PDB-3vav: Crystal structure of 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransfe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vav

タイトル

Crystal structure of 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase from Burkholderia thailandensis

要素

3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Burkolderia thailandensis / melioidosis / Ketopantoate hydroxymethyltransferase (KPHMT)

機能・相同性

機能・相同性情報

3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase / 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase activity / pantothenate biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2011年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vav.cif.gz	936.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vav.ent.gz	775.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3vav_validation.pdf.gz	519.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vav_full_validation.pdf.gz	538 KB	表示
XML形式データ	3vav_validation.xml.gz	111.7 KB	表示
CIF形式データ	3vav_validation.cif.gz	165.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/3vav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/3vav	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC 3ez4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ez4-d 1oy0-1 1o68-2 1m3u-d 6whg-d 1glb-1 1flo-d 1wx0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ButhA.00112.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

B: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

C: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

D: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

E: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

F: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

G: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

H: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

I: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

J: 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase

ヘテロ分子

291 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.710, 174.750, 104.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.710, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase / Ketopantoate hydroxymethyltransferase / KPHMT 分子量: 29052.336 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / 遺伝子: BTH_I1311, panB / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q2SYZ1, 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: ButhA.00112.a.A1 PW33325 at 38.6 mg/mL against PACT H2 0.2 M sodium bromide, 0.1 M Bis Tris propane pH 8.5, 20% PEG 3350, crystal tracking ID 225054h2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 256134 / Num. obs: 255864 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 22.655 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 23.86

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
1.8-1.85		7.1	0.452	4.31	133976	18885	18851	99.8
1.85-1.9			0.365	5.37	133063		18492	99.9
1.9-1.95			0.287	6.82	130045		17845	99.9
1.95-2.01			0.235	8.34	128212		17398	99.9
2.01-2.08			0.196	10.03	125441		16866	100
2.08-2.15			0.16	12.27	122246		16339	99.9
2.15-2.23			0.136	14.46	118243		15719	99.9
2.23-2.32			0.114	17	114572		15200	99.9
2.32-2.43			0.104	18.63	109314		14492	100
2.43-2.55			0.088	21.8	105199		13942	99.9
2.55-2.68			0.076	24.92	99681		13226	100
2.68-2.85			0.064	29.28	93861		12466	99.9
2.85-3.04			0.054	33.87	88596		11772	99.9
3.04-3.29			0.042	42.39	82044		10954	99.9
3.29-3.6			0.033	53.18	74628		10069	99.9
3.6-4.02			0.029	59.82	66361		9131	99.9
4.02-4.65			0.024	68.08	59012		8051	99.9
4.65-5.69			0.024	65.9	52258		6825	99.9
5.69-8.05			0.024	64.67	40749		5313	99.8
	8.05		0.016	84.94	21985		2913	99.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	47.83 Å
Translation	3 Å	47.83 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3ez4

3ez4

解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / WR_factor R_free: 0.1635 / WR_factor R_work: 0.1431 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9214 / SU B: 3.756 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.0221 / SU R_free: 0.0208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1801	12850	5 %	RANDOM
R_work	0.1537	-	-	-
obs	0.155	255850	99.86 %	-
all	-	256134	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.67 Å² / B_iso mean: 18.1463 Å² / B_iso min: 6.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.88 Å²	0 Å²	0.49 Å²
2-	-	2.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18653	0	45	2458	21156

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	19502
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12905
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.326	1.97	26605
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.904	3	31546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.953	5	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.163	23.55	783
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.004	15	3005
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.491	15	143
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	3127
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	22216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3935

