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- PDB-6v1f: Crystal structure of the bromodomain of human BRD7 bound to BI9564 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v1f
タイトルCrystal structure of the bromodomain of human BRD7 bound to BI9564
要素Bromodomain-containing protein 7
キーワードGENE REGULATION / BRD7 / non-BET / BRD9 / BI9564 / BP75 / CELTIX1
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K14ac reader activity / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of double-strand break repair / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation ...histone H3K14ac reader activity / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of double-strand break repair / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / regulation of mitotic cell cycle / : / positive regulation of cell differentiation / kinetochore / Wnt signaling pathway / nuclear matrix / transcription corepressor activity / p53 binding / histone binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily ...Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5U6 / Bromodomain-containing protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chan, A. / Karim, M.R. / Schonbrunn, E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Inhibitor Selectivity in the BRD7/9 Subfamily of Bromodomains.
著者: Karim, R.M. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2019年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9472
ポリマ－14,5941
非ポリマー3531
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.490, 108.710, 36.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-408-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 7 / 75 kDa bromodomain protein / Protein CELTIX-1


分子量: 14593.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD7, BP75, CELTIX1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q9NPI1
#2: 化合物 ChemComp-5U6 / 4-[4-[(dimethylamino)methyl]-2,5-dimethoxy-phenyl]-2-methyl-2,7-naphthyridin-1-one / BI-9564


分子量: 353.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-tris (pH 6.5), and 30 % Pentaerythritol ethoxylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→32.322 Å / Num. obs: 10022 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.12 % / Biso Wilson estimate: 30.06 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 28.83 / Num. measured all: 71354 / Scaling rejects: 23
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.057.2720.3086.4653817407400.9830.332100
2.05-2.117.3330.2498.0451487047020.9880.26899.7
2.11-2.177.2990.2069.7950957026980.9880.22299.4
2.17-2.247.2860.15912.647876586570.9930.17199.8
2.24-2.317.2920.14114.4147406506500.9930.152100
2.31-2.397.2680.12315.246086356340.9950.13399.8
2.39-2.487.2520.1011943516006000.9960.109100
2.48-2.587.2240.07223.9343135995970.9980.07899.7
2.58-2.77.1610.0627.2639535535520.9980.06599.8
2.7-2.837.1530.0531.7339345505500.9990.055100
2.83-2.987.0590.04734.6136925235230.9990.051100
2.98-3.167.1170.04239.9733954784770.9990.04599.8
3.16-3.387.0890.03547.8533394724710.9990.03899.8
3.38-3.656.9750.02954.7630694404400.9990.032100
3.65-47.010.02758.01275539339310.029100
4-4.476.8880.02460.0425283673670.9990.026100
4.47-5.166.7960.02459.52222932932810.02699.7
5.16-6.326.6740.02559.6618622792790.9990.027100
6.32-8.946.3950.02961.1514582302280.9990.03199.1
8.94-32.3225.2720.02854.97171401360.9990.03297.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1-2575_3260精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PPA

6ppa


解像度: 2→32.322 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 500 4.99 %
Rwork0.217 9516 -
obs0.2187 10016 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.93 Å2 / Biso mean: 37.865 Å2 / Biso min: 20.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→32.322 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数958 0 26 29 1013
Biso mean--43.63 37.32 -
残基数----117
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5781349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038141
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006169
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.088621
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.0001-2.20130.23321220.22272335
2.2013-2.51970.26691230.22912337
2.5197-3.17420.25671250.2492360
3.1742-32.3220.24351300.1992484
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.94952.7711-2.35582.7281-0.42743.35320.2646-0.5679-0.65070.09440.0779-0.48770.51990.0237-0.13430.32180.0354-0.12880.56380.05710.198728.712615.840143.219
21.94020.9469-0.19614.81762.23971.26340.3222-0.534-0.93790.00480.2630.04620.578-0.2999-0.28020.3595-0.0165-0.17320.34020.20570.488411.03396.981137.6758
34.61581.4794-1.30743.39631.85752.14650.2750.5881-1.0389-1.34790.43060.44070.494-0.3845-0.42760.51070.0888-0.36340.3026-0.09180.47786.55148.362725.3085
47.15570.89623.20562.41910.73412.4577-0.02650.1506-0.6748-0.09650.251-0.19540.16220.3745-0.21180.27130.0352-0.02510.3103-0.02770.156620.596715.68732.5543
55.41290.76750.99974.87840.17293.51250.0469-0.96680.0880.34970.20920.50910.0628-0.3562-0.31890.25680.05490.02480.51850.050.19437.747420.209839.9431
62.90220.5053-2.98043.55930.20593.63240.0608-0.21310.43660.0599-0.09210.1504-0.3577-0.08390.14320.3415-0.0416-0.04070.42210.01130.200433.07627.977741.3451
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 132 through 150 )A132 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 151 through 165 )A151 - 165
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 166 through 171 )A166 - 171
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 172 through 210 )A172 - 210
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 211 through 231 )A211 - 231
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 232 through 248 )A232 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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