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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xrs
タイトルCrystal structures exploring the origins of the broader specificity of escherichia coli heat-labile enterotoxin compared to cholera toxin
要素HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
キーワードTOXIN / HOST-PATHOGEN INTERACTIONS / MOLECULAR RECOGNITION / PROTEIN-CARBOHYDRATE INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Holmner, A. / Mackenzie, A. / Okvist, M. / Jansson, L. / Lebens, M. / Teneberg, S. / Krengel, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures Exploring the Origins of the Broader Specificity of Escherichia Coli Heat-Labile Enterotoxin Compared to Cholera Toxin
著者: Holmner, A. / Mackenzie, A. / Okvist, M. / Jansson, L. / Lebens, M. / Teneberg, S. / Krengel, U.
履歴
登録2010年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月6日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22012年8月1日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
改定 2.02017年6月28日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / diffrn_source ...atom_site / diffrn_source / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _diffrn_source.type / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.id / _struct_sheet_range.sheet_id
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 3.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
G: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
H: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
L: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
M: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
N: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
O: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
P: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,03020
ポリマ－118,07510
非ポリマー3,95510
水14,754819
1
L: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
M: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
N: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
O: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
P: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,91310
ポリマ－59,0385
非ポリマー1,8765
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13980 Å2
ΔGint-54.5 kcal/mol
Surface area21890 Å2
手法PISA
2
D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
G: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
H: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,11710
ポリマ－59,0385
非ポリマー2,0795
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14170 Å2
ΔGint-52.5 kcal/mol
Surface area22350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.420, 61.060, 100.830
Angle α, β, γ (deg.)94.57, 95.24, 114.10
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21E
31F
41G
51H
61L
71M
81N
91O
101P

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALATYRTYR2DA1 - 121 - 12
21ALAALATYRTYR2EB1 - 121 - 12
31ALAALATYRTYR2FC1 - 121 - 12
41ALAALATYRTYR2GD1 - 121 - 12
51ALAALATYRTYR2HE1 - 121 - 12
61ALAALATYRTYR2LF1 - 121 - 12
71ALAALATYRTYR2MG1 - 121 - 12
81ALAALATYRTYR2NH1 - 121 - 12
91ALAALATYRTYR2OI1 - 121 - 12
101ALAALATYRTYR2PJ1 - 121 - 12
12ASNASNGLYGLY1DA14 - 4514 - 45
22ASNASNGLYGLY1EB14 - 4514 - 45
32ASNASNGLYGLY1FC14 - 4514 - 45
42ASNASNGLYGLY1GD14 - 4514 - 45
52ASNASNGLYGLY1HE14 - 4514 - 45
62ASNASNGLYGLY1LF14 - 4514 - 45
72ASNASNGLYGLY1MG14 - 4514 - 45
82ASNASNGLYGLY1NH14 - 4514 - 45
92ASNASNGLYGLY1OI14 - 4514 - 45
102ASNASNGLYGLY1PJ14 - 4514 - 45
13GLUGLUGLUGLU3DA4646
23GLUGLUGLUGLU3EB4646
33GLUGLUGLUGLU3FC4646
43GLUGLUGLUGLU3GD4646
53GLUGLUGLUGLU3HE4646
63GLUGLUGLUGLU3LF4646
73GLUGLUGLUGLU3MG4646
83GLUGLUGLUGLU3NH4646
93GLUGLUGLUGLU3OI4646
103GLUGLUGLUGLU3PJ4646
14THRTHRASNASN1DA47 - 10347 - 103
24THRTHRASNASN1EB47 - 10347 - 103
34THRTHRASNASN1FC47 - 10347 - 103
44THRTHRASNASN1GD47 - 10347 - 103
54THRTHRASNASN1HE47 - 10347 - 103
64THRTHRASNASN1LF47 - 10347 - 103
74THRTHRASNASN1MG47 - 10347 - 103
84THRTHRASNASN1NH47 - 10347 - 103
94THRTHRASNASN1OI47 - 10347 - 103
104THRTHRASNASN1PJ47 - 10347 - 103

-
要素

#1: タンパク質
HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN / LT-B\ / PORCINE / LTP-B / AB5 TOXIN B SUBUNIT


分子量: 11807.539 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PORCINE ENTEROTOXIN PLT B SUBUNIT CONTAINS LINEAR NEOLACTOTETRAOSE GAL BETA4 GLCNAC BETA3 GAL BETA4
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PMLPLTBTAC / 発現宿主: VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / 株 (発現宿主): JS1569 / 参照: UniProt: P32890
#2: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 545.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-1/a3-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 819 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細MATURE PROTEIN AFTER CLEAVAGE OF SIGNAL PEPTIDE

