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Yorodumi- PDB-6v1h: Crystal structure of the bromodomain of human BRD7 bound to bromo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6v1h | ||||||
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Title | Crystal structure of the bromodomain of human BRD7 bound to bromosporine | ||||||
Components | Bromodomain-containing protein 7 | ||||||
Keywords | GENE REGULATION / BRD7 / non-BET / BRD9 / BI9564 / BP75 / CELTIX1 | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of mitotic cell cycle / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation ...regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of mitotic cell cycle / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / lysine-acetylated histone binding / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of cell differentiation / p53 binding / kinetochore / Wnt signaling pathway / nuclear matrix / transcription corepressor activity / histone binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.93 Å | ||||||
Authors | Chan, A. / Karim, M.R. / Schonbrunn, E. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2020 Title: Structural Basis of Inhibitor Selectivity in the BRD7/9 Subfamily of Bromodomains. Authors: Karim, R.M. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6v1h.cif.gz | 66.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6v1h.ent.gz | 47.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6v1h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6v1h_validation.pdf.gz | 348.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6v1h_full_validation.pdf.gz | 349.5 KB | Display | |
Data in XML | 6v1h_validation.xml.gz | 1.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6v1h_validation.cif.gz | 3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/6v1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/6v1h | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ppaSC 6uzfC 6v0qC 6v0sC 6v0uC 6v0xC 6v14C 6v16C 6v17C 6v1bC 6v1eC 6v1fC 6v1kC 6v1lC 6v1uC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14593.854 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BRD7, BP75, CELTIX1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): RIPL / References: UniProt: Q9NPI1 |
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#2: Chemical | ChemComp-BMF / |
#3: Chemical | ChemComp-EDO / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M (NH4)2SO4, 0.05 M Bis-tris (pH 6.5), and 30 % Pentaerythritol ethoxylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 14, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.93→19.916 Å / Num. obs: 11158 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 5.484 % / Biso Wilson estimate: 31.57 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.987 / Net I/σ(I): 24.69 / Num. measured all: 61192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6PPA Resolution: 1.93→19.916 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 29.05 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 96.85 Å2 / Biso mean: 43.0488 Å2 / Biso min: 21.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.93→19.916 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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