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- PDB-3lxj: Crystal Structure of the Bromodomain of Human AAA domain containi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lxj | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Bromodomain of Human AAA domain containing 2B (ATAD2B) | ||||||
![]() | ATPase family AAA domain-containing protein 2B | ||||||
![]() | HYDROLASE / ATPase family / AAA domain containing 2B / ATAD2B / bromodomain / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein | ||||||
Function / homology | ![]() lysine-acetylated histone binding / histone binding / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Filippakopoulos, P. / Keates, T. / Picaud, S. / Fedorov, O. / Krojer, T. / Vollmar, M. / Muniz, J. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...Filippakopoulos, P. / Keates, T. / Picaud, S. / Fedorov, O. / Krojer, T. / Vollmar, M. / Muniz, J. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family. Authors: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 185 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 454.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.6 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2nxbSC ![]() 2oo1SC ![]() 2ossSC ![]() 2ouoSC ![]() 2rfjSC ![]() 3d7cSC ![]() 3daiSC ![]() 3dwySC ![]() 3gg3C ![]() 3hmeC ![]() 3hmfC ![]() 3hmhSC ![]() 3i3jC ![]() 3iu5C ![]() 3iu6C ![]() 3mb3C ![]() 3mb4C ![]() 3mqmC ![]() 3nxbC ![]() 3p1cC ![]() 3p1dC ![]() 3q2eC ![]() 3rcwC ![]() 3tlpC ![]() 3uv2C ![]() 3uv4C ![]() 3uv5C ![]() 3uvdC ![]() 3uvwC ![]() 3uvxC ![]() 3uvyC ![]() 3uw9C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 15834.093 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Bromodomain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-IPA / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 58.3 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 20% isopropanol 0.1M tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 2, 2009 | |||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9204 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
| |||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.327→40.81 Å / Num. all: 31225 / Num. obs: 31006 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 10.8 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.34→2.46 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.653 / % possible all: 99.6 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 56.03 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: ensemble of 3DAI, 2NXB, 2OO1, 2OSS, 2OUO, 2RFJ, 3HMH, 3D7C, 3DWY Resolution: 2.33→40.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 8.482 / SU ML: 0.107 / SU R Cruickshank DPI: 0.067 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.05 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.949 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.33→40.81 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.334→2.395 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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