[日本語] English
万見
- PDB-4xy9: Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in compl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xy9
タイトルCrystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a 2-amine-9H-purine ligand
要素Bromodomain-containing protein 4BRD4
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Bromodomain (ブロモドメイン) / complex / ligand (リガンド) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator activity ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / lysine-acetylated histone binding / p53 binding / 染色体 / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / クロマチンリモデリング / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
6-(5-bromo-2-methoxyphenyl)-9H-purin-2-amine / BRD4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Picaud, S. / von Delft, F. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Filippakopoulos, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust095751/Z/11/Z 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: 9H-Purine Scaffold Reveals Induced-Fit Pocket Plasticity of the BRD9 Bromodomain.
著者: Picaud, S. / Strocchia, M. / Terracciano, S. / Lauro, G. / Mendez, J. / Daniels, D.L. / Riccio, R. / Bifulco, G. / Bruno, I. / Filippakopoulos, P.
履歴
登録2015年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22015年4月8日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4823
ポリマ－15,0991
非ポリマー3822
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area7300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.915, 44.229, 79.584
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / BRD4 / Protein HUNK1 / BRD4


分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 42-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-43U / 6-(5-bromo-2-methoxyphenyl)-9H-purin-2-amine


分子量: 320.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10BrN5O
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.20M NaNO3, 20.0% PEG 3350, 10.0% EtGly

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→44.23 Å / Num. obs: 12065 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.15 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 16.98
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. possibleNum. unique obsNet I/σ(I) obs% possible all
1.83-1.873.610.2022.295795782.0999.8
1.87-1.913.740.1986666652.2499.8
1.91-1.953.830.176516512.59100
1.95-23.90.147227213.4599.9
2-2.054.080.1296586583.97100
2.05-2.14.110.1086086074.9699.8
2.1-2.164.320.1016406405.88100
2.16-2.234.360.096736736.96100
2.23-2.314.680.0866696697.85100
2.31-2.44.760.0836546548.5100
2.4-2.55.010.0726166169.93100
2.5-2.625.240.06962962911.25100
2.62-2.765.510.0660560514.19100
2.76-2.955.840.05564364317.48100
2.95-3.196.420.05362162123.24100
3.19-3.537.250.06460760733.35100
3.53-4.077.350.05261061051.53100
4.07-5.227.360.05261361359.72100
5.22-44.237.020.06560660561.799.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å39.79 Å
Translation3.5 Å39.79 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSデータ削減
PROTEUM PLUSデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.83→39.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.1734 / WRfactor Rwork: 0.141 / FOM work R set: 0.8542 / SU B: 5.319 / SU ML: 0.086 / SU R Cruickshank DPI: 0.1241 / SU Rfree: 0.1241 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2061 601 5 %RANDOM
Rwork0.1572 11421 --
obs0.1598 11421 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.17 Å2 / Biso mean: 18.723 Å2 / Biso min: 6.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→39.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1047 0 23 121 1191
Biso mean--15.35 28.64 -
残基数----127
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021104
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.661.9881506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89532376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5665126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.30225.84953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.46715186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.438153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5532.311508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5092.294506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8324.262632
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.52151
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.878 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 41 -
Rwork0.176 814 -
all-855 -
obs--99.88 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.1256 Å / Origin y: 25.6853 Å / Origin z: 9.0161 Å
111213212223313233
T0.033 Å20.0005 Å2-0.0098 Å2-0.0054 Å2-0.0002 Å2--0.0417 Å2
L0.2325 °20.2428 °20.3012 °2-0.556 °20.3455 °2--0.5707 °2
S-0.0297 Å °0.0173 Å °0.0094 Å °0.0039 Å °0.0168 Å °0.0533 Å °-0.0426 Å °0.0119 Å °0.0129 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る