PDB-2nxb: Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nxb

タイトル

Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3)

要素

Bromodomain-containing protein 3

キーワード

SIGNALING PROTEIN / BRD3 / bromodomain containing protein 3 / ORFX / RING3 like gene / RING3L / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / : / molecular condensate scaffold activity / histone binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Filippakopoulos, P. / Bullock, A. / Cooper, C. / Keates, K. / Berridge, G. / Pike, A. / Bunkoczi, G. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. ...

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S.

履歴

登録	2006年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2012年4月11日	Group: Database references
改定 1.4	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nxb.cif.gz	72.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nxb.ent.gz	52.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nxb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/2nxb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/2nxb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oo1C 2ossC 2ouoC 2rfjC 3d7cC 3daiC 3dwyC 3gg3C 3hmeC 3hmfC 3hmhC 3i3jC 3iu5C 3iu6C 3lxjC 3mb3C 3mb4C 3mqmC 3nxbC 3p1cC 3p1dC 3q2eC 3rcwC 3tlpC 3uv2C 3uv4C 3uv5C 3uvdC 3uvwC 3uvxC 3uvyC 3uw9C 1x0jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2dww-d 5o4t-d 3dhj-d 2yz1-2 3ljw-1 5tck-1 1qm3-d 5eic-1 6e8u-d 3dhm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 3

B: Bromodomain-containing protein 3

ヘテロ分子

29.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bromodomain-containing protein 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Bromodomain-containing protein 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.504, 61.840, 84.523
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 3 / RING3-like protein 分子量: 14586.843 Da / 分子数: 2 / 断片: bromo 1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD3, KIAA0043, RING3L / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-R3 / 参照: UniProt: Q15059
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.20M KSCN, 0.1M BTPop, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9791

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月19日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.1 % / Av σ(I) over netI: 10.2 / 数: 328713 / R_merge(I) obs: 0.084 / Χ²: 1.05 / D res high: 1.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 54074 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.02	50	99.9	1	0.051	1.003	8.9
2.39	3.02	100	1	0.098	0.998	9.3
2.09	2.39	100	1	0.157	1.111	9.3
1.9	2.09	100	1	0.254	1.089	8.6
1.76	1.9	100	1	0.089	1.186	4.1
1.66	1.76	100	1	0.115	1.152	4.1
1.58	1.66	100	1	0.15	1.115	4
1.51	1.58	100	1	0.2	1.048	4
1.45	1.51	100	1	0.271	0.964	4
1.4	1.45	100	1	0.398	0.913	4

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 54074 / Num. obs: 54074 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.084 / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.398 / R_sym value: 0.398 / % possible all: 100

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	49.91 Å
Translation	3.5 Å	49.91 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1X0J

1x0j

解像度: 1.4→49.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.773 / SU ML: 0.036 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18479	2748	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16761	-	-	-
obs	0.16848	51261	99.88 %	-
all	-	54073	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.171 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.86 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→49.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1899	0	29	277	2205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2095
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.256	1.946	2836
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.091	3	3454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.921	5	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.037	25.758	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.448	15	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.234	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	392
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	458
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	998
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	856
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	186
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.254	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.199	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.171	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.543	1.5	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.159	1.5	478
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.962	2	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.668	3	892
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.489	4.5	799
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.435 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	192	-
R_work	0.257	3709	-
obs	-	-	98.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.5328	-2.858	3.6122	3.7673	-2.911	4.8091	0.3277	0.2463	-0.5181	-0.5494	-0.1818	0.1139	0.5061	0.1515	-0.1459	-0.0212	0.0261	-0.0488	-0.1026	-0.0188	-0.0978	-3.1861	-24.9903	3.5352
2	3.7047	-0.8056	0.8658	2.253	-0.4019	2.2357	0.0316	0.1562	0.3333	-0.3707	-0.1176	-0.1759	-0.0401	0.3929	0.086	-0.0369	0.0442	-0.0131	-0.0207	0.0146	-0.1152	-2.7194	-4.7014	-3.1466
3	2.0406	-2.5838	-0.1979	6.0836	0.614	1.3318	0.0761	0.101	0.1295	-0.1657	-0.13	-0.2269	-0.05	0.0829	0.054	-0.1148	0.0132	0.0013	-0.0834	0.0168	-0.1379	1.4439	-8.8942	4.8584
4	0.4395	1.1251	-0.1151	11.6037	-6.5192	5.9886	-0.1743	0.1017	0.0513	-0.0973	0.2996	0.3548	-0.0056	-0.3633	-0.1254	-0.1161	-0.0028	-0.0132	-0.0798	-0.001	-0.1078	-11.0573	-10.4435	7.2129
5	12.8728	-17.1692	0.5995	26.7985	-1.9622	7.052	0.4365	0.3316	-0.937	-0.2389	-0.3153	0.9376	0.4105	0.0531	-0.1211	-0.0609	-0.0064	-0.0534	-0.0879	-0.0374	-0.0486	-6.9134	-28.3584	11.1801
6	3.8765	0.2478	-0.5948	1.5912	-0.1311	1.6984	0.0385	0.003	0.105	0.2037	-0.0303	-0.0163	-0.1725	0.0324	-0.0082	-0.0442	-0.0093	-0.0136	-0.1236	-0.0077	-0.1403	-3.2839	4.3401	21.4754
7	1.3017	-2.2688	-0.4741	7.7983	2.361	1.9064	-0.0617	-0.2939	-0.1954	0.6377	0.1105	0.4848	0.0972	0.0461	-0.0488	-0.0245	-0.0077	0.0626	-0.0494	0.0103	-0.0579	-13.5112	-13.1302	28.4034
8	1.6307	0.693	0.5384	1.9204	0.1902	2.2001	0.025	0.0021	-0.052	0.1177	-0.0345	0.0049	-0.0202	-0.0167	0.0095	-0.113	0.0025	-0.0075	-0.1413	-0.0021	-0.1242	-3.1549	-1.6409	21.015
9	5.0231	2.7935	-0.2431	5.6804	-0.2303	2.0357	0.0357	-0.087	0.0186	0.1702	-0.0359	0.5808	0.0138	-0.2768	0.0002	-0.1225	0.0076	0.0179	-0.1069	-0.0155	-0.059	-17.2025	-10.4232	19.5703
10	4.7203	5.0495	-2.8522	19.7149	-6.3593	5.7001	0.0226	0.1293	0.3066	0.1606	-0.0233	0.4464	-0.2979	-0.0568	0.0007	-0.0844	0.0558	-0.0073	-0.0807	0.0063	-0.0068	-18.3973	3.6987	18.5701

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	34 - 46	13 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	47 - 73	26 - 52
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	74 - 123	53 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	124 - 138	103 - 117
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	139 - 144	118 - 123
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	23 - 51	2 - 30
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	52 - 77	31 - 56
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	78 - 101	57 - 80
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	102 - 124	81 - 103
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	125 - 143	104 - 122

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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