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- PDB-6x5q: Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x5q
タイトルCocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluA1
要素
  • Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
  • Glutamate receptor 1
キーワードTRANSFERASE / CaMKII / Kinase / Human / CAMK2A
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of AMPA receptors / peptidyl-threonine autophosphorylation / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / regulation of endocannabinoid signaling pathway / axonal spine / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / positive regulation of membrane potential / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / cellular response to ammonium ion ...Activation of AMPA receptors / peptidyl-threonine autophosphorylation / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / regulation of endocannabinoid signaling pathway / axonal spine / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / positive regulation of membrane potential / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / cellular response to ammonium ion / dendritic spine development / negative regulation of hydrolase activity / regulation of neurotransmitter secretion / neuron spine / myosin V binding / Synaptic adhesion-like molecules / Cargo concentration in the ER / Trafficking of AMPA receptors / response to arsenic-containing substance / regulation of neuron migration / positive regulation of calcium ion transport / cellular response to dsRNA / glutamate receptor activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / dendritic spine membrane / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / long-term synaptic depression / COPII-mediated vesicle transport / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / beta-2 adrenergic receptor binding / cellular response to peptide hormone stimulus / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / neuronal cell body membrane / protein kinase A binding / cellular response to amine stimulus / spinal cord development / perisynaptic space / Phase 0 - rapid depolarisation / AMPA glutamate receptor activity / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / response to lithium ion / Ion transport by P-type ATPases / AMPA glutamate receptor complex / Long-term potentiation / adenylate cyclase binding / Regulation of MECP2 expression and activity / immunoglobulin binding / excitatory synapse / response to electrical stimulus / regulation of receptor recycling / regulation of neuronal synaptic plasticity / G-protein alpha-subunit binding / HSF1-dependent transactivation / glutamate receptor binding / long-term memory / postsynaptic density, intracellular component / neuronal action potential / regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to interferon-beta / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / response to fungicide / Ion homeostasis / synapse assembly / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / synaptic membrane / response to ischemia / dendritic shaft / angiotensin-activated signaling pathway / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / response to cocaine / synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / PDZ domain binding / cellular response to amino acid stimulus / neuromuscular junction / RAF activation / ER to Golgi transport vesicle membrane / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / recycling endosome / cerebral cortex development / receptor internalization / cellular response to type II interferon / small GTPase binding / long-term synaptic potentiation / endocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants
類似検索 - 分子機能
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor ...Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor 1 / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Ozden, C. / Stratton, M.M. / Garman, S.C.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: CaMKII binds both substrates and activators at the active site.
著者: Ozden, C. / Sloutsky, R. / Mitsugi, T. / Santos, N. / Agnello, E. / Gaubitz, C. / Foster, J. / Lapinskas, E. / Esposito, E.A. / Saneyoshi, T. / Kelch, B.A. / Garman, S.C. / Hayashi, Y. / Stratton, M.M.
履歴
登録2020年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
B: Glutamate receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1485
ポリマ－32,8722
非ポリマー2763
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.629, 57.456, 107.707
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha / CaMK-II subunit alpha


分子量: 30548.086 Da / 分子数: 1 / 変異: D135N, Q223K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMK2A, CAMKA, KIAA0968 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UQM7, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Glutamate receptor 1 / GluR-1 / AMPA-selective glutamate receptor 1 / GluR-A / GluR-K1 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-1 / AMPA-selective glutamate receptor 1 / GluR-A / GluR-K1 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 1 / GluA1


分子量: 2323.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42261
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris, 28% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 K thorughout the collection / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月29日 / 詳細: Rigaku VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 15265 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.202 / Χ2: 0.746 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.14-2.184.40.3777240.8920.1940.4260.62892.7
2.18-2.224.60.3917130.8930.1990.4410.60394.6
2.22-2.264.70.3977330.880.2010.4470.64493.6
2.26-2.314.80.5077320.8090.2510.5671.1698.5
2.31-2.3650.5247470.0130.3890.6630.82295.3
2.36-2.415.10.3067480.9220.1470.3410.60996
2.41-2.4750.2917530.9440.140.3240.65598.8
2.47-2.545.20.2857460.9530.1350.3170.57694.2
2.54-2.615.20.2857570.950.1340.3160.58499.6
2.61-2.75.30.2727400.9540.1280.3020.65994.4
2.7-2.795.10.2787760.9610.1320.3090.7199.7
2.79-2.95.30.2087590.950.0990.2310.63896.1
2.9-3.045.10.1777630.9730.0840.1960.60198.6
3.04-3.25.10.1627570.9830.0770.180.72597.8
3.2-3.45.10.1347750.9840.0640.1490.73697.6
3.4-3.665.10.1297910.9870.0610.1431.02498.1
3.66-4.034.90.1267830.9850.0610.141.198.6
4.03-4.614.90.0937900.9920.0460.1040.89998.8
4.61-5.814.60.0988090.9850.050.1110.72698.2
5.81-504.10.0858690.9950.0450.0970.80897.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VZK

6vzk


解像度: 2.14→39.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 5.435 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 754 5 %RANDOM
Rwork0.1893 ---
obs0.1915 14475 95.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.49 Å2 / Biso mean: 15.884 Å2 / Biso min: 1.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.94 Å2-0 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→39.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2241 0 18 96 2355
Biso mean--30.61 14.48 -
残基数----284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0132311
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.6363126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.291.5745006
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7595282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.20322.174115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.55915388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7881513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02481
LS精密化 シェル解像度: 2.104→2.159 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 36 -
Rwork0.224 798 -
all-834 -
obs--72.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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