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- PDB-2x4p: Crystal structure of MHC CLass I HLA-A2.1 bound to a photocleavab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x4p
タイトルCrystal structure of MHC CLass I HLA-A2.1 bound to a photocleavable peptide
要素
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2.1
  • HLA-A2.1-RESTRICTED INFLUENZA A MATRIX EPITOPE
キーワードIMMUNE SYSTEM / GLYCOPROTEIN / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / MATRIX (M1)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / CD8 receptor binding ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / CD8 receptor binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / TAP binding / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / T cell receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / antibacterial humoral response / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / : / RNA binding
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Celie, P.H.N. / Toebes, M. / Rodenko, B. / Ovaa, H. / Perrakis, A. / Schumacher, T.N.M.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Class I Major Histocompatibility Complexes Loaded by a Periodate Trigger.
著者: Rodenko, B. / Toebes, M. / Celie, P.H.N. / Perrakis, A. / Schumacher, T.N.M. / Ovaa, H.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Uv-Induced Ligand Exchange in Mhc Class I Protein Crystals.
著者: Celie, P.H.N. / Toebes, M. / Rodenko, B. / Ovaa, H. / Perrakis, A. / Schumacher, T.N.M.
履歴
登録2010年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_proc ...entity_poly / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2.1
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: HLA-A2.1-RESTRICTED INFLUENZA A MATRIX EPITOPE
D: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2.1
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: HLA-A2.1-RESTRICTED INFLUENZA A MATRIX EPITOPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,38617
ポリマ－89,8586
非ポリマー1,52911
水7,819434
1
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2.1
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: HLA-A2.1-RESTRICTED INFLUENZA A MATRIX EPITOPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5037
ポリマ－44,9293
非ポリマー5754
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-10.1 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
2
D: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2.1
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: HLA-A2.1-RESTRICTED INFLUENZA A MATRIX EPITOPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,88310
ポリマ－44,9293
非ポリマー9547
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-9.1 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.201, 86.496, 80.783
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2.1 / HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / A-2 ALPHA CHAIN


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN / BETA-2-MICROGLOBULIN FORM PI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XLI BLUE / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド HLA-A2.1-RESTRICTED INFLUENZA A MATRIX EPITOPE


分子量: 1195.225 Da / 分子数: 2 / 断片: FRAGMENT RESIDUES 58-66 / 由来タイプ: 合成
詳細: MODIFIED AT P5 (RESIDUE62) AND P8 (RESIDUE 65).(2-NITRO)PHENYL-PROPIONIC ACID AT P5 AND 3-AMINO-3-(2- NITRO)PHENYL-PROPIONIC ACID AT P8
由来: (合成) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)

-
非ポリマー , 3種, 445分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細INITIALIZING METHIONINE (B0 AND D0) ADDED TO SEQUENCE ORIGINAL SEQUENCE IS GILGFVFTL. G AT P1 IS ...INITIALIZING METHIONINE (B0 AND D0) ADDED TO SEQUENCE ORIGINAL SEQUENCE IS GILGFVFTL. G AT P1 IS REPLACED BY MSE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES PH 6.5, 20% PEG1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9786
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.329
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 37987 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EEY

1eey


解像度: 2.3→19.822 Å / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 38.98 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2222 1930 5.1 %
Rwork0.158 --
obs0.1614 37907 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.797 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.886 Å20 Å218.2459 Å2
2--7.3122 Å2-0 Å2
3----6.8285 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.822 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6330 0 96 434 6860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056676
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.369043
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6082419
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.16909
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041168
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.34180.277880.22061898X-RAY DIFFRACTION98
2.3418-2.38680.28961040.2221894X-RAY DIFFRACTION98
2.3868-2.43540.33831030.21441835X-RAY DIFFRACTION98
2.4354-2.48830.2991950.21031925X-RAY DIFFRACTION98
2.4883-2.54610.2756940.211877X-RAY DIFFRACTION98
2.5461-2.60960.3106990.21211895X-RAY DIFFRACTION98
2.6096-2.680.26451050.19761862X-RAY DIFFRACTION98
2.68-2.75870.235950.19831876X-RAY DIFFRACTION98
2.7587-2.84750.25851000.19651908X-RAY DIFFRACTION98
2.8475-2.94890.2627870.17971903X-RAY DIFFRACTION98
2.9489-3.06660.24431100.17451869X-RAY DIFFRACTION98
3.0666-3.20560.20761090.1641892X-RAY DIFFRACTION98
3.2056-3.37380.25781110.16031868X-RAY DIFFRACTION98
3.3738-3.5840.2029960.14841929X-RAY DIFFRACTION98
3.584-3.85890.17161110.13491864X-RAY DIFFRACTION98
3.8589-4.24380.18691090.12241920X-RAY DIFFRACTION98
4.2438-4.850.18351120.10991894X-RAY DIFFRACTION98
4.85-6.08110.2363870.12681932X-RAY DIFFRACTION98
6.0811-19.82280.18451060.15521945X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.20.05310.1173-0.07730.04950.1812-0.0298-0.0151-0.05290.0497-0.0099-0.0954-0.08730.0050.04550.2289-0.0211-0.1540.0087-0.03360.2437-5.3725-3.6582-4.9386
20.10210.2090.13050.29660.22210.1643-0.0202-0.01210.0349-0.0682-0.06150.1713-0.0742-0.03870.12440.1451-0.0255-0.15060.0924-0.13460.2311-36.7603-7.9462-20.8649
30.07390.04460.05020.02070.03290.0592-0.05610.01510.0449-0.0140.01980.0064-0.0495-0.00230.0710.1758-0.0348-0.09960.0662-0.05390.1681-26.369110.3926-13.7547
40.85750.89920.75910.94170.79770.6611-0.00020.1771-0.17950.08380.1964-0.35390.02060.1455-0.16240.1377-0.0205-0.09120.0359-0.13350.22125.70523.759220.6896
50.03460.04790.05230.05110.10530.1126-0.0122-0.03020.0351-0.0879-0.03610.0965-0.0554-0.02130.05790.2095-0.0116-0.13280.0374-0.06440.1433-5.34927.602236.3886
60.56160.36150.28290.18410.20960.15640.2920.0506-0.44040.202-0.0334-0.20330.18060.0152-0.24660.2670.0012-0.2453-0.0284-0.08050.37624.4807-10.661628.5719
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID :180)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 181:275)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN D AND RESID :180)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN D AND RESID 181:275)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN E

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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