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- PDB-2oo1: Crystal structure of the Bromo domain 2 of human Bromodomain cont... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oo1
タイトルCrystal structure of the Bromo domain 2 of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3)
要素Bromodomain-containing protein 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / BRD3 / bromodomain containing protein 3 / ORFX / RING3 like gene / RING3L / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K27cr reader activity / histone H3K18cr reader activity / histone H3K9cr reader activity / histone H3K9me2/3 reader activity / lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / : / molecular condensate scaffold activity / histone binding ...histone H3K27cr reader activity / histone H3K18cr reader activity / histone H3K9cr reader activity / histone H3K9me2/3 reader activity / lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / : / molecular condensate scaffold activity / histone binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site ...Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7PE / Bromodomain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Bullock, A. / Papagrigoriou, E. / Keates, T. / Cooper, C. / Smee, C. / Ugochukwu, E. / Debreczeni, J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. ...Filippakopoulos, P. / Bullock, A. / Papagrigoriou, E. / Keates, T. / Cooper, C. / Smee, C. / Ugochukwu, E. / Debreczeni, J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S.
履歴
登録2007年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年4月11日Group: Database references
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 3
B: Bromodomain-containing protein 3
C: Bromodomain-containing protein 3
D: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,14516
ポリマ－53,2304
非ポリマー91512
水8,557475
1
A: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5175
ポリマ－13,3071
非ポリマー2094
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4944
ポリマ－13,3071
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6182
ポリマ－13,3071
非ポリマー3101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5175
ポリマ－13,3071
非ポリマー2094
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.837, 64.678, 91.827
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Bromodomain-containing protein 3 / RING3-like protein


分子量: 13307.399 Da / 分子数: 4 / 断片: Bromo 2 Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD3, KIAA0043, RING3L / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-R3 / 参照: UniProt: Q15059
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-7PE / 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENT


分子量: 310.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M NaF, 0.1M BTProp, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月26日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.9 % / Av σ(I) over netI: 6.6 / 数: 335488 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.06 / D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 69114 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.665097.810.0561.0634.6
2.913.6699.710.0791.0986.9
2.542.9199.710.0961.1974.7
2.312.5499.910.1281.1154.8
2.142.3110010.1741.1314.8
2.022.1410010.2621.0884.7
1.912.0210010.4611.0194.7
1.831.9110010.7930.9744.7
1.761.8310010.9424.5
1.71.7610010.9294.1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 69322 / Num. obs: 69114 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Χ2: 1.061 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.1 % / Num. unique all: 6853 / Χ2: 0.929 / % possible all: 100

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å45.26 Å
Translation2.5 Å45.26 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1X0J

1x0j


解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.943 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The molecule 7PE should be a polyethylene glycol 3350. Only the fragment has been built due to electron density that was incomplete for full assignment.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 3417 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.187 ---
obs0.187 69114 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.332 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.38 Å20 Å20 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3573 0 48 475 4096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0213728
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7491.965016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0136346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8745440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5222.712177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.80215629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4821526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024082
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02796
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.2911
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.22779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.21888
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.21744
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2570.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1591.52225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3571.5858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.03223576
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.05331546
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.774.51438
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 265 -
Rwork0.251 4726 -
obs-4991 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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