PDB-4o94: Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o94

タイトル

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from Rhodopseudomonas palustris HaA2 (RPB_3329), Target EFI-510223, with bound succinate

要素

TRAP dicarboxylate transporter DctP subunit

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

C4-dicarboxylate transport / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2014年1月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4o94.ent.gz	592.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4o94_full_validation.pdf.gz	478.3 KB	表示
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CIF形式データ	4o94_validation.cif.gz	86.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/4o94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/4o94	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1gx2-1 6npn-3 2hpg-2 6x5q-d 2hiw-2 5xdw-d 4jb0-d 7kl4-d 2h6d-d 2hiw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510223

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リンク

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登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter DctP subunit

B: TRAP dicarboxylate transporter DctP subunit

C: TRAP dicarboxylate transporter DctP subunit

D: TRAP dicarboxylate transporter DctP subunit

ヘテロ分子

152 kDa, 4 ポリマー
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1

A: TRAP dicarboxylate transporter DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TRAP dicarboxylate transporter DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38 kDa, 1 ポリマー
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3

C: TRAP dicarboxylate transporter DctP subunit

ヘテロ分子

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38 kDa, 1 ポリマー
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4

D: TRAP dicarboxylate transporter DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.469, 112.845, 136.294
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.91, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter DctP subunit 分子量: 37677.223 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 23-332 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 株: HaA2 / 遺伝子: RPB_3329 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2IUT5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 968 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 4 詳細: Protein (30.3 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM Succinate); Reservoir (1 M Lithium Chloride 0.1 M tri-Sodium Citrate pH 4, 20 %(w/v) PEG 6000); Cryoprotection (80% of 50% Peg3350, ...詳細: Protein (30.3 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM Succinate); Reservoir (1 M Lithium Chloride 0.1 M tri-Sodium Citrate pH 4, 20 %(w/v) PEG 6000); Cryoprotection (80% of 50% Peg3350, 20% Reservoir), sitting drop vapor diffusion, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.85 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 4
詳細: Protein (30.3 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM Succinate); Reservoir (1 M Lithium Chloride 0.1 M tri-Sodium Citrate pH 4, 20 %(w/v) PEG 6000); Cryoprotection (80% of 50% Peg3350, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月26日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→135.57 Å / Num. all: 90352 / Num. obs: 90352 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 18.23 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / R_sym value: 0.12 / Net I/σ(I): 10.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2-2.11	4.3	0.61	1.1	51688	11890	0.61	86.5
2.11-2.24	4.6	0.454	1.5	55008	11850	0.454	91.6
2.24-2.39	5.1	0.34	2	58496	11581	0.34	94.8
2.39-2.58	5.5	0.265	2.5	61798	11138	0.265	97.8
2.58-2.83	6.2	0.195	3.5	64091	10385	0.195	99.6
2.83-3.16	6.7	0.134	5.2	63480	9485	0.134	99.8
3.16-3.65	7.1	0.092	7.7	59291	8372	0.092	100
3.65-4.47	7.2	0.069	9.9	50936	7076	0.069	100
4.47-6.32	7.4	0.062	10.7	40549	5509	0.062	100
6.32-135.57	7.1	0.052	12.5	21857	3066	0.052	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX	AUOTSOLVE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→45.19 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / FOM work R set: 0.8643 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2144	4544	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1631	-	-	-
all	0.1657	90284	-	-
obs	0.1657	90284	95.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.3 Å² / B_iso mean: 22.849 Å² / B_iso min: 0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→45.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9567	0	47	968	10582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	9813
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.316	13249
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1442
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1731
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.611	3611

