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- PDB-3q2e: Crystal structure of the second bromodomain of human bromodomain ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3q2e | ||||||
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Title | Crystal structure of the second bromodomain of human bromodomain and WD repeat-containing protein 1 isoform A (WDR9) | ||||||
![]() | Bromodomain and WD repeat-containing protein 1 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Structural Genomics Consortium / SGC / Bromodomain / cell cycle progression / signal transduction / apoptosis / gene regulation / Down syndrome region-2 on chromosome 21 | ||||||
Function / homology | ![]() interleukin-7-mediated signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / cytoskeleton organization / Interleukin-7 signaling / chromatin organization / regulation of cell shape / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Filippakopoulos, P. / Felletar, I. / Picaud, S. / Keates, T. / Krojer, T. / Muniz, J. / Gileadi, O. / Von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. ...Filippakopoulos, P. / Felletar, I. / Picaud, S. / Keates, T. / Krojer, T. / Muniz, J. / Gileadi, O. / Von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family. Authors: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 9.8 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2nxbC ![]() 2oo1SC ![]() 2ossSC ![]() 2ouoSC ![]() 2rfjC ![]() 3d7cSC ![]() 3daiSC ![]() 3dwySC ![]() 3gg3C ![]() 3hmeC ![]() 3hmfC ![]() 3hmhC ![]() 3i3jC ![]() 3iu5C ![]() 3iu6C ![]() 3lxjC ![]() 3mb3SC ![]() 3mb4C ![]() 3mqmC ![]() 3nxbC ![]() 3p1cC ![]() 3p1dC ![]() 3rcwC ![]() 3tlpC ![]() 3uv2C ![]() 3uv4C ![]() 3uv5C ![]() 3uvdC ![]() 3uvwC ![]() 3uvxC ![]() 3uvyC ![]() 3uw9C ![]() 2grcS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
| ||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 14447.411 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 1310-1430 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-ACT / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.04 % / Mosaicity: 0.28 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.2M (NH4)COOCH3, 0.1M BisTris, 25% PEG 3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 27, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 6.7 % / Av σ(I) over netI: 5.6 / Number: 87081 / Rsym value: 0.088 / D res high: 1.74 Å / D res low: 28.892 Å / Num. obs: 12968 / % possible obs: 99.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.74→28.892 Å / Num. all: 13033 / Num. obs: 12968 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 12.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 49.93 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3MB3, 2OSS, 2OUO, 2GRC, 2OO1, 3DAI, 3D7C, 3DWY Resolution: 1.74→28.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / WRfactor Rfree: 0.2165 / WRfactor Rwork: 0.1822 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8744 / SU B: 4.247 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.1125 / SU Rfree: 0.1098 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.11 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.96 Å2 / Biso mean: 29.4449 Å2 / Biso min: 11.64 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.74→28.89 Å
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Refine LS restraints |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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