PDB-4ldx: Crystal structure of the DNA binding domain of arabidopsis thalia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ldx

タイトル

Crystal structure of the DNA binding domain of arabidopsis thaliana auxin response factor 1 (ARF1) in complex with protomor-like sequence ER7

要素

Auxin response factor 1
ER7, forward sequence
ER7, reverse sequence

キーワード

TRANSCRIPTION/DNA / protein-dna complex / Transcription factor / promotor DNA / nucleus / TRANSCRIPTION-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

leaf senescence / cell death / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Boer, D.R. / Freire-Rios, A. / van den Berg, W.M.A. / Weijers, D. / Coll, M.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for DNA Binding Specificity by the Auxin-Dependent ARF Transcription Factors.
著者: Boer, D.R. / Freire-Rios, A. / van den Berg, W.A. / Saaki, T. / Manfield, I.W. / Kepinski, S. / Lopez-Vidrieo, I. / Franco-Zorrilla, J.M. / de Vries, S.C. / Solano, R. / Weijers, D. / Coll, M.

履歴

登録	2013年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ldx.cif.gz	323.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ldx.ent.gz	261.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ldx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/4ldx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/4ldx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Auxin response factor 1

B: Auxin response factor 1

C: ER7, forward sequence

D: ER7, reverse sequence

95.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.520, 105.190, 127.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LEU	LEU	A	A	16 - 355	16 - 355
2	1	SER	SER	LEU	LEU	B	B	16 - 355	16 - 355
1	2	DT	DT	DA	DA	C	C	1 - 21	1 - 21
2	2	DT	DT	DA	DA	D	D	1 - 21	1 - 21

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Auxin response factor 1 分子量: 41182.504 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA Binding Domain, UNP residues 1-355 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: ARF1, At1g59750, F23H11.7 / プラスミド: ptwin1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: Q8L7G0
#2: DNA鎖	ER7, forward sequence 分子量: 6429.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: The sequence resembles naturally occurring promotors and is known to bind ARF proteins
#3: DNA鎖	ER7, reverse sequence 分子量: 6456.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: The sequence resembles naturally occurring promotors and is known to bind ARF proteins
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 nL complex (4 mg/mL ARF1) and 100 nL crystallization buffer (10% PEG 20K, Glycine pH 8.5, 7.5% propanediol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→35 Å / Num. obs: 25033 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 55 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 3622 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
REFMAC	5.7.0032	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4LDV

4ldv

解像度: 2.9→33.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.868 / SU B: 38.943 / SU ML: 0.328 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25932	1203	4.8 %	RANDOM
R_work	0.21413	-	-	-
obs	0.21626	23815	98.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.427 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.58 Å²	-0 Å²	1.21 Å²
2-	-	3.16 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→33.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5386	855	0	33	6274

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.018	6488
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	5647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.502	1.815	8971
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.146	3	13050
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.969	5	664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.633	22.932	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.479	15	939
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.783	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	933
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	6694
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.246	2.947	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.245	2.946	2670
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.918	4.406	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.917	4.408	3331
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.892	3.337	3817
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.892	3.338	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.271	4.952	5642
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.949	25.362	7273
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.948	25.368	7272
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18238	0.14
1	2	B	18238	0.14
2	1	C	1532	0.15
2	2	D	1532	0.15

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	88	-
R_work	0.358	1736	-
obs	-	-	98.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5471	-0.2038	-0.1398	0.3623	0.082	0.713	-0.0824	-0.0942	0.0025	-0.0481	0.053	-0.0363	0.012	-0.0026	0.0294	0.1344	-0.0073	-0.0138	0.0783	-0.0104	0.1216	-9.8703	-14.4222	-13.5616
2	0.0254	-0.2008	-0.0195	2.2801	0.7508	1.244	0.0147	0.0173	0.0015	-0.0261	0.0079	-0.0863	-0.0538	0.0564	-0.0227	0.0931	-0.0239	-0.0047	0.1081	-0.0296	0.121	-7.9102	18.1953	-10.4256
3	0.3688	0.2166	0.0916	0.2775	-0.2014	0.5797	-0.0112	-0.0526	-0.0253	-0.0287	0.0122	-0.0251	-0.0234	0.0504	-0.001	0.1618	-0.0085	-0.0061	0.1407	-0.0201	0.09	-13.9827	-15.2128	-17.4731
4	5.287	-1.1092	-0.4242	2.3764	0.7049	0.2492	-0.1958	-0.017	0.1882	-0.0656	0.2272	0.032	0.0352	-0.012	-0.0313	0.1235	-0.0665	-0.0479	0.2397	0.0735	0.057	-30.082	-13.5139	-12.3974
5	0.5736	-0.1022	0.1641	1.1287	0.0684	0.7611	-0.0603	0.182	0.0129	-0.0078	0.1334	-0.0464	0.0133	-0.0483	-0.0731	0.095	-0.0113	0.0009	0.1398	0.0105	0.0981	-2.5698	-17.0402	-46.4192
6	0.1643	0.2059	0.1148	3.3978	-0.8087	1.1988	0.0213	0.0101	-0.1047	-0.0535	0.2834	-0.233	-0.2105	-0.0941	-0.3047	0.141	0.0243	0.1184	0.1227	0.0502	0.2105	-3.222	12.7897	-53.3103
7	1.6782	-0.0061	-1.109	0.6634	1.0743	2.4663	0.0278	0.014	0.0233	0.0599	0.0289	-0.0287	0.1101	0.0249	-0.0567	0.1325	-0.0066	-0.0108	0.0957	-0.0118	0.0931	-0.6293	-20.037	-42.056
8	5.3138	1.5865	-1.1037	0.5192	-0.6355	2.3337	-0.073	-0.0805	0.0342	-0.0115	-0.0205	-0.0067	0.0072	0.0381	0.0934	0.1132	0.0195	0.0145	0.0687	-0.042	0.1005	17.6481	-16.9503	-48.0943
9	2.5995	4.4282	0.1068	7.6694	0.0827	0.0879	0.2624	0.1046	-0.2582	0.8615	-0.0368	-0.3231	-0.2019	0.075	-0.2256	0.6369	-0.1162	0.2965	0.1838	-0.0307	0.2335	1.4331	29.9948	-44.8022
10	0.1843	-0.4756	0.4907	2.7045	0.6862	3.9299	0.0723	-0.1087	-0.0522	-0.607	0.3965	-0.0499	-0.126	-0.0679	-0.4688	0.2019	-0.056	-0.0199	0.1029	-0.0092	0.1183	-17.4728	33.4193	-16.3137
11	0.1607	0.4666	0.38	1.6623	1.2849	1.0084	-0.0165	0.0263	0.0016	-0.3867	0.109	-0.1443	-0.2437	0.0683	-0.0925	0.3945	0.0913	0.1561	0.2472	0.0596	0.1821	-11.7861	31.2356	-26.2676
12	17.389	0.2334	-7.1744	4.4554	-0.9461	3.125	0.4747	-0.8019	0.7016	0.1127	-0.3189	-0.6378	-0.2065	0.3651	-0.1558	0.1888	-0.1176	0.1845	0.2402	-0.1558	0.3505	9.3029	31.2279	-54.2934

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	117 - 222
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	223 - 290
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	291 - 356
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	15 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	115 - 234
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	235 - 286
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	287 - 355
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 13
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	14 - 21
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	1 - 15
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	16 - 21

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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