PDB-7al6: Crystal structure of the hypothetical protein PA1622 from Pseudom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7al6

タイトル

Crystal structure of the hypothetical protein PA1622 from Pseudomonas aeruginosa PAO1

要素

Probable hydrolase

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Pseudomonas aeruginosa / hypothetical protein / Alpha/Beta hydrolase fold / Putative lipolytic enzyme

機能・相同性

: / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Probable hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Feiler, C.G. / Blankenfeldt, W.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the hypothetical protein PA1622 from Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Feiler, C.G. / Blankenfeldt, W.

履歴

登録	2020年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7al6.cif.gz	434.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7al6.ent.gz	363.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7al6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/7al6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/7al6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7al5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7al5-d 3juk-d 3wci-2 6fhn-d 4bzw-1 3vjb-1 6sdg-d 3wc9-3 6kkr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Probable hydrolase

B: Probable hydrolase

C: Probable hydrolase

D: Probable hydrolase

ヘテロ分子

126 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.758, 136.758, 148.126
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Probable hydrolase 分子量: 31334.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA1622 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I3A0
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.24 M magnesium formate 22% PEG 3350 20mg/ml protein concentration

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月14日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→44.76 Å / Num. obs: 91339 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 34.36 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 15.71
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.918 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique obs: 9065 / CC_1/2: 0.753 / CC star: 0.927 / R_pim(I) all: 0.328 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7AL5

7al5

解像度: 2.1→44.76 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2065	4540	4.97 %
R_work	0.163	-	-
obs	0.1652	91329	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8778	0	71	666	9515

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	9101
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.463	12332
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.754	1290
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1369
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1604

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.12	0.2772	151	0.2336	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.15	0.2845	148	0.2155	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.18	0.2496	169	0.2195	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.2	0.2715	141	0.2012	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.23	0.2094	152	0.2026	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.26	0.2672	121	0.1894	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.29	0.2422	142	0.184	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.33	0.2349	136	0.1791	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.37	0.2161	151	0.1786	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.4	0.207	146	0.1722	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.45	0.2403	160	0.1718	2892	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.49	0.2242	149	0.175	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.54	0.2447	143	0.1721	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.59	0.2559	144	0.1671	2897	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.65	0.2233	122	0.1762	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.71	0.2409	149	0.1774	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.77	0.2132	165	0.1707	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.85	0.2119	175	0.1666	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.93	0.2096	170	0.1682	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.03	0.2096	145	0.1763	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.14	0.2388	175	0.1676	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.26	0.2376	153	0.1789	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.41	0.2372	161	0.1711	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.59	0.2285	161	0.1576	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.82	0.1721	146	0.1467	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.11	0.1641	125	0.1359	2938	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-4.52	0.1686	154	0.1268	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
4.52-5.18	0.1542	172	0.1298	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
5.18-6.52	0.2276	139	0.1648	2946	X-RAY DIFFRACTION	100
6.52-44.76	0.1762	175	0.1703	2911	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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