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Yorodumi- PDB-4bzw: Complete crystal structure of the carboxylesterase Cest-2923 (lp_... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bzw | ||||||
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Title | Complete crystal structure of the carboxylesterase Cest-2923 (lp_2923) from Lactobacillus plantarum WCFS1 | ||||||
Components | LIPASE/ESTERASE | ||||||
Keywords | HYDROLASE / LACTIC ACID BACTERIA | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | LACTOBACILLUS PLANTARUM (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.148 Å | ||||||
Authors | Benavente, R. / Esteban-Torres, M. / Acebron, I. / delasRivas, B. / Munoz, R. / Alvarez, Y. / Mancheno, J.M. | ||||||
Citation | Journal: FEBS J. / Year: 2013 Title: Structure, Biochemical Characterization and Analysis of the Pleomorphism of Carboxylesterase Cest-2923 from Lactobacillus Plantarum Wcfs1 Authors: Benavente, R. / Esteban-Torres, M. / Acebron, I. / De Las Rivas, B. / Munoz, R. / Alvarez, Y. / Mancheno, J.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4bzw.cif.gz | 241.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4bzw.ent.gz | 199 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4bzw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/4bzw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/4bzw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4bzzC 4c01C 3d3nS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31275.307 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) LACTOBACILLUS PLANTARUM (bacteria) / Strain: WCFS1 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: F9US10, carboxylesterase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-144 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.8 Å3/Da / Density % sol: 67 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 4.6 Details: 1.7 M AMMONIUM SULPHATE, 0.15 M SODIUM ACETATE, PH 4.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.94 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.94 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→46.3 Å / Num. obs: 53876 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 17.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.26 Å / Redundancy: 18 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3D3N Resolution: 2.148→46.367 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.33 / Phase error: 18.7 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.148→46.367 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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