[日本語] English
万見
- PDB-1r1n: Tri-nuclear oxo-iron clusters in the ferric binding protein from ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r1n
タイトルTri-nuclear oxo-iron clusters in the ferric binding protein from N. gonorrhoeae
要素Ferric-iron Binding Protein
キーワードIRON BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion transport / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferric binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OXO-IRON CLUSTER 2 / OXO-IRON CLUSTER 1 / OXO-IRON CLUSTER 3 / Major ferric iron-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Zhu, H. / Alexeev, D. / Hunter, D.J. / Campopiano, D.J. / Sadler, P.J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2003
タイトル: Oxo-iron clusters in a bacterial iron-trafficking protein: new roles for a conserved motif.
著者: Zhu, H. / Alexeev, D. / Hunter, D.J. / Campopiano, D.J. / Sadler, P.J.
履歴
登録2003年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / pdbx_distant_solvent_atoms ...chem_comp_atom / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ferric-iron Binding Protein
B: Ferric-iron Binding Protein
C: Ferric-iron Binding Protein
D: Ferric-iron Binding Protein
E: Ferric-iron Binding Protein
F: Ferric-iron Binding Protein
G: Ferric-iron Binding Protein
H: Ferric-iron Binding Protein
I: Ferric-iron Binding Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)306,44418
ポリマ－303,1959
非ポリマー3,2499
水50,7482817
1
A: Ferric-iron Binding Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0402
ポリマ－33,6881
非ポリマー3521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ferric-iron Binding Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0402
ポリマ－33,6881
非ポリマー3521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ferric-iron Binding Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0572
ポリマ－33,6881
非ポリマー3691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ferric-iron Binding Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0402
ポリマ－33,6881
非ポリマー3521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Ferric-iron Binding Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0572
ポリマ－33,6881
非ポリマー3691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Ferric-iron Binding Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0572
ポリマ－33,6881
非ポリマー3691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Ferric-iron Binding Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0572
ポリマ－33,6881
非ポリマー3691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Ferric-iron Binding Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0402
ポリマ－33,6881
非ポリマー3521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Ferric-iron Binding Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0572
ポリマ－33,6881
非ポリマー3691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)146.500, 146.500, 114.969
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
Ferric-iron Binding Protein


分子量: 33688.348 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 参照: UniProt: P17259
#2: 化合物
ChemComp-CNB / OXO-IRON CLUSTER 1


分子量: 351.592 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3H8O11
#3: 化合物
ChemComp-CN1 / OXO-IRON CLUSTER 2


分子量: 368.599 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3H9O12
#4: 化合物 ChemComp-CNF / OXO-IRON CLUSTER 3


分子量: 368.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3H9O12
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2817 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG 1450, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: multilayer osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→20 Å / Num. all: 283046 / Num. obs: 280085 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 41.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.74→1.82 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 33430 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 87.1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O7T

1o7t


解像度: 1.74→30 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 11189 -RANDOM
Rwork0.167 ---
all0.167 283046 --
obs0.167 280085 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21402 0 131 2817 24350
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.82 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 1366 -
Rwork0.34 --
obs-33430 87.1 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る