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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4g3e | ||||||
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タイトル | Crystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) bound to a 6-alkynylindoline (cmp1) | ||||||
要素 | NF-kappa-beta-inducing kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / non-RD kinase / protein serine/threonine kinase / NF-kappaB (NF-κB) / Structure-based drug design (医薬品設計) / MAP3K14 / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CD28 dependent PI3K/Akt signaling / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / non-canonical NF-kappaB signal transduction / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / 核小体 ...CD28 dependent PI3K/Akt signaling / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / non-canonical NF-kappaB signal transduction / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / 核小体 / cellular response to mechanical stimulus / defense response to virus / protein kinase activity / 免疫応答 / リン酸化 / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Hymowitz, S.G. / de Leon-Boenig, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2012 タイトル: The crystal structure of the catalytic domain of the NF-kappaB inducing kinase reveals a narrow but flexible active site. 著者: de Leon-Boenig, G. / Bowman, K.K. / Feng, J.A. / Crawford, T. / Everett, C. / Franke, Y. / Oh, A. / Stanley, M. / Staben, S.T. / Starovasnik, M.A. / Wallweber, H.J. / Wu, J. / Wu, L.C. / ...著者: de Leon-Boenig, G. / Bowman, K.K. / Feng, J.A. / Crawford, T. / Everett, C. / Franke, Y. / Oh, A. / Stanley, M. / Staben, S.T. / Starovasnik, M.A. / Wallweber, H.J. / Wu, J. / Wu, L.C. / Johnson, A.R. / Hymowitz, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4g3e.cif.gz | 261.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4g3e.ent.gz | 213.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4g3e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/4g3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/4g3e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38801.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Map3k14, NF-kappaB inducing kinase, Nik / プラスミド: pAcGP67 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 参照: UniProt: Q9WUL6, MAPキナーゼキナーゼキナーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.73 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 2uL protein with 2uL well solution of 0.5 M ammonium sulfate, 0.9 M lithium sulfate,0.1M sodium citrate tribasic dihydrate then soaked in well solution with 1 mM cmp1, pH 6.2, VAPOR ...詳細: 2uL protein with 2uL well solution of 0.5 M ammonium sulfate, 0.9 M lithium sulfate,0.1M sodium citrate tribasic dihydrate then soaked in well solution with 1 mM cmp1, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月12日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 32116 / Num. obs: 32116 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3153 / Rsym value: 0.598 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: apo murine NIK kinase domain 解像度: 2.5→47.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 17.602 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.381 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.801 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.552 Å / Total num. of bins used: 25
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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