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万見
- PDB-4y83: Crystal structure of COT kinase domain in complex with 5-(2-amino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y83
タイトルCrystal structure of COT kinase domain in complex with 5-(2-amino-5-(quinolin-3-yl)pyridin-3-yl)-1,3,4-oxadiazole-2(3H)-thione
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8
キーワードTRANSFERASE / COT / Tpl-2 / MAP3K8 / kinase / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / MAP kinase kinase kinase activity / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / T cell costimulation / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / positive regulation of inflammatory response / MAPK cascade / protein phosphorylation / protein serine kinase activity ...mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / MAP kinase kinase kinase activity / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / T cell costimulation / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / positive regulation of inflammatory response / MAPK cascade / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 8 / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 8 / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-49B / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Gutmann, S. / Hinniger, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: The Crystal Structure of Cancer Osaka Thyroid Kinase Reveals an Unexpected Kinase Domain Fold.
著者: Gutmann, S. / Hinniger, A. / Fendrich, G. / Druckes, P. / Antz, S. / Mattes, H. / Mobitz, H. / Ofner, S. / Schmiedeberg, N. / Stojanovic, A. / Rieffel, S. / Strauss, A. / Troxler, T. / Glatthar, R. / Sparrer, H.
履歴
登録2015年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年6月24日Group: Database references
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8
C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8706
ポリマ－112,9063
非ポリマー9643
水3,009167
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9572
ポリマ－37,6351
非ポリマー3211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9572
ポリマ－37,6351
非ポリマー3211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9572
ポリマ－37,6351
非ポリマー3211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.952, 101.952, 108.315
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8 / Cancer Osaka thyroid oncogene / Proto-oncogene c-Cot / Serine/threonine-protein kinase cot / Tumor ...Cancer Osaka thyroid oncogene / Proto-oncogene c-Cot / Serine/threonine-protein kinase cot / Tumor progression locus 2 / TPL-2


分子量: 37635.199 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K8, COT, ESTF
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF21
参照: UniProt: P41279, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-49B / 5-[2-amino-5-(quinolin-3-yl)pyridin-3-yl]-1,3,4-oxadiazole-2(3H)-thione


分子量: 321.356 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H11N5OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Reservoir solution: 8% (w/v) PEG4000, 12% (v/v) ethylene glycol, 7% (v/v) iso-propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→88.31 Å / Num. obs: 28213 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.76 % / Biso Wilson estimate: 76.04 Å2 / Rmerge F obs: 0.074 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rrim(I) all: 0.097 / Rsym value: 0.088 / Net I/av σ(I): 14.7 / Net I/σ(I): 14.72 / Num. measured all: 162522
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.89-2.970.2950.4483.6712909221722170.492100
2.97-3.070.2350.3664.4714479248524850.402100
3.07-3.170.1940.2925.5312485214321430.32100
3.17-3.290.1460.2187.513221226922690.239100
3.29-3.410.1090.1669.6411311194219420.183100
3.41-3.560.0850.13611.6611927205320530.15100
3.56-3.720.0770.12413.7710871190719070.136100
3.72-3.910.0580.09516.4710643184518450.104100
3.91-4.140.0470.0819.0310109175917590.089100
4.14-4.40.0410.07421.559327163216320.082100
4.4-4.730.0380.0723.428670153415340.077100
4.73-5.140.0390.0722.868005141414140.077100
5.14-5.680.0360.06523.337465130613060.071100
5.68-6.430.0360.06323.566654116011600.069100
6.43-7.590.030.05325.9856399849840.058100
7.59-9.720.0230.04329.6446208188180.047100
9.72-15.380.0220.04331.4431775615610.047100
15.38-88.310.0190.03430.7810101881840.03897.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.5精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.89→88.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8648 / SU R Cruickshank DPI: 0.88 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.737 / SU Rfree Blow DPI: 0.316 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.328
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2395 1411 5 %RANDOM
Rwork0.2017 ---
obs0.2037 28212 99.99 %-
原子変位パラメータBiso max: 156.32 Å2 / Biso mean: 61.77 Å2 / Biso min: 18.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2199 Å20 Å20 Å2
2--0.2199 Å20 Å2
3----0.4398 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.388 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.89→88.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6124 0 69 167 6360
Biso mean--39.31 47 -
残基数----894
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1846SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes85HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1005HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6339HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion888SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6799SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6339HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8665HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.56
LS精密化 シェル解像度: 2.89→3 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 151 5.01 %
Rwork0.2119 2861 -
all0.2149 3012 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9825-0.53380.92171.2984-0.22013.343-0.21710.1632-0.05-0.04180.1839-0.19260.30650.06080.0332-0.3412-0.02720.0166-0.3417-0.075-0.3837-0.6497-8.1952-6.952
22.422-0.82060.28572.2807-0.89433.7146-0.01310.11730.12030.24810.05030.21570.1875-0.2137-0.0371-0.3393-0.00150.0748-0.40610.0007-0.385643.5562-33.8076-24.1096
33.16980.37420.36693.2713-2.31094.3283-0.4433-0.1795-0.5087-0.25620.0174-0.09470.00010.47490.4259-0.4984-0.02450.101-0.2758-0.0027-0.33598.8532-62.5928-7.7941
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A73 - 389
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B73 - 390
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C74 - 389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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