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Yorodumi- PDB-4c01: Complete crystal structure of carboxylesterase Cest-2923 (lp_2923... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4c01 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Complete crystal structure of carboxylesterase Cest-2923 (lp_2923) from Lactobacillus plantarum WCFS1 | ||||||
Components | CEST-2923 | ||||||
Keywords | HYDROLASE | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | LACTOBACILLUS PLANTARUM (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Benavente, R. / Esteban-Torres, M. / Acebron, I. / de las Rivas, B. / Munoz, R. / Alvarez, Y. / Mancheno, J.M. | ||||||
Citation | Journal: FEBS J. / Year: 2013Title: Structure, Biochemical Characterization and Analysis of the Pleomorphism of Carboxylesterase Cest-2923 from Lactobacillus Plantarum Wcfs1 Authors: Benavente, R. / Esteban-Torres, M. / Acebron, I. / De Las Rivas, B. / Munoz, R. / Alvarez, Y. / Mancheno, J.M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4c01.cif.gz | 677.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4c01.ent.gz | 570.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4c01.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4c01_validation.pdf.gz | 533.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4c01_full_validation.pdf.gz | 577.5 KB | Display | |
| Data in XML | 4c01_validation.xml.gz | 75 KB | Display | |
| Data in CIF | 4c01_validation.cif.gz | 103.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c01 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4bzwC ![]() 4bzzC ![]() 3d3nS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
|
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
| #1: Protein | Mass: 31275.307 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) LACTOBACILLUS PLANTARUM (bacteria) / Strain: WCFS1 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 1045 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-QY9 / #5: Chemical | ChemComp-CCN / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.8 Å3/Da / Density % sol: 67 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | pH: 4.6 Details: 1.7 M AMMONIUM SULPHATE, 0.15 M SODIUM ACETATE, PH 4.6 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9687 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9687 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.3→49 Å / Num. obs: 124688 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 21.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 143.2 |
| Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 46.5 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 3D3N Resolution: 2.3→49.205 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.33 / Phase error: 31 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→49.205 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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