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- PDB-1lt6: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B-PENTAMER COMPLEXED WITH METANITROPHENYL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lt6
タイトルHEAT-LABILE ENTEROTOXIN B-PENTAMER COMPLEXED WITH METANITROPHENYLGALACTOSIDE
要素HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
キーワードENTEROTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Merritt, E.A. / Hol, W.G.J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Structural foundation for the design of receptor antagonists targeting Escherichia coli heat-labile enterotoxin.
著者: Merritt, E.A. / Sarfaty, S. / Feil, I.K. / Hol, W.G.
#1: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 1994
タイトル: Galactose-Binding Site in Escherichia Coli Heat-Labile Enterotoxin (Lt) and Cholera Toxin (Ct)
著者: Merritt, E.A. / Sixma, T.K. / Kalk, K.H. / Van Zanten, B.A. / Hol, W.G.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Refined Structure of Escherichia Coli Heat-Labile Enterotoxin, a Close Relative of Cholera Toxin
著者: Sixma, T.K. / Kalk, K.H. / Van Zanten, B.A. / Dauter, Z. / Kingma, J. / Witholt, B. / Hol, W.G.
履歴
登録1997年10月1日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
G: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
H: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
L: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
M: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
N: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
O: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
P: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,08820
ポリマ－118,07510
非ポリマー3,01210
水4,540252
1
D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
G: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
H: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,54410
ポリマ－59,0385
非ポリマー1,5065
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
L: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
M: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
N: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
O: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
P: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,54410
ポリマ－59,0385
非ポリマー1,5065
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.670, 95.360, 85.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
HEAT-LABILE ENTEROTOXIN / LT-I


分子量: 11807.539 Da / 分子数: 10 / 断片: B-PENTAMER / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: PORCINE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: P32890
#2: 糖
ChemComp-GAA / 3-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside / METANITROPHENYL-ALPHA-D-GALACTOSIDE / 3-nitrophenyl alpha-D-galactoside / 3-nitrophenyl D-galactoside / 3-nitrophenyl galactoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 301.249 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15NO8
識別子タイププログラム
metanitrophenyl-a-D-galactosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: batch method / 詳細: three-layered solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
2100 mMTris-HCl11
3200 mM11NaCl
40.5 mMEDTA11
50.1 mMazide11
6200 mMthiodigalactoside12
7100 mMTris-HCl12
842 %PEG600013
9100 mMTris-HCl13
1protein11
1050 mM13NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: DOUBLY-FOCUSED MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 51781 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.23 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.298 / % possible all: 71.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XENGENデータ収集
MACROデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
XENGENデータ削減
MACROデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LTA

1lta


解像度: 2.2→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 詳細: BABINET BULK SOLVENT MODEL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 -7 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.182 46246 82.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.742 Å20 Å21.669 Å2
2--1.919 Å20 Å2
3---3.822 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8240 0 210 252 8702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.66
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.53
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.12
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it6.24
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.12
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.24
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.23 Å / Total num. of bins used: 15 /
Rfactor反射数
Rfree0.379 73
Rwork0.284 1093
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM1.CHOLOCALLY MODIFIED TOPH1.CHO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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