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Yorodumi- PDB-2rfj: Crystal structure of the bromo domain 1 in human bromodomain cont... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2rfj | ||||||
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Title | Crystal structure of the bromo domain 1 in human bromodomain containing protein, testis specific (BRDT) | ||||||
Components | Bromodomain testis-specific protein | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION REGULATOR / BRDT / bromodomain containing protein testis specific / Structural Genomics Consortium / SGC / Nucleus / Transcription / Transcription regulation | ||||||
Function / homology | Function and homology information sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / histone reader activity / male meiosis I / regulation of RNA splicing / lysine-acetylated histone binding / RNA splicing / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity ...sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / histone reader activity / male meiosis I / regulation of RNA splicing / lysine-acetylated histone binding / RNA splicing / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Filippakopoulos, P. / Salah, E. / Savitsky, P. / Keates, T. / Parizotto, E. / Elkins, J. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...Filippakopoulos, P. / Salah, E. / Savitsky, P. / Keates, T. / Parizotto, E. / Elkins, J. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: Cell(Cambridge,Mass.) / Year: 2012 Title: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family. Authors: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2rfj.cif.gz | 82.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2rfj.ent.gz | 62.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2rfj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2rfj_validation.pdf.gz | 435.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2rfj_full_validation.pdf.gz | 436 KB | Display | |
Data in XML | 2rfj_validation.xml.gz | 15.6 KB | Display | |
Data in CIF | 2rfj_validation.cif.gz | 22.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rfj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rfj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2nxbSC 2oo1C 2ossC 2ouoC 3d7cC 3daiC 3dwyC 3gg3C 3hmeC 3hmfC 3hmhC 3i3jC 3iu5C 3iu6C 3lxjC 3mb3C 3mb4C 3mqmC 3nxbC 3p1cC 3p1dC 3q2eC 3rcwC 3tlpC 3uv2C 3uv4C 3uv5C 3uvdC 3uvwC 3uvxC 3uvyC 3uw9C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 4
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-Components
#1: Protein | Mass: 14166.427 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: Bromo 1 domain: Residues 21-137 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BRDT / Plasmid: pNIC28-Bsa4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta-R3 / References: UniProt: Q58F21 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.20M Na/K tartrate, 20.0% PEG 3350, 10.0% Ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.97866 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Sep 22, 2007 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97866 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→50.063 Å / Num. all: 25870 / Num. obs: 24939 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 4.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.16 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.681 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. measured all: 8196 / Num. unique all: 2857 / Rsym value: 0.681 / % possible all: 77.6 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2NXB Resolution: 2.05→50.063 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 9.16 / SU ML: 0.132 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.189 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.732 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→50.063 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Number: 1358 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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