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Yorodumi- PDB-3o1k: Crystal structure of putative dihydroneopterin aldolase (FolB) fr... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3o1k | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of putative dihydroneopterin aldolase (FolB) from Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 | ||||||
Components | Dihydroneopterin aldolase FolB, putative | ||||||
Keywords | LYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / clan THBO-biosyn (CL0334) / (PF02152) / dihydroneopterin aldolase / FolB / folic acid and derivative metabolic process (GO:0006760) | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationdihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity / folic acid biosynthetic process / isomerase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / 2o90 / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Nocek, B. / Zhou, M. / Papazisi, L. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be PublishedTitle: Crystal structure of putative dihydroneopterin aldolase (FolB) from Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 Authors: Nocek, B. / Zhou, M. / Papazisi, L. / Anderson, W. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 3o1k.cif.gz | 205.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3o1k.ent.gz | 170.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3o1k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3o1k_validation.pdf.gz | 465.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3o1k_full_validation.pdf.gz | 474 KB | Display | |
| Data in XML | 3o1k_validation.xml.gz | 21 KB | Display | |
| Data in CIF | 3o1k_validation.cif.gz | 28.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/3o1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/3o1k | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 14870.187 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (bacteria)Strain: N16961 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-EDO / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.02 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 5% isopropanon, 0.1 M Hepes, 10%Peg 4K, 25 % sucrose as cryo protectant, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 19, 2010 / Details: mirrors |
| Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.95→40 Å / Num. all: 41310 / Num. obs: 41277 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 44.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 30 |
| Reflection shell | Resolution: 1.95→1.98 Å / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2045 / % possible all: 99.4 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: 2o90 / Resolution: 1.95→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 9.444 / SU ML: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.156 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 37.428 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→40 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 1.951→2.002 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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