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5CHV	Crystal structure of USP18-ISG15 complex 分子名称: CHLORIDE ION, SULFATE ION, Ubiquitin-like protein ISG15, ... 著者 Fritz, G, Basters, A. 登録日 2015-07-10 公開日 2016-09-28 最終更新日 2024-01-10 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.005 Å) 主引用文献 Structural basis of the specificity of USP18 toward ISG15. Nat. Struct. Mol. Biol., 24, 2017
4IUM	Equine arteritis virus papain-like protease 2 (PLP2) covalently bound to ubiquitin 分子名称: GLYCEROL, Ubiquitin, ZINC ION, ... 著者 Bailey-Elkin, B.A, James, T.W, Mark, B.L. 登録日 2013-01-21 公開日 2013-02-13 最終更新日 2013-03-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.45 Å) 主引用文献 Deubiquitinase function of arterivirus papain-like protease 2 suppresses the innate immune response in infected host cells. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 110, 2013
6A42	R1EN(5-223)-ubiquitin fusion 分子名称: ACETIC ACID, RNA-directed DNA polymerase homolog (R1),Polyubiquitin-C 著者 Maita, N. 登録日 2018-06-19 公開日 2018-10-24 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.7 Å) 主引用文献 Crystal Structure Determination of Ubiquitin by Fusion to a Protein That Forms a Highly Porous Crystal Lattice J. Am. Chem. Soc., 140, 2018
5C1Z	Parkin (UblR0RBR) 分子名称: CHLORIDE ION, E3 ubiquitin-protein ligase parkin, GLYCEROL, ... 著者 kumar, A, Aguirre, J.D, Condos, T.E.C, Martinez-Torres, R.J, Chaugule, V.K, Toth, R, Sundaramoorthy, R, Mercier, P, Knebel, A, Spratt, D.E, Barber, K.R, Shaw, G.S, Walden, H. 登録日 2015-06-15 公開日 2015-07-29 最終更新日 2024-01-10 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.79 Å) 主引用文献 Disruption of the autoinhibited state primes the E3 ligase parkin for activation and catalysis. Embo J., 34, 2015
5C7J	CRYSTAL STRUCTURE OF NEDD4 WITH A UB VARIANT 分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4, Polyubiquitin-C 著者 Walker, J.R, Hu, J, Dong, A, Bountra, C, Edwards, A.M, Arrowsmith, C.H, Tong, Y, Structural Genomics Consortium (SGC) 登録日 2015-06-24 公開日 2016-03-16 最終更新日 2023-09-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3 Å) 主引用文献 System-Wide Modulation of HECT E3 Ligases with Selective Ubiquitin Variant Probes. Mol.Cell, 62, 2016
5CAW	Structure of Pediculus humanus Parkin bound to phospho-ubiquitin 分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase parkin, Polyubiquitin-B, SULFATE ION, ... 著者 Wauer, T, Komander, D. 登録日 2015-06-30 公開日 2015-07-22 最終更新日 2024-01-10 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.62 Å) 主引用文献 Mechanism of phospho-ubiquitin-induced PARKIN activation. Nature, 524, 2015
4JQW	Crystal Structure of a Complex of NOD1 CARD and Ubiquitin 分子名称: Nucleotide-binding oligomerization domain-containing protein 1, PHOSPHATE ION, Polyubiquitin-C 著者 Ver Heul, A.M, Gakhar, L, Piper, R.C, Ramaswamy, S. 登録日 2013-03-20 公開日 2014-03-26 最終更新日 2023-11-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.9 Å) 主引用文献 Crystal structure of a complex of NOD1 CARD and ubiquitin Plos One, 9, 2014
6AQR	SAGA DUB module Ubp8(C146A)/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to monoubiquitin 分子名称: Polyubiquitin-C, SAGA-associated factor 11, SAGA-associated factor 73, ... 著者 Morrow, M.E, Morgan, M.T, Wolberger, C. 登録日 2017-08-21 公開日 2018-07-04 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.1 Å) 主引用文献 Active site alanine mutations convert deubiquitinases into high-affinity ubiquitin-binding proteins. EMBO Rep., 19, 2018
