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- PDB-3hme: Crystal structure of human bromodomain containing 9 isoform 1 (BRD9) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hme
タイトルCrystal structure of human bromodomain containing 9 isoform 1 (BRD9)
要素Bromodomain-containing protein 9
キーワードSIGNALING PROTEIN / BRD9 / bromodomain containing 9 isoform 1 / LAVS3040 / PRO9856 / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.8 / Sarcoma antigen NY-SAR-29 / Bromodomain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / : / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin ...GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / : / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily ...Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Eswaran, J. / Keates, T. / Picaud, S. / Roos, A. / Chaikuad, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. ...Filippakopoulos, P. / Eswaran, J. / Keates, T. / Picaud, S. / Roos, A. / Chaikuad, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S.
履歴
登録2009年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 9
B: Bromodomain-containing protein 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5002
ポリマ－28,5002
非ポリマー00
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.264, 124.586, 30.082
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNGLNGLN1AA26 - 3715 - 26
21GLNGLNGLNGLN1BB26 - 3715 - 26
12ARGARGPROPRO4AA38 - 6427 - 53
22ARGARGPROPRO4BB38 - 6427 - 53
13METMETLEULEU2AA65 - 11454 - 103
23METMETLEULEU2BB65 - 11454 - 103
14HISHISLYSLYS4AA115 - 130104 - 119
24HISHISLYSLYS4BB115 - 130104 - 119

-
要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 9 / BRD9 / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.8


分子量: 14249.763 Da / 分子数: 2 / 断片: Bromodomain, UNP RESIDUES 14-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD9, UNQ3040/PRO9856 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q9H8M2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 % / Mosaicity: 0.63 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25.5% PEG 3350, 0.17M (NH4)2SO4, 15% glyc, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→35.62 Å / Num. all: 13809 / Num. obs: 13436 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.23→2.35 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1608 / Rsym value: 0.598 / % possible all: 81.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 46.59 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å35.63 Å
Translation2.5 Å35.63 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 14108
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.06-10021.50.822503
5.52-7.06400.791505
4.79-5.5245.80.773508
4.32-4.7940.10.834508
4.01-4.3242.30.795504
3.75-4.0141.40.802501
3.56-3.7541.90.792516
3.39-3.5639.30.784514
3.26-3.3942.90.766514
3.14-3.2644.30.747510
3.04-3.1445.90.731511
2.94-3.0446.30.693539
2.86-2.9444.90.764546
2.78-2.8642.50.754547
2.71-2.7849.70.736580
2.64-2.7145.10.76590
2.58-2.6446.30.797604
2.52-2.5846.10.787581
2.47-2.5247.10.755643
2.42-2.4745.70.751651
2.37-2.4250.20.784652
2.32-2.37460.809646
2.28-2.3245.20.814668
2.21-2.2849.70.6891267

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.2データスケーリング
PHASER2.1.2位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NXB, 2OO1, 2OSS, 2OUO, 2RFJ, 3DAI, 3D7C, 3DWY

2nxb

2oo1

2oss

2ouo

2rfj

3dai

3d7c

3dwy


解像度: 2.23→35.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.244 / WRfactor Rwork: 0.205 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.835 / SU B: 14.676 / SU ML: 0.165 / SU R Cruickshank DPI: 0.306 / SU Rfree: 0.235 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 680 5.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.216 13756 --
obs0.216 13387 97.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.75 Å2 / Biso mean: 15.001 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.96 Å20 Å20 Å2
2---2.75 Å20 Å2
3---0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→35.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1817 0 0 111 1928
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221876
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4591.9642525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86833213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0435229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.84923.12580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.20915346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8521510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02393
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.96331143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5923450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.66151843
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.8498733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.93811680
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
483TIGHT POSITIONAL0.220.05
942MEDIUM POSITIONAL0.390.5
483TIGHT THERMAL1.310.5
942MEDIUM THERMAL1.362
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.288 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.479 37 -
Rwork0.429 603 -
all-640 -
obs--64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02411.52850.43247.95750.78270.3635-0.097-0.0224-0.1909-0.4570.2481-1.3346-0.18480.3682-0.1510.3191-0.28690.16060.7915-0.11290.427760.57369.348324.5553
21.76630.9508-0.47683.57021.08491.6026-0.070.14370.1147-0.97090.2375-0.0654-0.35990.5341-0.16750.4134-0.11190.04290.3571-0.01320.184153.81513.240720.6252
30.2596-0.3708-0.161111.4437-1.95590.7450.0952-0.01870.19080.0460.1181-0.0391-0.21410.204-0.21330.2169-0.12560.06390.2323-0.02410.249249.76214.264730.0138
44.5563.4180.48299.59890.73152.9557-0.22020.1793-0.4892-0.19220.1101-0.68540.56860.10010.11010.20670.06990.11780.08610.0380.238866.75335.680822.4959
51.98581.09540.23613.6968-0.31121.5255-0.1347-0.0819-0.17440.1901-0.0252-0.13620.16440.05620.15990.1671-0.0010.05620.13590.01950.205464.753747.029226.3259
66.89456.2369-0.424110.0145-2.23962.1478-0.18820.1891-0.1703-0.45110.24720.05480.5306-0.0959-0.0590.2591-0.03810.0610.1108-0.00840.131159.485740.018414.8731
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2A55 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3A106 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4B23 - 49
5X-RAY DIFFRACTION5B50 - 103
6X-RAY DIFFRACTION6B104 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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