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- PDB-1gzm: Structure of Bovine Rhodopsin in a Trigonal Crystal Form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gzm
タイトルStructure of Bovine Rhodopsin in a Trigonal Crystal Form
要素RHODOPSIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / PHOTORECEPTOR / RETINAL PROTEIN / VISUAL PIGMENT / G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / PALMITATE / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / sperm head plasma membrane / rod bipolar cell differentiation / absorption of visible light / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / G protein-coupled opsin signaling pathway / photoreceptor inner segment membrane / podosome assembly ...Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / sperm head plasma membrane / rod bipolar cell differentiation / absorption of visible light / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / G protein-coupled opsin signaling pathway / photoreceptor inner segment membrane / podosome assembly / G protein-coupled photoreceptor activity / 11-cis retinal binding / rod photoreceptor outer segment / cellular response to light stimulus / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / thermotaxis / Activation of the phototransduction cascade / outer membrane / detection of temperature stimulus involved in thermoception / response to light intensity / photoreceptor cell maintenance / arrestin family protein binding / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / response to light stimulus / phototransduction, visible light / G-protein alpha-subunit binding / phototransduction / photoreceptor outer segment / sperm midpiece / visual perception / guanyl-nucleotide exchange factor activity / microtubule cytoskeleton organization / photoreceptor disc membrane / cell-cell junction / gene expression / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / Rhodopsin / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx ...Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / Rhodopsin / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / PALMITIC ACID / RETINAL / Rhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Li, J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2004
タイトル: Structure of Bovine Rhodopsin in a Trigonal Crystal Form
著者: Li, J. / Edwards, P. / Burghammer, M. / Villa, C. / Schertler, G.F.X.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2004
タイトル: Crystals of Native and Modified Bovine Rhodopsins and Their Heavy Atom Derivatives
著者: Edwards, P. / Li, J. / Burghammer, M. / Mcdowell, J.H. / Villa, C. / Hargrave, P.A. / Schertler, G.F.X.
履歴
登録2002年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月19日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHODOPSIN
B: RHODOPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,93631
ポリマ-78,1152
非ポリマー9,82129
72140
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area35620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.820, 103.820, 76.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-1, -0.00056, 0.00019), (0.00056, -1, -0.0003), (0.00019, -0.0003, 1)51.91986, 29.94182, 0.00307
2given(-1, -0.00056, 0.00019), (0.00056, -1, -0.0003), (0.00019, -0.0003, 1)51.91986, 29.94182, 0.00307
3given(-0.99999, -0.00308, 0.00187), (0.00309, -0.99999, 0.00094), (0.00186, 0.00095, 1)52.03257, 29.86744, -0.09026

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要素

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タンパク質 / , 2種, 6分子 AB

#1: タンパク質 RHODOPSIN


分子量: 39057.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: DISULFIDE LINK BETWEEN A110 AND A187, AND B110 AND B187
由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / Cell: ROD PHOTORECEPTOR / 器官: EYE / 組織: RETINA / 参照: UniProt: P02699
#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 7種, 65分子

#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C20H28O
#4: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C16H32O2
#5: 化合物 ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

構成要素の詳細LIGHT-ABSORBING MOLECULES THAT MEDIATE VISION. CONSIST OF AN APOPROTEIN, OPSIN, COVALENTLY BOUND TO ...LIGHT-ABSORBING MOLECULES THAT MEDIATE VISION. CONSIST OF AN APOPROTEIN, OPSIN, COVALENTLY BOUND TO 11-CIS-RETINAL.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
解説: DATA WERE COLLECTED USING MICROFOCUSED SYNCHROTRON SOURCE.
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: VAPOUR DIFFUSION IN SITTING DROPS OF 15 MG/ML PROTEIN AND 0.2% C8E4, 0.05%LDAO AGAINST 0.8M LI2SO4, 1.6% PEG8000 AND 20% GLYCEROL, pH 8.5
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Edwards, P., (2004) J. Mol. Biol., 343, 1439.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
20.6-1.1 M1reservoirLi2SO4
31.6 %PEG80001reservoir
420 %(v/v)glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.782
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→46 Å / Num. obs: 26026 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 58.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 86
反射
*PLUS
% possible obs: 97 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.1 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F88
解像度: 2.65→46 Å / Rfactor Rfree error: 0.0066 / Data cutoff high absF: 10000000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE FOLLOWING HOH RESIDUES ARE EQUIVALENT BY NON- CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY AND ARE EQUIVALENT TO THESE RESIDUES IN THE PRIMARY REFERENCE: U1 == V1, AND WATER RESIDUE 7 IN REFERENCE U2 == V3, ...詳細: THE FOLLOWING HOH RESIDUES ARE EQUIVALENT BY NON- CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY AND ARE EQUIVALENT TO THESE RESIDUES IN THE PRIMARY REFERENCE: U1 == V1, AND WATER RESIDUE 7 IN REFERENCE U2 == V3, AND WATER RESIDUE 16 IN REFERENCE U3 == V4, AND WATER RESIDUE 8 IN REFERENCE U4 == V5, AND WATER RESIDUE 11 IN REFERENCE U5 == V6, AND WATER RESIDUE 4 IN REFERENCE U6 == V7, AND WATER RESIDUE 13 IN REFERENCE U7 == V11, AND WATER RESIDUE 6 IN REFERENCE U8 == V9, AND WATER RESIDUE 3 IN REFERENCE U9 == V19, AND WATER RESIDUE 15 IN REFERENCE U10 == V3, AND WATER RESIDUE 18 IN REFERENCE U11 == V13, AND WATER RESIDUE 5 IN REFERENCE U12 == V14, AND WATER RESIDUE 14 IN REFERENCE U13 == V15, AND WATER RESIDUE 19 IN REFERENCE U14 == V16, AND WATER RESIDUE 9 IN REFERENCE U15 == V17, AND WATER RESIDUE 1 IN REFERENCE U16 == V12, AND WATER RESIDUE 17 IN REFERENCE U17 == V18, AND WATER RESIDUE 20 IN REFERENCE U18 == V2, AND WATER RESIDUE 12 IN REFERENCE U19 == V19, AND WATER RESIDUE 2 IN REFERENCE U20 == V20, AND WATER RESIDUE 10 IN REFERENCE THE FOLLOWING CARBOHYDRATE RESIDUES ARE EQUIVALENT BY NON- CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY: A1335 IS EQUIVALENT TO B1335 A1336 IS EQUIVALENT TO B1336 A1337 IS EQUIVALENT TO B1350 A1338 IS EQUIVALENT TO B1337 A1339 IS EQUIVALENT TO B1338 A1340 IS EQUIVALENT TO B1339
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2353 1322 4.9 %RANDOM
Rwork0.2015 ---
obs0.2015 24704 97 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.454 Å2-8.526 Å20 Å2
2---4.454 Å20 Å2
3---8.907 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5212 0 540 40 5792
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.781.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.132.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.813
Refine LS restraints NCSRms dev Biso : 1 Å2 / Rms dev position: 0.515 Å / Weight position: 5
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.0275 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3146 130 4.8 %
Rwork0.3089 2165 -
obs--84.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP_LYR7_CYP.PARAMPROTEIN_LYR2_CYP.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4LIPID-DETG3.PARAMLIPID-DETG.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 46 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.235 / Rfactor Rwork: 0.202
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.293
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.876
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.315 / Rfactor Rwork: 0.312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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