PDB-3tml: Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tml

タイトル

Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Burkholderia cenocepacia

要素

2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2011年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tml.cif.gz	405.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tml.ent.gz	333 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tml_validation.pdf.gz	469.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tml_full_validation.pdf.gz	477.6 KB	表示
XML形式データ	3tml_validation.xml.gz	41 KB	表示
CIF形式データ	3tml_validation.cif.gz	58.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/3tml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/3tml	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cSC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pxo-1 1ydo-d 3juk-d 6cac-d 3mwy-d 2y0e-2 4bzw-1 5v38-d 7b08-d 5cdf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BuceA.00102.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

C: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

D: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

ヘテロ分子

126 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

C: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

ヘテロ分子

B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

D: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
126 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.380, 149.010, 151.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase / KDO-8-phosphate synthase / KDO 8-P synthase ...3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase / KDO-8-phosphate synthase / KDO 8-P synthase / KDOPS / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase 分子量: 31282.639 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: J2315 / LMG 16656 / 遺伝子: kdsA, BceJ2315_21430, BCAL2180 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B4EDA2, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: EBS internal tracking number 224146E2. JCSG E2. 2000 mM Ammonium sulfate, cacodylate 6.5, 200 mM NaCl. BuceA.00102.a.A1 PS01142 at 74 mg/mL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月17日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→43.26 Å / Num. obs: 85003 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 28.944 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 11.54

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.9-1.95		4.1	0.564	2.4	25066	6170	99.7
1.95-2			0.464	2.8	24808	6086	99.9
2-2.06			0.375	3.5	24231	5946	99.9
2.06-2.12			0.283	4.5	23208	5685	99.9
2.12-2.19			0.238	5.2	22779	5565	99.9
2.19-2.27			0.218	5.7	21321	5287	97.7
2.27-2.36			0.177	6.7	21288	5212	99.8
2.36-2.45			0.139	8.1	20267	4980	99.8
2.45-2.56			0.121	9.2	19787	4839	99.9
2.56-2.69			0.099	10.8	18782	4612	99.8
2.69-2.83			0.087	12.3	17889	4403	99.9
2.83-3			0.071	15.2	16912	4172	99.9
3-3.21			0.057	18.5	15830	3935	99.8
3.21-3.47			0.046	22.5	14645	3659	99.7
3.47-3.8			0.044	24.2	13342	3370	99.3
3.8-4.25			0.038	27.4	12168	3089	99.4
4.25-4.91			0.035	29.8	10711	2729	99.7
4.91-6.01			0.034	28.3	9212	2353	99.7
6.01-8.5			0.034	29.3	7061	1835	99.1
	8.5		0.03	30.8	3839	1076	97.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	47.71 Å
Translation	2.5 Å	47.71 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3T4C

3t4c

解像度: 1.9→43.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 7.449 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	4254	5 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.189	85003	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.089 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7855	0	34	405	8294

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	8107
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5357
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.462	1.973	11025
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.955	3	13115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.369	5	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.667	24.036	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.041	15	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.633	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	9113
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1594

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	302	-
R_work	0.298	5467	-
all	-	5769	-
obs	-	-	99.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3061	0.3854	0.2038	2.1732	0.4209	1.2734	-0.0392	0.01	-0.0545	-0.1273	-0.0135	-0.0234	0.3348	-0.0462	0.0527	0.2649	-0.0105	0.027	0.0034	-0.0086	0.0411	-12.623	-20.167	38.253
2	0.3266	0.2699	0.3297	1.5038	-0.1937	1.5916	0.0176	-0.0253	-0.047	0.0936	-0.0691	-0.0796	0.5984	0.0627	0.0516	0.4316	0.0163	0.0331	0.0134	0.0167	0.0349	-11.833	-17.248	-3.615
3	0.3303	-0.0617	-0.3284	1.3098	-0.5086	1.5349	-0.0295	0.0285	0.0263	0.0086	-0.001	-0.0254	-0.2641	0.0001	0.0305	0.232	-0.0136	-0.0345	0.0181	0.0025	0.049	-10.598	14.789	36.164
4	0.2473	-0.0195	-0.0452	1.1111	0.266	1.9624	-0.0422	-0.0169	0.0204	0.0556	-0.0338	0.022	-0.3279	-0.0721	0.076	0.2095	0.0113	-0.0207	0.0143	-0.019	0.0461	-13.958	17.582	-0.985

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 283
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 283
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 283
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 283

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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