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.316	127	0.2095	2524	2651	84
2.0227-2.0465	0.2293	144	0.1944	2512	2656	87
2.0465-2.0715	0.2835	151	0.188	2557	2708	87
2.0715-2.0977	0.2688	140	0.1893	2649	2789	88
2.0977-2.1253	0.2464	133	0.1876	2654	2787	88
2.1253-2.1544	0.2868	140	0.1824	2669	2809	91
2.1544-2.1852	0.2714	141	0.1848	2748	2889	92
2.1852-2.2178	0.2218	131	0.1703	2780	2911	91
2.2178-2.2525	0.268	124	0.1638	2768	2892	94
2.2525-2.2894	0.2397	175	0.1651	2752	2927	94
2.2894-2.3289	0.2143	166	0.1539	2842	3008	93
2.3289-2.3712	0.2521	149	0.1486	2821	2970	97
2.3712-2.4168	0.2088	179	0.1538	2860	3039	97
2.4168-2.4661	0.2211	152	0.1571	2879	3031	97
2.4661-2.5198	0.2264	156	0.1563	2939	3095	99
2.5198-2.5784	0.2266	159	0.1573	2945	3104	98
2.5784-2.6429	0.2305	163	0.1575	2917	3080	99
2.6429-2.7143	0.2323	148	0.1609	3012	3160	99
2.7143-2.7942	0.2286	148	0.1718	2942	3090	100
2.7942-2.8843	0.2129	189	0.173	2977	3166	100
2.8843-2.9874	0.2422	149	0.1696	2954	3103	100
2.9874-3.107	0.2359	157	0.1753	3036	3193	100
3.107-3.2484	0.2451	187	0.172	2909	3096	100
3.2484-3.4196	0.2139	153	0.1767	2990	3143	100
3.4196-3.6337	0.2195	153	0.163	2990	3143	100
3.6337-3.9141	0.1714	159	0.1474	3003	3162	100
3.9141-4.3078	0.1514	139	0.1319	3010	3149	100
4.3078-4.9304	0.1427	153	0.1302	2995	3148	100
4.9304-6.2093	0.179	129	0.1563	3055	3184	100
6.2093-45.2015	0.1921	150	0.1857	3051	3201	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0428	0.0417	0.034	0.0288	0.0324	0.0411	0.059	-0.0026	0.0743	0.0222	-0.0439	0.0484	-0.0627	-0.0515	-0.0125	0.0931	0.0146	0.0217	0.0519	0.0052	0.0591	8.9556	10.235	15.0674
2	0.1019	0.0224	-0.0211	0.26	-0.0678	0.1599	-0.0029	0.005	-0.046	-0.0437	-0.034	0.0202	0.0136	0.0093	-0.0393	0.0712	-0.0016	-0.0054	0.073	0.0219	0.0649	16.5639	-2.6868	3.501
3	0.2162	0.0956	0.1489	0.2612	0.1637	0.1479	-0.1046	-0.0924	0.0168	-0.0231	-0.0716	0.0836	-0.0822	-0.0073	-0.1379	0.1358	0.0424	0.0121	0.0716	0.0709	0.1391	8.7549	11.156	4.4565
4	0.0156	-0.0036	0.0103	0.0089	0.0009	-0.0001	-0.047	0.0931	-0.0645	-0.0534	0.0263	0.0118	0.042	0.07	-0.0005	0.1666	-0.0591	0.0117	0.1637	-0.0182	0.1169	21.2367	-6.4535	-13.2519
5	0.005	-0.0024	-0	0.0042	-0.0034	0.0004	0.0185	0.0356	0.0411	0.0007	-0.0631	0.0042	0.028	-0.0533	-0.0001	0.2019	-0.0068	-0.0398	0.2232	0.0107	0.1753	4.8294	-4.9424	-14.977
6	0.0278	-0.0339	0.0336	0.0691	-0.0116	0.0441	0.0694	0.0027	-0.0054	-0.0735	0.0369	0.0363	0.0829	0.0008	0.138	0.1006	0.004	-0.0576	0.0666	-0.0427	-0.0168	9.2261	-6.005	49.6998
7	0.0425	0.0506	0.0555	0.1134	0.0999	0.1836	-0.0534	-0.0713	0.0459	-0.0653	-0.0639	0.0564	-0.0405	-0.0395	-0.1305	0.0096	0.0178	-0.0008	0.0736	-0.0172	0.0359	5.2414	6.6405	63.5112
8	0.0557	0.0078	0.0418	0.0121	0.005	0.0319	0.0044	-0.0878	0.0193	0.0131	-0.0246	0.0358	0.0109	-0.1282	-0.023	0.0007	0.0116	0.0074	0.0821	-0.0425	0.1046	-1.5516	5.7221	60.565
9	0.0006	0.0002	-0.004	0.0265	-0.0012	0.0047	0.0064	0.0337	0.0037	0.0524	0.0073	-0.0131	-0.0153	-0.1091	0.0002	0.0409	-0.0041	-0.0009	0.0922	-0.0188	0.0553	22.8558	4.5211	79.5458
10	0.0197	0.0071	-0.0155	0.0157	-0.0164	0.0253	-0.0336	-0.0182	0.0762	0.0267	0.025	-0.0111	-0.087	0.0574	-0.0177	0.0735	-0.0006	-0.0166	0.0691	-0.0093	0.0675	22.2981	10.8676	68.7632
