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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mb4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the fifth Bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) with NMP | ||||||
要素 | Protein polybromo-1 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / PB1 / polybromo 1 isoform 1 / BAF180 / Polybromo-1D / PBRM1 / BRG1-associated factor 180 / Structural Genomics Consortium / SGC / Bromodomain (ブロモドメイン) / Chromatin regulator / DNA-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Transcription regulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle ...regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of cell differentiation / 動原体 / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / mitotic cell cycle / クロマチンリモデリング / negative regulation of cell population proliferation / chromatin binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å | ||||||
データ登録者 | Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Keates, T. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012 タイトル: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family. 著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mb4.cif.gz | 117 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mb4.ent.gz | 91.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mb4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/3mb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/3mb4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2nxbC 2oo1C 2ossC 2ouoC 2rfjC 3d7cC 3daiC 3dwyC 3gg3C 3hmeC 3hmfC 3hmhC 3i3jC 3iu5C 3iu6C 3lxjC 3mb3C 3mqmC 3nxbC 3p1cC 3p1dC 3q2eC 3rcwC 3tlpC 3uv2C 3uv4C 3uv5C 3uvdC 3uvwC 3uvxC 3uvyC 3uw9C 3g0jS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14648.000 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 645-766 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAF180, PB1, PBRM1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q86U86 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.15M NaNO3 25% PEG 3350 10% Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→50 Å / Num. all: 36073 / Num. obs: 36037 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 25 |
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.72 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.955 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique all: 3536 / Rsym value: 0.817 / % possible all: 99.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 46.4 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3G0J 解像度: 1.66→19.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.243 / WRfactor Rwork: 0.215 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.853 / SU B: 4.137 / SU ML: 0.072 / SU R Cruickshank DPI: 0.097 / SU Rfree: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.33 Å2 / Biso mean: 37.169 Å2 / Biso min: 19.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66→19.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.66→1.703 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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