4JIO	Bro1 V domain and ubiquitin 分子名称: BRO1, Ubiquitin 著者 Pashkova, N, Gakhar, L, Piper, R.C. 登録日 2013-03-06 公開日 2013-06-19 最終更新日 2013-07-10 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.6 Å) 主引用文献 The yeast alix homolog bro1 functions as a ubiquitin receptor for protein sorting into multivesicular endosomes. Dev.Cell, 25, 2013
4K1R	Crystal structure of Schizosaccharomyces pombe sst2 catalytic domain and Ubiquitin 分子名称: 1,2-ETHANEDIOL, AMSH-like protease sst2, CHLORIDE ION, ... 著者 Shrestha, R.K, Das, C. 登録日 2013-04-05 公開日 2014-04-23 最終更新日 2024-02-28 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.632 Å) 主引用文献 Insights into the Mechanism of Deubiquitination by JAMM Deubiquitinases from Cocrystal Structures of the Enzyme with the Substrate and Product. Biochemistry, 53, 2014
5CVM	USP46~ubiquitin BEA covalent complex 分子名称: Polyubiquitin-B, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 46, ZINC ION 著者 Harris, S.F, Yin, J. 登録日 2015-07-27 公開日 2015-10-07 最終更新日 2015-11-11 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.9 Å) 主引用文献 Structural Insights into WD-Repeat 48 Activation of Ubiquitin-Specific Protease 46. Structure, 23, 2015
5CRA	Structure of the SdeA DUB Domain 分子名称: METHYL 4-AMINOBUTANOATE, Polyubiquitin-B, SULFATE ION, ... 著者 Sheedlo, M.J, Qiu, J, Luo, Z.Q, Das, C. 登録日 2015-07-22 公開日 2015-11-25 最終更新日 2023-11-15 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.64 Å) 主引用文献 Structural basis of substrate recognition by a bacterial deubiquitinase important for dynamics of phagosome ubiquitination. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 112, 2015
6B7O	Crystal structure of Legionella effector sdeD (lpg2509) H67A in complex with ADP-ribosylated Ubiquitin 分子名称: Polyubiquitin-C, SdeD (lpg2509) H67A, [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE 著者 Mao, Y, Akturk, A, Wasilko, J. 登録日 2017-10-04 公開日 2018-04-18 最終更新日 2020-01-01 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.85 Å) 主引用文献 Mechanism of phosphoribosyl-ubiquitination mediated by a single Legionella effector. Nature, 557, 2018
5D6J	Crystal structure of a mycobacterial protein 分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, Acyl-CoA synthase, MAGNESIUM ION, ... 著者 Li, W.J, Bi, L.J. 登録日 2015-08-12 公開日 2016-03-02 最終更新日 2024-03-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.25 Å) 主引用文献 Crystal structure of FadD32, an enzyme essential for mycolic acid biosynthesis in mycobacteria. Sci Rep, 5, 2015
5CVN	WDR48 (2-580):USP46~ubiquitin ternary complex 分子名称: Polyubiquitin-B, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 46, WD repeat-containing protein 48, ... 著者 Harris, S.F, Yin, J. 登録日 2015-07-27 公開日 2015-10-07 最終更新日 2023-09-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.36 Å) 主引用文献 Structural Insights into WD-Repeat 48 Activation of Ubiquitin-Specific Protease 46. Structure, 23, 2015
6BI8	X-ray structure of MERS coronavirus papain-like protease in complex with human ISG15 分子名称: 1,2-ETHANEDIOL, CITRIC ACID, GLYCEROL, ... 著者 Clasman, J.C, Mesecar, A.D. 登録日 2017-11-01 公開日 2018-11-07 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.291 Å) 主引用文献 Decoupling deISGylating and deubiquitinating activities of the MERS virus papain-like protease. Antiviral Res., 174, 2020