LS精密化シェル

解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	939	-
R_work	0.195	17592	-
all	-	18531	-
obs	-	-	98.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2877	0.0071	-0.1183	0.2779	-0.1395	0.2459	-0.0188	-0.017	0.0246	0.0279	-0.0048	-0.003	0.0034	-0.0043	0.0236	0.049	-0.0085	-0.0081	0.0603	0.0165	0.0725	-2.8677	38.0022	7.4844
2	0.5357	0.2633	-0.3202	0.2655	-0.3212	0.4869	-0.0266	0.0678	0.0303	-0.0444	0.027	0.0228	0.0161	-0.0543	-0.0004	0.0342	-0.0064	-0.0174	0.0652	0.0338	0.0836	-6.5106	43.9821	-7.3781
3	0.2949	-0.1681	-0.1209	0.2118	0.1731	0.1842	0.0119	0.0512	0.0338	0.0179	-0.0195	0.0331	0.0049	0.0108	0.0076	0.0378	0.0009	-0.0012	0.0894	0.013	0.0657	-3.8635	9.0419	-5.047
4	0.9041	-0.266	-0.4863	0.4795	0.3306	0.4756	-0.0287	0.14	-0.1008	-0.0277	-0.0692	0.0721	0.0278	-0.0808	0.0979	0.0177	0.0043	-0.0085	0.1302	-0.0255	0.0463	-8.6915	-1.3751	-15.7737
5	0.391	-0.0933	0.0915	0.3808	-0.0465	0.0472	-0.0031	0.0441	-0.0221	0.0097	0.0048	0.0179	-0.0182	0.0063	-0.0017	0.0405	0.0012	-0.0012	0.0792	-0.0103	0.0616	-8.4849	-10.7725	18.4075
6	0.8007	-0.5484	0.1475	0.8712	-0.1679	0.1634	-0.0074	-0.0702	-0.1055	0.0434	0.026	0.1129	0.032	-0.0265	-0.0187	0.0194	-0.0151	-0.0038	0.0697	-0.0007	0.0922	-15.714	-22.8973	25.4908
7	0.3333	0.0215	0.1633	0.0431	-0.0393	0.2893	0.0085	-0.0257	-0.0213	-0.0047	-0.0094	0.012	-0.0111	-0.0134	0.0009	0.0488	0.0044	0.0111	0.0884	0.0004	0.0511	-10.6757	5.4033	44.966
8	0.8508	-0.265	0.39	0.2223	-0.0222	0.8819	-0.0383	-0.1649	0.0676	0.0621	0.0292	0.0447	-0.0321	-0.1018	0.0091	0.024	0.0052	0.0264	0.1418	-0.0147	0.0443	-17.4364	8.9748	58.8121
9	0.3694	0.1139	0.1129	0.302	0.049	0.1419	-0.0416	-0.0291	0.0141	0.0156	0.05	0.0304	-0.0301	-0.0253	-0.0084	0.075	0.0183	0.0034	0.0575	-0.0098	0.0596	-7.4961	35.9256	37.7954
10	0.9648	0.2785	0.6471	0.7564	0.188	0.6049	-0.1917	0.0336	0.2184	0.0245	0.0808	0.1507	-0.195	-0.0293	0.1109	0.0905	0.0405	-0.0378	0.0507	-0.0078	0.1257	-11.9249	51.2508	37.9628
11	0.3205	-0.1755	0.0722	0.2135	-0.1778	0.1971	0.0086	0.0504	0.0111	0.0154	-0.0164	-0.0078	-0.0066	0.0236	0.0078	0.0432	-0.0079	-0.0062	0.0794	0.0225	0.0716	27.6347	28.8311	3.2249
12	1.0174	-0.3544	0.5399	0.5837	-0.4189	0.4912	-0.0615	0.078	0.1942	0.0309	-0.0299	-0.0963	-0.0499	0.0706	0.0914	0.0101	-0.0222	-0.0138	0.077	0.06	0.1188	35.0916	42.368	-0.4472
13	0.3213	-0.05	0.1239	0.0926	0.0688	0.3044	-0.0009	0.0121	-0.0131	0.0071	-0.017	-0.0032	0.0055	0.0135	0.0179	0.0472	0.0006	0.0033	0.085	0.009	0.0512	25.3722	-2.2382	3.1696
14	0.6042	0.1301	0.1421	0.0906	0.1678	0.6606	-0.0036	0.1296	0.0085	-0.0246	0.0058	-0.0305	0.0088	0.0769	-0.0021	0.0277	0.024	0.0214	0.127	0.0137	0.0385	33.1537	-2.8828	-10.3736
15	0.2876	0.0818	0.0924	0.3076	0.0455	0.0575	0.0052	-0.0126	-0.0186	0.007	0.005	-0.0063	-0.0136	0.0066	-0.0102	0.052	-0.002	-0.0021	0.0745	0.0055	0.0572	20.7644	-11.8714	32.3917
16	0.5221	0.3127	-0.0167	0.5596	0.0959	0.1885	-0.0043	0.0498	-0.1191	-0.0058	0.0322	-0.0859	0.0212	0.0139	-0.0279	0.0323	0.011	-0.0169	0.059	-0.0021	0.0937	25.5946	-26.5014	28.0788
17	0.4963	0.0875	-0.1729	0.0501	-0.0018	0.2767	-0.0004	-0.0622	0.0537	-0.0222	0.0015	-0.0157	0.0156	0.0027	-0.0011	0.0475	-0.0004	0.0013	0.0886	-0.0152	0.0525	20.1594	13.413	51.1154
18	0.8991	-0.1774	-0.3597	0.349	-0.2149	0.4171	-0.0443	-0.2088	-0.0475	-0.0016	0.033	0.0026	0.0392	0.0741	0.0112	0.016	0.0047	-0.0116	0.1551	0.015	0.0183	23.4625	4.1828	63.5331
19	0.187	-0.0786	-0.0393	0.2219	0.1645	0.296	-0.0283	0.0091	0.0086	-0.0056	0.0067	0.01	-0.0348	0.0405	0.0216	0.0801	-0.0213	-0.0134	0.0519	-0.008	0.0566	24.4279	38.4421	32.9159
20	0.4406	-0.4073	-0.1103	0.6318	0.4381	0.5121	-0.0863	-0.0622	0.0426	0.0498	0.0814	-0.0414	-0.0707	0.078	0.0049	0.0879	-0.0285	-0.0332	0.0581	-0.029	0.0655	29.0934	46.7797	45.75

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	165 - 271
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	10 - 147
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	167 - 270
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	9 - 147
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	167 - 271
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	9 - 146
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	167 - 271
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	9 - 146
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	166 - 271
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	9 - 146
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	165 - 271
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	9 - 147
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	168 - 271
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	9 - 147
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	164 - 271
17	X-RAY DIFFRACTION	17	I	9 - 147
18	X-RAY DIFFRACTION	18	I	165 - 271
19	X-RAY DIFFRACTION	19	J	10 - 146
20	X-RAY DIFFRACTION	20	J	164 - 271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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