PDB-2ouo: Crystal Structure of the Bromo domain 2 in human Bromodomain Cont...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ouo

タイトル

Crystal Structure of the Bromo domain 2 in human Bromodomain Containing Protein 4 (BRD4)

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

SIGNALING PROTEIN / BRD4 / bromodomain containing protein 4 / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / : / histone reader activity / condensed nuclear chromosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Filippakopoulos, P. / Keates, T. / Savitsky, P. / Burgess, N. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. ...

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S.

履歴

登録	2007年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2012年4月11日	Group: Database references
改定 1.4	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ouo.cif.gz	41.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ouo.ent.gz	27.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ouo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ouo_validation.pdf.gz	409.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ouo_full_validation.pdf.gz	410.4 KB	表示
XML形式データ	2ouo_validation.xml.gz	4.5 KB	表示
CIF形式データ	2ouo_validation.cif.gz	6.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/2ouo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/2ouo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nxbC 2oo1C 2ossC 2rfjC 3d7cC 3daiC 3dwyC 3gg3C 3hmeC 3hmfC 3hmhC 3i3jC 3iu5C 3iu6C 3lxjC 3mb3C 3mb4C 3mqmC 3nxbC 3p1cC 3p1dC 3q2eC 3rcwC 3tlpC 3uv2C 3uv4C 3uv5C 3uvdC 3uvwC 3uvxC 3uvyC 3uw9C 1x0jS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3o6u-4 5hfr-2 5dw1-1 5a7c-2 5uoo-d 3plw-d 5uvz-d 4wxa-4 5uiy-2 2qv8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.032, 73.698, 33.467
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-78- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / HUNK1 protein 分子量: 15060.332 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromo domain 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-R3 / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M MIB, 30% PEG 1000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 11.4 / 数: 44952 / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 1.03 / D res high: 1.89 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 12030 / % possible obs: 99.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.07	50	97.7	1	0.044	1.029	3.6
3.23	4.07	98.8	1	0.051	1.015	3.9
2.82	3.23	100	1	0.07	1.034	3.8
2.57	2.82	99.7	1	0.085	1.012	3.8
2.38	2.57	99.8	1	0.115	1.04	3.8
2.24	2.38	99.9	1	0.155	1.07	3.8
2.13	2.24	99.8	1	0.203	1.07	3.8
2.04	2.13	99.3	1	0.294	1.07	3.8
1.96	2.04	99.5	1	0.457	1.014	3.7
1.89	1.96	98.6	1	0.618	0.941	3.3

反射

解像度: 1.74→73.72 Å / Num. all: 15125 / Num. obs: 15125 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.065 / R_sym value: 0.065 / Χ²: 1.031 / Net I/σ(I): 11.4

反射シェル

解像度: 1.74→1.78 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.618 / Num. unique all: 1156 / Χ²: 0.941 / % possible all: 98.6

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	24.77 Å
Translation	3.5 Å	24.77 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1X0J

1x0j

解像度: 1.89→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.961 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	722	4.8 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
all	0.184	12030	-	-
obs	0.184	12030	98.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.303 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	882	0	12	132	1026

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	934
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	649
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.531	1.962	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.048	3.003	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.308	5	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.577	24.048	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.279	15	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.097	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	191
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	213
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	622
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	461
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.292	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.139	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.053	1.5	644
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.316	1.5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.455	2	917
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.144	3	402
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.936	4.5	339

LS精密化シェル

解像度: 1.89→1.96 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.44	41	-
R_work	0.35	933	-
obs	-	974	87.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1157	-0.6503	0.8021	5.5863	-2.0045	5.5508	0.0135	0.0879	0.3572	-0.0842	-0.0759	-0.2644	-0.2637	0.2395	0.0624	-0.0953	-0.0293	0.0251	-0.245	0.0154	-0.0727	42.436	5.735	46.714
2	1.1229	-3.2607	0.9814	11.1971	-5.4348	4.7235	0.0564	0.2216	-0.1526	-0.6036	-0.2988	-0.6827	0.5785	0.0646	0.2424	0.0364	0.0645	0.0788	-0.0902	0.0216	0.0419	45.348	-16.787	47.08
3	3.5894	0.8154	-0.1679	3.9052	-2.588	2.276	-0.0301	0.4459	-0.1216	-0.6097	0.012	-0.5797	0.2987	0.2958	0.0181	0.0346	0.0467	0.0882	-0.1873	0.0111	-0.1144	42.826	-5.415	38.886
4	3.0351	1.5319	-0.9427	5.2957	-3.33	4.2655	0.0031	0.2806	0.029	-0.3187	0.1081	0.0523	0.0461	0.0162	-0.1112	-0.0039	0.0194	0.0327	-0.2734	-0.004	-0.1443	35.73	-1.507	39.576
5	3.0753	-0.519	0.232	9.3245	-0.5934	2.1064	0.0483	-0.3308	-0.111	0.5197	-0.0682	0.0689	0.0774	0.0237	0.0199	-0.0559	-0.0126	0.0198	-0.2252	0.0085	-0.1635	34.613	-3.425	52.939
6	32.1407	-6.2182	-11.2731	9.8246	2.3556	22.5255	1.1723	0.9732	3.1968	-1.0616	-0.7053	0.0217	-1.4454	-0.688	-0.4669	0.1242	0.0585	0.0519	-0.1792	0.1178	0.2144	31.687	12.76	42.395

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	349 - 377	19 - 47
2	2	378 - 390	48 - 60
3	3	391 - 410	61 - 80
4	4	411 - 431	81 - 101
5	5	432 - 453	102 - 123
6	6	454 - 459	124 - 129

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関連情報:EMDBヘッダ

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