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo murine NIK kinase domain

解像度: 2.5→47.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 17.602 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.381 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24047 3259 10.1 %RANDOM
Rwork0.18931 ---
all0.19446 32110 --
obs0.19446 32110 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.801 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å2-0 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4956 0 69 61 5086
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0195150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2241.9926969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6975634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.3723.443212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.33115892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4661537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213858
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.552 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 163 -
Rwork0.295 1574 -
obs--99.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0346-0.7101-1.60155.41370.10591.63670.0670.09150.2536-0.0639-0.0858-0.21120.0415-0.03610.01880.05760.06790.01360.09150.02080.210246.399940.0639-3.037
22.73960.4319-0.17514.3899-0.35963.9335-0.09180.1618-0.1261-0.26070.0187-0.20230.12440.23470.07310.18870.0560.03780.04260.00310.01753.059912.4309-4.2842
33.58531.3026-1.14795.49040.672.30370.10.01620.02810.0406-0.0803-0.2389-0.04320.0091-0.01970.00890.0202-0.02290.0927-0.030.1831.303667.04082.6789
43.41090.16930.50934.13070.44864.75590.21210.0146-0.1720.0469-0.0633-0.01960.48160.0103-0.14880.081-0.0391-0.0290.11240.04350.054617.324442.93711.0622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A334 - 472
2X-RAY DIFFRACTION2A473 - 671
3X-RAY DIFFRACTION3B334 - 472
4X-RAY DIFFRACTION4B473 - 674

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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