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, 200 MM SODIUM CITRATE, 20% GLYCEROL, 100MM BIS-TRIS PROPANE (PH 6.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→14 Å / Num. obs: 92987 / % possible obs: 87.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 25.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.35
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / % possible all: 67.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EFI

1efi


解像度: 1.81→13.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 6.33 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21864 4790 5.2 %RANDOM
Rwork0.1948 ---
obs0.19605 88179 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.367 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å2-0.91 Å2-1.65 Å2
2---0.6 Å20.34 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→13.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8240 0 266 819 9325
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0228668
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2751.99911724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.44351028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.36425.455352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.679151686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2491540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216061
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3971.55171
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80528499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.73533497
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7094.53224
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1D751tight positional0.030.05
2E751tight positional0.040.05
3F751tight positional0.040.05
4G751tight positional0.040.05
5H751tight positional0.040.05
6L751tight positional0.040.05
7M751tight positional0.040.05
8N751tight positional0.040.05
9O751tight positional0.040.05
10P751tight positional0.040.05
1D38medium positional0.030.5
2E38medium positional0.040.5
3F38medium positional0.060.5
4G38medium positional0.050.5
5H38medium positional0.040.5
6L38medium positional0.030.5
7M38medium positional0.030.5
8N38medium positional0.050.5
9O38medium positional0.050.5
10P38medium positional0.050.5
1D751tight thermal0.130.5
2E751tight thermal0.120.5
3F751tight thermal0.120.5
4G751tight thermal0.110.5
5H751tight thermal0.120.5
6L751tight thermal0.130.5
7M751tight thermal0.120.5
8N751tight thermal0.120.5
9O751tight thermal0.120.5
10P751tight thermal0.130.5
1D38medium thermal0.112
2E38medium thermal0.112
3F38medium thermal0.12
4G38medium thermal0.12
5H38medium thermal0.082
6L38medium thermal0.092
7M38medium thermal0.082
8N38medium thermal0.112
9O38medium thermal0.12
10P38medium thermal0.12
LS精密化 シェル解像度: 1.808→1.904 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 599 -
Rwork0.301 10594 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9634-0.18190.62032.4339-0.43411.91040.02310.1045-0.0209-0.2358-0.02860.1939-0.0143-0.0870.00550.02550.0079-0.01720.0442-0.03960.0792-10.3907-5.6963-15.6047
21.3022-0.12270.40462.4320.07211.2546-0.01380.03480.0970.0282-0.04760.0164-0.21190.05990.06140.04710.0036-0.00740.02890.00170.0093-5.225715.7211-10.3532
31.5723-0.29020.89192.0697-0.31271.7841-0.0693-0.07250.14870.3259-0.0614-0.2013-0.21370.15310.13060.1055-0.0462-0.03710.04750.01140.03727.784315.29338.0506
40.9469-0.00590.54472.5456-0.19711.6043-0.0542-0.0535-0.12640.23020.0039-0.17560.00040.15220.05030.0395-0.0116-0.0070.06470.02670.03911.201-6.205813.7928
51.2861-0.21210.60831.95570.16311.96180.06460.0414-0.2199-0.034-0.04240.13670.2156-0.0461-0.02220.02780.00010.0060.01480.00660.087-0.1193-19.1821-0.727
61.1289-0.01430.54152.169-0.4281.83080.02590.0874-0.009-0.22230.00360.19030.0069-0.1043-0.02950.02590.009-0.0210.0419-0.03050.0686-27.854615.364934.8067
71.2080.02530.36662.8382-0.04871.4934-0.02810.05590.10260.0056-0.00040.0203-0.26220.07890.02850.0640.012-0.00560.0415-0.00080.0096-22.500336.920839.5189
81.5796-0.18861.05372.0097-0.27741.9176-0.0472-0.0770.17090.2443-0.0529-0.1784-0.25950.1170.10010.1136-0.0247-0.01220.04330.00080.0357-9.050936.776757.4731
90.8967-0.03450.42212.5693-0.27671.8046-0.0223-0.039-0.12570.17320.0024-0.1770.01720.1620.01990.0335-0.0061-0.00690.06680.01150.0328-5.303215.38863.4989
101.2345-0.11610.54431.98540.01691.80110.04950.0418-0.1711-0.0379-0.02980.11380.2194-0.0519-0.01970.03660.00570.01130.0260.00260.0622-17.1022.147649.5768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D1 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2E1 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3F1 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4G1 - 208
5X-RAY DIFFRACTION5H1 - 208
6X-RAY DIFFRACTION6L1 - 208
7X-RAY DIFFRACTION7M1 - 208
8X-RAY DIFFRACTION8N1 - 208
9X-RAY DIFFRACTION9O1 - 208
10X-RAY DIFFRACTION10P1 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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