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- PDB-6sdg: Crystal structure of the DNA binding domain of M. polymorpha Auxi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sdg
タイトルCrystal structure of the DNA binding domain of M. polymorpha Auxin Response Factor 2 (MpARF2) in complex with High Affinity DNA
要素
  • 21-7_A
  • 21-7_B
  • Auxin response factor
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription Factor / DNA binding / Nucleus / Hormone Response
機能・相同性
機能・相同性情報


auxin-activated signaling pathway / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #1040 / Auxin response factor domain / Auxin response factor / Auxin response factor ancillary domain / DNA-binding pseudobarrel domain / At1g16640 B3 domain / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain ...SH3 type barrels. - #1040 / Auxin response factor domain / Auxin response factor / Auxin response factor ancillary domain / DNA-binding pseudobarrel domain / At1g16640 B3 domain / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / : / PB1 domain profile. / SH3 type barrels. / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Auxin response factor / Auxin response factor
類似検索 - 構成要素
生物種Marchantia polymorpha (ゼニゴケ)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Crespo, I. / Weijers, D. / Boer, D.R.
引用
ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2020
タイトル: Design principles of a minimal auxin response system.
著者: Kato, H. / Mutte, S.K. / Suzuki, H. / Crespo, I. / Das, S. / Radoeva, T. / Fontana, M. / Yoshitake, Y. / Hainiwa, E. / van den Berg, W. / Lindhoud, S. / Ishizaki, K. / Hohlbein, J. / Borst, J. ...著者: Kato, H. / Mutte, S.K. / Suzuki, H. / Crespo, I. / Das, S. / Radoeva, T. / Fontana, M. / Yoshitake, Y. / Hainiwa, E. / van den Berg, W. / Lindhoud, S. / Ishizaki, K. / Hohlbein, J. / Borst, J.W. / Boer, D.R. / Nishihama, R. / Kohchi, T. / Weijers, D.
#1: ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2020
タイトル: Design principles of a minimal auxin response system
著者: Kato, H. / Mutte, S.K. / Suzuki, H. / Crespo, I. / Das, S. / Radoeva, T. / Fontana, M. / Yoshitake, Y. / Hainiwa, E. / van den Berg, W. / Lindhoud, S. / Hohlbein, J. / Borst, J.W. / Boer, D.R. ...著者: Kato, H. / Mutte, S.K. / Suzuki, H. / Crespo, I. / Das, S. / Radoeva, T. / Fontana, M. / Yoshitake, Y. / Hainiwa, E. / van den Berg, W. / Lindhoud, S. / Hohlbein, J. / Borst, J.W. / Boer, D.R. / Nishihama, R. / Kohchi, T. / Ishizak, K. / Weijers, D.
履歴
登録2019年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Auxin response factor
B: Auxin response factor
C: 21-7_A
D: 21-7_B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2774
ポリマ－94,2774
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Different DNAs tested and peak mobility checked against calibration curve. Retention time fits the corresponding for a complex between 21-7 dsDNA and a dimer of MpARF2
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8320 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area37970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.768, 79.360, 79.767
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.929, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ILEILEGLNGLN(chain 'A' and (resid 24 through 63 or resid 69...AA24 - 6324 - 63
121ILEILEGLNGLN(chain 'A' and (resid 24 through 63 or resid 69...AA69 - 10869 - 108
131SERSERARGARG(chain 'A' and (resid 24 through 63 or resid 69...AA126 - 232126 - 232
141LYSLYSSERSER(chain 'A' and (resid 24 through 63 or resid 69...AA239 - 304239 - 304
151PROPROASNASN(chain 'A' and (resid 24 through 63 or resid 69...AA307 - 360307 - 360
261ILEILEGLNGLN(chain 'B' and (resid 24 through 232 or resid 239 through 360))BB24 - 6324 - 63
271ILEILEGLNGLN(chain 'B' and (resid 24 through 232 or resid 239 through 360))BB69 - 10869 - 108
281SERSERARGARG(chain 'B' and (resid 24 through 232 or resid 239 through 360))BB126 - 232126 - 232
291LYSLYSSERSER(chain 'B' and (resid 24 through 232 or resid 239 through 360))BB239 - 304239 - 304
2101PROPROASNASN(chain 'B' and (resid 24 through 232 or resid 239 through 360))BB307 - 360307 - 360
1112DTDTDGDG(chain 'C' and (resid 0 through 8 or resid 12 through 20))CC0 - 81 - 9
1122DCDCDADA(chain 'C' and (resid 0 through 8 or resid 12 through 20))CC12 - 2013 - 21
2132DTDTDGDG(chain 'D' and (resid 0 through 8 or resid 12 through 20))DD0 - 81 - 9
2142DCDCDADA(chain 'D' and (resid 0 through 8 or resid 12 through 20))DD12 - 2013 - 21

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Auxin response factor


分子量: 40694.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 遺伝子: MpARF2 / プラスミド: pTWIN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: A0A0K2QVG1, UniProt: A0A0G3FH20*PLUS
#2: DNA鎖 21-7_A


分子量: 6439.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: DNA鎖 21-7_B


分子量: 6448.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.82 % / 解説: Cube-shaped
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Required amount of DNA to 2:1 (protein:DNA) stoichiometry was diluted in [20 mM Tris (pH8.0), 500 mM NaCl] and protein was added to final concentration of 5 mg/mL. Crystals of MpARF2-DBD:DNA ...詳細: Required amount of DNA to 2:1 (protein:DNA) stoichiometry was diluted in [20 mM Tris (pH8.0), 500 mM NaCl] and protein was added to final concentration of 5 mg/mL. Crystals of MpARF2-DBD:DNA were obtained in 0.2 M Sodium formate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 by the sitting-drop vapor-diffusion method at 18 deg. C, in drops of 1 uL + 1 uL (protein:reservoir). Cube-shaped crystals appeared in less than a week. Cryo-cooling in liquid nitrogen was carried out using a cryo-protecting solution containing reservoir solution supplemented with 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月24日
放射モノクロメーター: Channel cut Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→29.2 Å / Num. obs: 14035 / % possible obs: 73.52 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 101.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/av σ(I): 1.11 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.96→3.423 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.641 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1336 / % possible all: 5.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LDX

4ldx


解像度: 2.96→29.2 Å / SU ML: 0.4858 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.3336
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2775 768 5.48 %
Rwork0.2149 13246 -
obs0.2183 14014 73.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 112.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.96→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4987 896 0 0 5883
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01326128
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45068509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093957
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.99173548
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.96-3.190.4793360.3918743X-RAY DIFFRACTION20.63
3.19-3.510.37651290.3122006X-RAY DIFFRACTION56.41
3.51-4.010.34721950.2713280X-RAY DIFFRACTION91.4
4.01-5.050.27111970.20893587X-RAY DIFFRACTION99.27
5.05-29.20.24172110.18113630X-RAY DIFFRACTION98.74
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.106204392 Å / Origin y: 56.7470847469 Å / Origin z: 16.8740073752 Å
111213212223313233
T0.689626566759 Å20.058445062087 Å2-0.0116795328676 Å2-0.349253719147 Å20.0233729434469 Å2--0.482766010149 Å2
L2.46040428184 °2-0.265043951266 °20.480848197131 °2-0.738043378499 °20.0862746575827 °2--0.431717435798 °2
S-0.300193589597 Å °-0.427818301695 Å °-0.225306433161 Å °0.15783592539 Å °0.211933781248 Å °0.0584168478184 Å °-0.239283306345 Å °-0.123980001732 Å °0.110438039813 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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