11	0.0173	0.0369	0.0013	0.0463	-0.0075	0.0089	0.0091	-0.0555	0.0029	0.0402	0	0.0301	0.0193	-0.0406	0.0019	0.04	0.0135	-0.0036	0.0628	-0.0062	0.0395	14.5874	0.7237	64.2758
12	0.0111	-0.0023	0.0093	0.0177	0.0234	0.0576	-0.0722	0.0516	-0.0562	-0.0263	-0.006	0.0437	0.0905	-0.0631	-0.0126	0.1186	-0.0268	-0.0244	0.0825	0.0033	0.0862	5.7514	-9.7106	61.1554
13	0.0055	-0.0084	-0.0006	0.0069	0.0043	0.0013	-0.0326	-0.0474	-0.0644	0.0555	0.0245	0.0057	-0.0303	-0.0354	-0	0.1381	0.0367	0.0032	0.1017	-0.0015	0.062	17.7356	2.7163	84.6334
14	0.0007	-0.0032	-0.0013	0.0106	-0.0008	0.0002	-0.0377	-0.0528	0.0675	-0.0155	-0.0219	-0.0119	0.0032	-0.1168	0.0001	0.0945	0.016	-0	0.2227	-0.0531	0.1584	1.118	13.6596	76.7508
15	0.0159	0.0003	-0.011	0.0235	-0.0053	0.0087	-0.0318	0.0481	0.0383	0.0948	0.004	0.007	-0.0036	0.0385	-0.0005	0.0876	-0.0114	-0.0008	0.0603	-0.0208	0.0784	15.3481	-15.1786	40.1781
16	0.0263	0.0033	0.0169	0.0059	-0.0003	0.0084	-0.0233	0.0421	0.0257	-0.0407	-0.0053	0.0371	-0.0378	-0.0002	-0.0073	0.0599	-0.0117	-0.0029	0.0614	-0.0151	0.0532	17.3658	-19.5658	24.6938
17	0.0026	-0.0025	-0.0031	0.0066	0.0038	0.0038	-0.0544	0.0115	-0.0424	-0.0114	0.0277	-0.0329	-0.0048	-0.0218	-0	0.0748	-0.0023	-0.0032	0.0846	-0.0027	0.1096	21.2862	-38.0164	28.3006
18	0.0067	-0.0111	-0.0043	0.0886	0.0643	0.0473	0.0423	0.0548	-0.0926	-0.0136	0.0529	-0.1608	-0.0428	-0.0037	0.0144	0.0869	0.0131	-0.0037	0.1015	-0.008	0.1002	25.9757	-25.1175	27.556
19	0.0035	0.0009	0.003	0.0147	0.0074	0.0115	-0.0306	-0.0011	0.0165	0.0401	0.0388	-0.0283	0.0563	0.022	-0	0.0519	-0.0051	-0.0087	0.0624	-0.0022	0.1159	1.4752	-44.1456	27.0754
20	0.0154	-0.0046	0.0054	0.0127	-0.0059	0.0232	-0.0192	0.1012	0.0058	-0.0342	0.0386	0.0392	-0.0046	-0.0189	0.0484	-0.1208	-0.1773	-0.0858	-0.1468	-0.1012	0.0053	2.0962	-32.7353	21.7304
21	0.0515	-0.0443	0.0309	0.0481	0.0088	0.0313	0.0221	-0.0548	0.0079	0.0791	-0.0234	0.0383	0.027	0.0236	0.0148	0.0516	-0.0161	0.0109	0.0624	-0.0079	0.0867	9.5038	-29.3629	32.1351
22	0.1063	-0.0491	-0.0339	0.1561	0.0583	0.0482	-0.0501	-0.0854	0.0787	0.1461	0.1159	-0.1206	0.1046	0.0307	0.0622	0.0909	-0.0329	-0.0307	0.0821	0.0267	0.0716	18.5867	-26.9705	42.8186
23	0.013	0.0052	-0.0011	0.0043	-0.0016	0.0036	0.0009	0.0208	-0.0647	-0.0096	0.0799	0.0757	-0.0063	-0.0216	0.0005	0.1226	0.0151	0.0153	0.0902	-0.0243	0.1528	5.9138	-49.0674	28.4056
24	0.0031	-0.0041	0.0015	0.0212	0.0064	0.0047	-0.083	0.0471	-0.0587	-0.0655	0.0017	-0.1625	0.0213	-0.0083	0.0004	0.0938	0.0001	0.0053	0.134	-0.0223	0.1506	23.5217	-40.7046	18.737
25	0.002	0.0033	0.0121	0.0052	-0.0261	0.0678	0.0858	-0.0477	-0.0114	0.1116	-0.0065	0.0335	0.0626	-0.1246	0.0329	0.0968	-0.0802	0.0471	-0.0595	0.1198	-0.0126	17.965	-38.1444	108.2214
26	0.2393	0.0339	-0.0571	0.0396	-0.0097	0.0242	-0.0605	0.1166	-0.0597	0.0073	0.1056	0.1053	-0.0357	-0.0815	0.008	0.0819	0.0245	0.002	0.0682	0.0247	0.0424	17.4904	-25.1603	94.0248
27	0.0377	-0.0103	0.0106	0.0234	-0.0464	0.116	-0.053	0.0406	0.1591	0.063	0.0927	0.0312	-0.0879	-0.0562	0.0196	0.0459	0.0313	-0.0153	0.0779	0.0337	0.1054	20.6551	-20.8916	95.2481
28	0.0044	0.0008	-0.0021	-0.0001	0.0023	0.0038	0.0165	0.0386	0.0044	-0.0362	-0.0185	-0.0593	0.0308	-0.0362	-0	0.0924	0.0199	0.0159	0.1033	0.0198	0.1519	32.9628	-18.9945	88.3174
