PDB-3v9o: Crystal structure of Dihydroneopterin aldolase (BTH_I0291) from B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v9o

タイトル

Crystal structure of Dihydroneopterin aldolase (BTH_I0291) from Burkholderia thailendensis bound to guanine.

要素

Dihydroneopterin aldolase

キーワード

LYASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity / folic acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.451 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2011年12月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v9o.cif.gz	68.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v9o.ent.gz	50.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v9o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/3v9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/3v9o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC 3o1kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ct1-d 2xrs-1 5lzj-d 3vvo-d 1tue-6 3stb-d 5elf-1 5ele-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ButhA.17925.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dihydroneopterin aldolase

ヘテロ分子

16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydroneopterin aldolase

ヘテロ分子

A: Dihydroneopterin aldolase

ヘテロ分子

A: Dihydroneopterin aldolase

ヘテロ分子

A: Dihydroneopterin aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.984, 73.984, 110.976
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-232- HOH

#1: タンパク質	Dihydroneopterin aldolase 分子量: 16010.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: BTH_I0291 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2T1V0
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン分子量: 151.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅O
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS, SSGCID: ButhA.17925.a.A1 PW33456, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K, pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 27570 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Χ²: 1.016 / Net I/σ(I): 13.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.45-1.48	14.4	0.559	1351	1.01	1	100
1.48-1.5	14.3	0.459	1350	1.026	1	100
1.5-1.53	14.4	0.408	1353	1.023	1	100
1.53-1.56	14.4	0.334	1363	1.016	1	100
1.56-1.6	14.4	0.272	1360	1.006	1	100
1.6-1.63	14.4	0.238	1357	1.011	1	100
1.63-1.67	14.5	0.208	1340	1.026	1	100
1.67-1.72	14.4	0.17	1382	1.011	1	100
1.72-1.77	14.5	0.147	1388	1	1	100
1.77-1.83	14.5	0.118	1335	0.954	1	100
1.83-1.89	14.4	0.1	1361	0.975	1	100
1.89-1.97	14.4	0.089	1372	0.968	1	100
1.97-2.06	14.4	0.077	1386	0.979	1	100
2.06-2.17	14.4	0.075	1371	1.003	1	100
2.17-2.3	14	0.078	1382	1.008	1	100
2.3-2.48	13.2	0.076	1392	1.077	1	100
2.48-2.73	12.9	0.072	1394	1.052	1	100
2.73-3.12	13.4	0.064	1404	0.987	1	100
3.12-3.94	13.7	0.045	1428	1.057	1	99.9
3.94-50	13.3	0.042	1501	1.145	1	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3O1K

3o1k

解像度: 1.451→38.064 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / FOM work R set: 0.8883 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2044	1390	5.04 %	Random
R_work	0.1736	-	-	-
all	0.2044	28959	-	-
obs	0.1752	27569	99.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.24 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.968 Å² / k_sol: 0.388 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 100 Å² / B_iso mean: 26.1951 Å² / B_iso min: 11.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3429 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.3429 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.6857 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.451→38.064 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	945	0	36	94	1075

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	1039
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.812	1411
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	165
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	181
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.669	396

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4514-1.5033	0.2548	130	0.238	2567	2697	100
1.5033-1.5634	0.2234	131	0.2096	2586	2717	100
1.5634-1.6346	0.1898	131	0.1834	2585	2716	100
1.6346-1.7208	0.2087	154	0.1708	2572	2726	100
1.7208-1.8286	0.2108	127	0.1604	2596	2723	100
1.8286-1.9698	0.1956	142	0.1654	2591	2733	100
1.9698-2.168	0.1944	164	0.1639	2593	2757	100
2.168-2.4816	0.1936	149	0.1664	2625	2774	100
2.4816-3.1264	0.2153	139	0.1788	2656	2795	100
3.1264-38.0775	0.2042	123	0.1722	2808	2931	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.2839	2.6737	-2.656	1.8379	1.6949	7.533	-0.0624	-1.5725	0.1063	1.7297	0.2701	-0.7351	-0.6539	0.2299	-0.1552	1.2959	0.1322	-0.2213	0.5895	0.0495	0.5394	27.8882	-36.9194	31.712
2	2.83	1.689	-1.879	6.5733	-4.0678	4.1466	0.0181	-0.0438	-0.0235	0.1632	-0.1663	-0.1417	-0.1695	0.1884	0.1472	0.0934	-0.0089	-0.0172	0.1481	-0.029	0.0689	24.4878	-29.5292	14.7117
3	3.459	1.1479	-1.0305	2.7113	-1.1641	2.4012	0.0612	-0.0332	0.0079	0.1948	0.0686	0.3465	-0.1154	-0.1958	-0.1094	0.1185	0.0298	0.0333	0.1171	-0.0167	0.1122	17.7808	-32.793	17.0526
4	3.3579	0.128	0.0616	4.2348	-5.5738	7.3601	-0.1353	-0.048	0.1764	0.0013	0.5009	0.6222	-0.0294	-0.3629	-0.4273	0.1449	0.0219	-0.0004	0.2059	0.0099	0.1776	16.8776	-23.6065	14.1401
5	7.3486	1.4254	0.5482	7.1343	-3.1644	1.9479	0.0297	-0.614	-0.0302	1.295	-0.6114	-1.6183	-0.6443	0.5166	0.5027	0.4906	-0.0051	-0.1373	0.3674	0.1479	0.6301	18.9067	-11.2685	12.3367
6	5.322	0.9503	-3.1448	0.8575	-0.4851	2.5059	0.0163	-0.0237	0.0787	0.0714	-0.0374	0.0721	-0.0276	-0.0513	0.0293	0.1415	0.0093	-0.0032	0.1114	-0.0196	0.0842	28.5596	-21.9132	17.0647
7	6.4531	-3.71	-1.3887	6.321	0.5995	2.1628	-0.0371	-1.0905	0.114	1.1284	0.0438	0.0719	0.2331	-0.0586	0.0459	0.2888	-0.0491	0.0341	0.3645	-0.0609	0.1202	24.4168	-25.5455	30.5617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 10:14)	A	10 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 15:33)	A	15 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 34:72)	A	34 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 73:82)	A	73 - 82
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 83:86)	A	83 - 86
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 87:131)	A	87 - 131
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 132:136)	A	132 - 136

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