PDB-6v1k: Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD4 bo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v1k

タイトル

Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD4 bound to BI7273

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

GENE REGULATION / Bromosporine / BRD4 / BRD / BET / HUNK1

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / histone reader activity / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Chan, A. / Karim, M.R. / Schonbrunn, E.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Inhibitor Selectivity in the BRD7/9 Subfamily of Bromodomains.
著者: Karim, R.M. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Schonbrunn, E.

履歴

登録	2019年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v1k.cif.gz	73.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v1k.ent.gz	52.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v1k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/6v1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/6v1k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ppaC 6uzfC 6v0qC 6v0sC 6v0uC 6v0xC 6v14C 6v16C 6v17C 6v1bC 6v1eC 6v1fC 6v1hC 6v1lC 6v1uC 3mxfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4meq-d 5igk-d 4uyd-d 6uvm-d 6prt-d 5lj1-d 4men-d 4lyw-d 4o76-3 3svf-d 5hq5-d 4meo-d 6saj-d 4xy9-d 5wma-d 4z1s-2 6v0u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.510, 46.590, 78.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-5SW / 4-[4-[(dimethylamino)methyl]-3,5-dimethoxy-phenyl]-2-methyl-2,7-naphthyridin-1-one / BI-7273 分子量: 353.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris (pH 8.5), and 25% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→39.405 Å / Num. obs: 14507 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.172 % / B_iso Wilson estimate: 13.36 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 0.956 / Net I/σ(I): 22.57 / Num. measured all: 104045

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8	7.228	0.348	5.76	7741	1070	1071	0.949	0.375	100
1.8-1.84	7.292	0.284	7	7365	1010	1010	0.968	0.306	100
1.84-1.9	7.234	0.239	8.22	7162	990	990	0.979	0.258	100
1.9-1.96	7.267	0.199	9.8	7100	978	977	0.986	0.214	99.9
1.96-2.02	7.278	0.154	12.43	6834	939	939	0.99	0.166	100
2.02-2.09	7.262	0.124	15.22	6659	918	917	0.993	0.134	99.9
2.09-2.17	7.273	0.106	17.95	6313	868	868	0.994	0.114	100
2.17-2.26	7.259	0.092	19.72	6156	848	848	0.996	0.099	100
2.26-2.36	7.234	0.086	20.92	6019	832	832	0.996	0.093	100
2.36-2.47	7.27	0.077	23.35	5685	783	782	0.997	0.082	99.9
2.47-2.61	7.244	0.068	25.55	5462	754	754	0.998	0.074	100
2.61-2.77	7.188	0.061	27.86	5082	707	707	0.998	0.065	100
2.77-2.96	7.153	0.052	32.76	4757	665	665	0.998	0.056	100
2.96-3.2	7.086	0.046	36.51	4464	630	630	0.999	0.05	100
3.2-3.5	7.066	0.04	41.99	4091	580	579	0.999	0.043	99.8
3.5-3.91	7.004	0.035	48.1	3733	533	533	0.999	0.037	100
3.91-4.52	7.004	0.032	52	3285	469	469	0.999	0.035	100
4.52-5.53	6.834	0.028	49.32	2843	416	416	0.999	0.03	100
5.53-7.83	6.594	0.032	43.85	2143	325	325	0.999	0.035	100
7.83-39.405	5.903	0.024	51.53	1151	197	195	0.999	0.026	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.11.1-2575_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MXF

3mxf

解像度: 1.75→39.405 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2139	726	5 %
R_work	0.1756	-	-
obs	0.1775	14507	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 67.71 Å² / B_iso mean: 17.9805 Å² / B_iso min: 5.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→39.405 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1061	0	46	99	1206
B_iso mean	-	-	22.69	24.73	-
残基数	-	-	-	-	127

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1144
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.825	1549
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	159
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	197
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.715	974

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.75-1.8851	0.2336	143	0.1753	2708
1.8851-2.0748	0.2744	142	0.1785	2704
2.0748-2.375	0.2248	143	0.1781	2718
2.375-2.9921	0.2397	145	0.1877	2754
2.9921-39.405	0.1739	153	0.1669	2897

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.868	0.7687	0.1133	7.1865	3.2594	7.6198	-0.0336	-0.1222	-0.0817	0.2761	0.1658	-0.13	0.316	0.2911	-0.1151	0.0481	-0.0033	-0.0132	0.1077	0.0149	0.0855	51.2217	37.2885	16.048
2	0.8136	-0.7967	1.0045	3.8034	-1.3976	3.7262	-0.0689	-0.1645	0.1424	0.242	0.0451	0.0135	-0.6077	-0.1227	0.0938	0.1692	-0.0093	0.0635	0.1027	-0.013	0.1024	47.1913	58.3423	20.3738
3	2.5948	2.6095	1.1259	3.4987	3.0101	7.9981	0.1062	0.153	0.1027	-0.3201	0.0385	0.7277	-0.9431	-0.53	-0.0796	0.2291	0.0357	-0.0142	0.196	-0.0046	0.2201	40.0588	54.9122	7.3662
4	1.3845	0.0475	-0.0761	1.034	-0.4793	1.5823	-0.0477	-0.001	-0.0535	-0.0871	-0.0278	0.2363	0.0075	-0.1681	-0.0193	0.0473	0.0137	-0.0201	0.0743	-0.0172	0.1084	48.7606	39.8439	4.7134
5	6.0741	-3.114	-1.4793	4.7695	2.3056	5.1686	-0.0956	-0.262	0.0234	0.0274	0.0211	0.4239	0.109	-0.5401	0.0131	0.0626	-0.0039	-0.0039	0.1085	-0.0066	0.0927	44.2866	49.4731	14.9233
6	0.6536	-1.1655	-0.8538	2.7755	3.2105	5.8477	0.0659	-0.0159	-0.0087	-0.0827	-0.0011	-0.0802	-0.2689	0.0733	-0.0847	0.0715	-0.0266	-0.0034	0.0684	0.0066	0.0709	52.9882	51.8665	10.9644
7	2.9537	3.1791	-0.3422	6.0921	-1.9418	1.503	-0.1744	1.1113	-0.2017	-1.3668	0.0383	-0.3286	0.6751	0.6857	0.116	0.29	0.0318	0.0247	0.2863	0.0092	0.1377	54.0557	42.4151	-7.5771
8	2.9577	0.6266	0.3205	4.6819	1.3992	2.3925	0.3615	0.1079	0.1067	0.2041	-0.0628	0.1333	-0.4138	0.0668	-0.1319	0.2516	0.0029	0.038	0.1153	0.0169	0.1092	47.6677	55.4855	-0.7386
9	0.9244	0.253	0.5194	2.8458	-0.3983	0.3983	-0.1034	-0.2028	0.0965	0.6635	-0.0368	0.152	-0.0364	-0.0267	0.0001	0.6191	-0.0041	0.0657	0.1275	0.0021	0.1856	47.8984	69.1304	15.7458

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 42 through 51 )	A	42 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 52 through 68 )	A	52 - 68
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 75 )	A	69 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 76 through 106 )	A	76 - 106
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 107 through 115 )	A	107 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 116 through 139 )	A	116 - 139
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 140 through 144 )	A	140 - 144
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 145 through 163 )	A	145 - 163
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 164 through 168 )	A	164 - 168

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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