29	0.0303	0.0105	0.0043	0.0632	-0.0161	0.0816	0.0164	-0.0279	-0.0949	0.1109	-0.0034	-0.1603	-0.0195	-0.0574	0.0006	0.0584	0.0279	-0.0237	0.0429	0.0093	0.0912	29.4676	-25.2297	99.2495
30	0.0766	-0.0081	0.056	0.0815	0.0013	0.0577	-0.0766	-0.0071	-0.0605	0.2006	0.0541	0.0765	-0.0753	-0.1802	-0.0034	0.1929	-0.0087	0.0418	0.1367	-0.0146	0.0849	15.8294	-26.0878	110.2873
31	0.0744	0.0543	-0.0845	0.04	-0.0607	0.0998	0.0736	0.0053	0.0381	0.0662	0.0654	-0.023	-0.0439	0.0184	0.0113	0.254	0.012	-0.0335	0.0597	-0.0178	0.133	33.4628	-4.9672	98.6995
32	0.0019	-0.0024	-0.0105	0.0059	0.0011	0.0149	-0.0765	0.0116	0.0471	0.0375	0.1024	0.1068	-0.1059	0.0484	-0.0004	0.0995	0.0218	0.0022	0.1074	0.0204	0.0805	17.4824	-11.8561	86.523

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 55 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 56 through 249 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 250 through 285 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 286 through 316 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 317 through 333 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 25 through 75 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 76 through 122 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 123 through 147 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 148 through 163 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 164 through 201 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 202 through 249 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 250 through 285 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 286 through 306 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 307 through 328 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 25 through 75 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 76 through 101 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 102 through 122 )	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 123 through 147 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 148 through 163 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 164 through 201 )	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 202 through 249 )	C
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 250 through 285 )	C
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 286 through 306 )	C
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 307 through 329 )	C
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 25 through 75 )	D
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 76 through 122 )	D
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 123 through 163 )	D
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 164 through 183 )	D
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 184 through 249 )	D
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 250 through 285 )	D
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 286 through 303 )	D
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 304 through 329 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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