6BVA	Ubiquitin Variant (UbV.Fl10.1) bound to a human Skp1-Fbl10 fragment complex. 分子名称: Lysine-specific demethylase 2B, Polyubiquitin-B, S-phase kinase-associated protein 1 著者 Manczyk, N, Sicheri, F. 登録日 2017-12-12 公開日 2018-07-18 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.66 Å) 主引用文献 A Structure-Based Strategy for Engineering Selective Ubiquitin Variant Inhibitors of Skp1-Cul1-F-Box Ubiquitin Ligases. Structure, 26, 2018
6BYH	Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 分子名称: Lysine-specific demethylase 2A, Polyubiquitin-B, S-phase kinase-associated protein 1 著者 Manczyk, N, Sicheri, F. 登録日 2017-12-20 公開日 2018-07-18 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.61 Å) 主引用文献 A Structure-Based Strategy for Engineering Selective Ubiquitin Variant Inhibitors of Skp1-Cul1-F-Box Ubiquitin Ligases. Structure, 26, 2018
6ASR	REV1 UBM2 domain complex with ubiquitin 分子名称: DNA repair protein REV1, NICKEL (II) ION, Ubiquitin 著者 Miller, D.J. 登録日 2017-08-25 公開日 2018-06-20 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.356 Å) 主引用文献 Structures of REV1 UBM2 Domain Complex with Ubiquitin and with a Small-Molecule that Inhibits the REV1 UBM2-Ubiquitin Interaction. J. Mol. Biol., 430, 2018
6BVB	Crystal structure of HIF-2alpha-pVHL-elongin B-elongin C 分子名称: Elongin-B, Elongin-C, Hypoxia-Inducible Factor 2 alpha, ... 著者 Tarade, D, Ohh, M, Lee, J.E. 登録日 2017-12-12 公開日 2018-08-01 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.002 Å) 主引用文献 HIF-2 alpha-pVHL complex reveals broad genotype-phenotype correlations in HIF-2 alpha-driven disease. Nat Commun, 9, 2018
5CVO	WDR48:USP46~ubiquitin ternary complex 分子名称: Polyubiquitin-B, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 46, WD repeat-containing protein 48, ... 著者 Harris, S.F, Yin, J. 登録日 2015-07-27 公開日 2015-10-07 最終更新日 2023-09-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.885 Å) 主引用文献 Structural Insights into WD-Repeat 48 Activation of Ubiquitin-Specific Protease 46. Structure, 23, 2015
5ZQ5	SidE-Ubi 分子名称: SidE, Ubiquitin 著者 Wang, Y, Gao, A, Gao, P. 登録日 2018-04-17 公開日 2018-05-23 最終更新日 2018-05-30 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.487 Å) 主引用文献 Structural Insights into Non-canonical Ubiquitination Catalyzed by SidE. Cell, 173, 2018
4KSK	Gumby/Fam105B in complex with ubiquitin 分子名称: Polyubiquitin-C, Protein FAM105B, SULFATE ION 著者 Ceccarelli, D.F, Juang, Y.-C, Sicheri, F. 登録日 2013-05-17 公開日 2013-06-05 最終更新日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 The linear ubiquitin-specific deubiquitinase gumby regulates angiogenesis. Nature, 498, 2013
4KSL	Gumby/Fam105B in complex with linear di-ubiquitin 分子名称: Polyubiquitin-C, Protein FAM105B 著者 Juang, Y.-C, Ceccarelli, D.F, Sicheri, F. 登録日 2013-05-17 公開日 2013-06-05 最終更新日 2024-04-03 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.83 Å) 主引用文献 The linear ubiquitin-specific deubiquitinase gumby regulates angiogenesis. Nature, 498, 2013
4K95	Crystal Structure of Parkin 分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase parkin, ZINC ION 著者 Seirafi, M, Menade, M, Sauve, V, Kozlov, G, Trempe, J.-F, Nagar, B, Gehring, K. 登録日 2013-04-19 公開日 2013-05-15 最終更新日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (6.499 Å) 主引用文献 Structure of parkin reveals mechanisms for ubiquitin ligase activation. Science, 340, 2013

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