+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rcw | ||||||
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Title | Crystal Structure of the bromodomain of human BRD1 | ||||||
Components | Bromodomain-containing protein 1 | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Bromodomain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | Function and homology information histone H3-K14 acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / histone reader activity / erythrocyte maturation / response to immobilization stress / response to electrical stimulus / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / positive regulation of erythrocyte differentiation ...histone H3-K14 acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / histone reader activity / erythrocyte maturation / response to immobilization stress / response to electrical stimulus / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / positive regulation of erythrocyte differentiation / HATs acetylate histones / histone binding / perikaryon / chromatin remodeling / nuclear speck / dendrite / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.21 Å | ||||||
Authors | Filippakopoulos, P. / Keates, T. / Picaud, S. / Felletar, I. / Pike, A.C.W. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. ...Filippakopoulos, P. / Keates, T. / Picaud, S. / Felletar, I. / Pike, A.C.W. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: Cell(Cambridge,Mass.) / Year: 2012 Title: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family. Authors: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3rcw.cif.gz | 371.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3rcw.ent.gz | 304.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3rcw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3rcw_validation.pdf.gz | 517.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3rcw_full_validation.pdf.gz | 522.4 KB | Display | |
Data in XML | 3rcw_validation.xml.gz | 33.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3rcw_validation.cif.gz | 47.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/3rcw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/3rcw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2nxbC 2oo1SC 2ossSC 2ouoC 2rfjC 3d7cSC 3daiSC 3dwySC 3gg3C 3hmeSC 3hmfC 3hmhC 3i3jC 3iu5C 3iu6C 3lxjC 3mb3C 3mb4C 3mqmC 3nxbC 3p1cC 3p1dC 3q2eC 3tlpC 3uv2C 3uv4C 3uv5C 3uvdC 3uvwC 3uvxC 3uvyC 3uw9C 2grcS 2mb3S 2oio S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
-Components
#1: Protein | Mass: 15662.945 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BRD1, BRL, BRPF2 / Plasmid: pNIC28-Bsa4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)-R3 / References: UniProt: O95696 #2: Chemical | ChemComp-MB3 / | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.8 Details: 32.5% PEG3350, 5% EtGly, 0.1M Acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 13, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 2 % / Av σ(I) over netI: 11.3 / Number: 106585 / Rsym value: 0.057 / D res high: 2.21 Å / D res low: 19.892 Å / Num. obs: 53142 / % possible obs: 96.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.21→19.892 Å / Num. all: 54956 / Num. obs: 53142 / % possible obs: 96.7 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 39.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 9.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 52 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: Ensemble of 3HME, 2MB3, 2OSS, 2OIO, 2GRC, 2OO1, 3DAI, 3D7C, 3DWY Resolution: 2.21→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / WRfactor Rfree: 0.2751 / WRfactor Rwork: 0.2061 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7911 / SU B: 16.215 / SU ML: 0.196 / SU R Cruickshank DPI: 0.2746 / SU Rfree: 0.2372 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.237 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.4 Å2 / Biso mean: 41.3436 Å2 / Biso min: 11.44 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.21→19.85 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.21→2.267 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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