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- PDB-2rfj: Crystal structure of the bromo domain 1 in human bromodomain cont... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rfj
タイトルCrystal structure of the bromo domain 1 in human bromodomain containing protein, testis specific (BRDT)
要素Bromodomain testis-specific protein
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / BRDT / bromodomain containing protein testis specific / Structural Genomics Consortium / SGC / Nucleus / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / regulation of RNA splicing / male meiosis I / RNA splicing / histone reader activity / : / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity ...sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / regulation of RNA splicing / male meiosis I / RNA splicing / histone reader activity / : / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain testis-specific protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Salah, E. / Savitsky, P. / Keates, T. / Parizotto, E. / Elkins, J. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...Filippakopoulos, P. / Salah, E. / Savitsky, P. / Keates, T. / Parizotto, E. / Elkins, J. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S.
履歴
登録2007年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Database references
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain testis-specific protein
B: Bromodomain testis-specific protein
C: Bromodomain testis-specific protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4993
ポリマ－42,4993
非ポリマー00
水4,558253
1
A: Bromodomain testis-specific protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1661
ポリマ－14,1661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bromodomain testis-specific protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1661
ポリマ－14,1661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Bromodomain testis-specific protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1661
ポリマ－14,1661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.935, 92.679, 100.107
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ARGARGGLNGLNAA27 - 1359 - 117
2THRTHRGLNGLNBB29 - 13511 - 117
3ASNASNMETMETCC30 - 13312 - 115

-
要素

#1: タンパク質 Bromodomain testis-specific protein / RING3-like protein


分子量: 14166.427 Da / 分子数: 3 / 断片: Bromo 1 domain: Residues 21-137 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRDT / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-R3 / 参照: UniProt: Q58F21
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.20M Na/K tartrate, 20.0% PEG 3350, 10.0% Ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97866 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97866 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50.063 Å / Num. all: 25870 / Num. obs: 24939 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.681 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. measured all: 8196 / Num. unique all: 2857 / Rsym value: 0.681 / % possible all: 77.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å46.34 Å
Translation2.47 Å46.34 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2NXB

2nxb


解像度: 2.05→50.063 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 9.16 / SU ML: 0.132 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1249 5 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.194 24883 --
obs0.194 24883 96.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.732 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å20 Å20 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2562 0 0 253 2815
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222622
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.9663546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99334317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7995307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.25425.366123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.65615461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.217156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02509
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2555
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.21662
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.21251
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21232
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2950.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2630.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.14131651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9743613
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.77252543
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.92281169
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.048111003
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1358 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
AMEDIUM POSITIONAL0.390.5
BMEDIUM POSITIONAL0.390
CMEDIUM POSITIONAL0.440
AMEDIUM THERMAL1.512
BMEDIUM THERMAL1.70
CMEDIUM THERMAL1.560
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 71 -
Rwork0.222 1241 -
all-1312 -
obs--70.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.41511.1255-1.02360.9127-1.14266.9128-0.1511-0.086-0.2206-0.1072-0.1124-0.18520.49570.14140.26340.16750.05220.0078-0.05430.0193-0.06340.89920.33327.713
22.2804-0.7018-0.20231.6524-2.37654.15850.0301-0.03940.0067-0.203-0.00370.15260.28070.2047-0.02640.1480.0291-0.0085-0.0218-0.0073-0.068946.79132.54212.865
30.92570.0986-0.81430.8186-0.24791.8272-0.0964-0.01460.02950.04990.01640.03310.12580.10750.080.1170.0383-0.0064-0.00190.0021-0.079239.83729.26326.92
41.35910.90112.09334.28753.32044.2362-0.20230.32610.1793-0.40920.164-0.0834-0.51620.27130.03830.2012-0.05510.0078-0.00010.0289-0.133257.23750.7788.163
51.07220.47320.94851.64751.4042.6476-0.15480.3206-0.0688-0.07480.1421-0.2022-0.24440.40720.01270.107-0.04060.02510.0762-0.0213-0.082562.49943.66711.603
60.69420.99350.47311.74660.66741.8462-0.06310.01090.0754-0.1011-0.03040.0791-0.16910.04460.09350.15560.0244-0.0267-0.0312-0.003-0.071950.15445.56413.589
71.0110.3440.50811.40510.07733.3048-0.1067-0.1340.01290.23320.1044-0.0261-0.27850.29420.00230.1275-0.0550.01320.0109-0.0313-0.106127.37851.95439.567
80.1333-0.08560.15763.45470.47551.6311-0.10750.00450.0092-0.08280.2058-0.0845-0.1040.4064-0.09830.0877-0.05310.00680.0497-0.0175-0.07432.17946.80432.078
91.2604-1.66520.70934.52881.41182.7682-0.043-0.1132-0.1417-0.10380.06370.2433-0.13260.0344-0.02060.1129-0.02990.0225-0.0168-0.0036-0.057219.90644.43732.931
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA27 - 519 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2AA52 - 7334 - 55
3X-RAY DIFFRACTION3AA74 - 13556 - 117
4X-RAY DIFFRACTION4BB29 - 6511 - 47
5X-RAY DIFFRACTION5BB66 - 9248 - 74
6X-RAY DIFFRACTION6BB93 - 13575 - 117
7X-RAY DIFFRACTION7CC30 - 5612 - 38
8X-RAY DIFFRACTION8CC60 - 10142 - 83
9X-RAY DIFFRACTION9CC102 - 13384 - 115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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