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- PDB-2x72: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CONSTITUTIVELY ACTIVE E113Q,D2C,D282C RH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x72
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE CONSTITUTIVELY ACTIVE E113Q,D2C,D282C RHODOPSIN MUTANT WITH BOUND GALPHACT PEPTIDE.
要素
  • GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T) SUBUNIT ALPHA-1
  • RHODOPSIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / CHROMOPHORE / LIPOPROTEIN / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE / RETINAL PROTEIN / G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR / SENSORY TRANSDUCTION / PHOTORECEPTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / sperm head plasma membrane / rod bipolar cell differentiation / absorption of visible light / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / G protein-coupled opsin signaling pathway / photoreceptor inner segment membrane ...Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / sperm head plasma membrane / rod bipolar cell differentiation / absorption of visible light / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / G protein-coupled opsin signaling pathway / photoreceptor inner segment membrane / podosome assembly / G protein-coupled photoreceptor activity / 11-cis retinal binding / detection of light stimulus involved in visual perception / rod photoreceptor outer segment / cellular response to light stimulus / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / thermotaxis / Activation of the phototransduction cascade / outer membrane / detection of temperature stimulus involved in thermoception / response to light intensity / photoreceptor cell maintenance / arrestin family protein binding / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / acyl binding / phototransduction, visible light / response to light stimulus / photoreceptor outer segment / phototransduction / G-protein alpha-subunit binding / photoreceptor inner segment / sperm midpiece / visual perception / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / microtubule cytoskeleton organization / photoreceptor disc membrane / GDP binding / cell-cell junction / heterotrimeric G-protein complex / gene expression / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / GTPase activity / protein kinase binding / GTP binding / zinc ion binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / Rhodopsin / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein alpha subunit, group I ...Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / Rhodopsin / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-LPP / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / PALMITIC ACID / RETINAL / Rhodopsin / Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Standfuss, J. / Edwards, P.C. / Dantona, A. / Fransen, M. / Xie, G. / Oprian, D.D. / Schertler, G.F.X.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: The Structural Basis of Agonist Induced Activation in Constitutively Active Rhodopsin
著者: Standfuss, J. / Edwards, P.C. / Dantona, A. / Fransen, M. / Xie, G. / Oprian, D.D. / Schertler, G.F.X.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of a Thermally Stable Rhodopsin Mutant.
著者: Standfuss, J. / Xie, G. / Edwards, P.C. / Burghammer, M. / Oprian, D.D. / Schertler, G.F.X.
履歴
登録2010年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHODOPSIN
B: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T) SUBUNIT ALPHA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,69910
ポリマ－40,2992
非ポリマー3,4008
水32418
1
A: RHODOPSIN
B: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T) SUBUNIT ALPHA-1
ヘテロ分子

A: RHODOPSIN
B: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T) SUBUNIT ALPHA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,39920
ポリマ－80,5984
非ポリマー6,80116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area15700 Å2
ΔGint-36.8 kcal/mol
Surface area30260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)243.986, 243.986, 109.156
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RHODOPSIN


分子量: 39033.602 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: RETINA / Cell: ROD PHOTORECEPTOR / 器官: EYE / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI- CELLS / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P02699
#2: タンパク質・ペプチド GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T) SUBUNIT ALPHA-1 / GACT PEPTIDE / TRANSDUCIN ALPHA-1 CHAIN


分子量: 1265.499 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 340-350 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: P04695

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糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 6種, 24分子

#4: 化合物 ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#7: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#8: 化合物 ChemComp-LPP / 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / L-B,G-DIPALMITOYL-A-PHOSPHATIDIC ACID DISODIUM SALT / 3-SN-PHOSPHATIDIC ACID / 1,2-DIPALMITOYLDISODIUM SALT / ジパルミトイルホスファチジン酸


分子量: 648.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H69O8P / コメント: リン脂質*YM
#9: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 2 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 113 TO GLN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 2 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 113 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 282 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 341 TO LEU
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE (LPP): PARTIALLY DISORDERED N- ...2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE (LPP): PARTIALLY DISORDERED N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE (NAG): PART OF THE N-GLYCAN DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE (PEF): PART OF THE N-GLYCAN PALMITIC ACID (PLM): PALMITOYLATION OF CYSTEINS ALPHA-D-MANNOSE (MAN): PART OF N-GLYCAN BETA-D-MANNOSE (BMA): PART OF N-GLYCAN ACETYL GROUP (ACE): ACETYLATION OF N-TERMINUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5
詳細: 3.0-3.4 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 25221 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 69.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 65.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DQB AND 1GZM

3dqb

1gzm


解像度: 3→39.94 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 1158 5.1 %
Rwork0.21 --
obs0.212 22912 91.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.21 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 80.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.3635 Å20 Å20 Å2
2---20.3635 Å20 Å2
3---40.7269 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→39.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2679 0 224 18 2921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.524058
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7151135
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005480
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.13650.3336960.31461903X-RAY DIFFRACTION65
3.1365-3.30180.29281290.27452224X-RAY DIFFRACTION75
3.3018-3.50850.28921420.24722865X-RAY DIFFRACTION98
3.5085-3.77920.22391540.21252931X-RAY DIFFRACTION99
3.7792-4.15920.20911670.17542929X-RAY DIFFRACTION99
4.1592-4.76020.19431450.16682957X-RAY DIFFRACTION100
4.7602-5.99410.23841880.18772928X-RAY DIFFRACTION100
5.9941-39.94340.25281370.22123017X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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