PDB-4wxa: Crystal structure of binary complex Gon7-Pcc1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wxa

タイトル

Crystal structure of binary complex Gon7-Pcc1

要素

EKC/KEOPS complex subunit GON7
EKC/KEOPS complex subunit PCC1

キーワード

TRANSCRIPTION / KEOPS / binary complex / Gon7-Pcc1 / tRNA t6A

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to pheromone / tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / cell wall mannoprotein biosynthetic process / telomere maintenance via recombination / telomere maintenance / maintenance of translational fidelity / chromatin DNA binding / molecular adaptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Zhang, W. / van Tilbeurgh, H.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of the Gon7/Pcc1 and Bud32/Cgi121 complexes provide a model for the complete yeast KEOPS complex.
著者: Zhang, W. / Collinet, B. / Graille, M. / Daugeron, M.C. / Lazar, N. / Libri, D. / Durand, D. / van Tilbeurgh, H.

履歴

登録	2014年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2025年2月19日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wxa.cif.gz	178.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wxa.ent.gz	142.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wxa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wxa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ww5C 4ww7C 4ww9C 4wwaC 4wx8C 4xahC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jsp-d 3n1e-2 1777 1x5k-d 3n1e-1 1f0v-3 1f0v-1 5ldl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: EKC/KEOPS complex subunit PCC1

B: EKC/KEOPS complex subunit PCC1

C: EKC/KEOPS complex subunit PCC1

D: EKC/KEOPS complex subunit GON7

E: EKC/KEOPS complex subunit GON7

F: EKC/KEOPS complex subunit GON7

ヘテロ分子

73.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: EKC/KEOPS complex subunit PCC1

ヘテロ分子

D: EKC/KEOPS complex subunit GON7

登録者が定義した集合体
DIMERIC
24.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: EKC/KEOPS complex subunit GON7

登録者が定義した集合体
DIMERIC
13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: EKC/KEOPS complex subunit PCC1

E: EKC/KEOPS complex subunit GON7

登録者が定義した集合体
DIMERIC
24.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

C: EKC/KEOPS complex subunit PCC1

F: EKC/KEOPS complex subunit GON7

登録者が定義した集合体
DIMERIC
24.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.730, 104.390, 89.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.55, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	D
2	2	E

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	1 - 88
2	1	1	4	B	1 - 88
3	1	1	4	C	1 - 88
1	1	2	4	D	1 - 112
2	1	2	4	E	1 - 112

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.163583, 0.875802, 0.454106), (-0.87712, -0.339808, 0.339397), (0.451554, -0.342786, 0.82377)	-11.33127, -1.39042, 22.14339
3	given	(-0.528365, -0.59694, 0.603733), (0.589496, -0.769683, -0.245118), (0.611004, 0.226387, 0.758567)	-1.96337, 17.53037, 36.45188

#1: タンパク質	EKC/KEOPS complex subunit PCC1 / Polarized growth chromatin-associated controller 1 分子量: 10834.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PCC1, YKR095W-A 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q3E833
#2: タンパク質	EKC/KEOPS complex subunit GON7 / Low-dye-binding protein 6 / Polarized growth chromatin-associated controller 2 分子量: 13623.011 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GON7, LDB6, PCC2, YJL184W, J0420 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P46984
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Sodium Acetate pH 6.5, 20% PEG1500, 20% Glycerol, 3% Methanol PH範囲: 6.0 - 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→44.28 Å / Num. all: 94329 / Num. obs: 25516 / % possible obs: 99.11 % / 冗長度: 3.69 % / Net I/σ(I): 14.69
反射シェル	解像度: 2.443→2.53 Å / % possible all: 94.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0071	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

解像度: 2.44→44.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 21.586 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26991	1276	5 %	RANDOM
R_work	0.22452	-	-	-
obs	0.22677	24239	99.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.221 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	0 Å²	-1.4 Å²
2-	-	2.28 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.44→44.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3180	0	10	14	3204

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	3231
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.711	1.983	4389
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.865	3	7049
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.2	5	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.379	26.228	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.289	15	530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.14	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	549
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.02	0.021	3607
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	629
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.499	3.797	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.455	3.787	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.182	6.362	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.181	6.37	2134
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.409	4.139	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.409	4.14	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.27	6.822	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.913	8.455	3444
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.914	8.457	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1075	medium positional	0.32	0.5
1	1	B	1075	medium positional	0.35	0.5
1	1	C	1075	medium positional	0.32	0.5
2	2	E	932	medium positional	0.3	0.5
1	1	A	1075	medium thermal	6.21	5
1	1	B	1075	medium thermal	3.9	5
1	1	C	1075	medium thermal	7.47	5
2	2	E	932	medium thermal	4.18	5

LS精密化シェル

解像度: 2.443→2.506 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.513	87	-
R_work	0.436	1649	-
obs	-	-	92.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5902	0.0697	0.8046	3.3587	2.3605	6.2559	-0.1199	0.0263	0.2406	-0.0246	-0.0072	0.193	-0.1797	-0.4736	0.1271	0.2171	0.0222	0.1303	0.0558	0.0259	0.1542	43.297	17.716	167.521
2	2.1857	0.5453	-0.2662	2.5515	-2.3947	5.2217	-0.2365	0.22	-0.132	-0.4214	0.1454	0.1283	0.5511	-0.6554	0.0912	0.4695	-0.1599	0.1391	0.1533	-0.0629	0.1406	40.098	-8.568	151.416
3	6.9068	0.6976	1.5425	2.9143	0.3461	4.8045	-0.3545	0.8323	0.0823	-0.5177	0.2127	-0.0321	0.4028	-0.0902	0.1417	0.6397	-0.1457	0.2079	0.3114	0.0114	0.086	57.147	2.243	127.977
4	0.356	0.5823	0.5938	2.8829	-0.5922	3.9298	-0.1622	0.1802	0.0041	-0.6736	-0.0452	-0.5079	0.3593	0.9918	0.2074	0.5682	0.1064	0.2368	0.4073	0.0311	0.2506	71.524	16.866	152.73
5	2.7338	0.9841	0.8464	1.3521	-0.3156	0.688	-0.0471	-0.2062	-0.3644	-0.4949	-0.184	-0.5468	0.3989	0.0031	0.2311	0.8703	0.0239	0.3861	0.0959	0.0165	0.4693	47.408	-18.051	161.335
6	6.6166	-1.0247	3.5954	2.4897	-0.8114	8.42	-0.2688	0.3203	0.8578	-0.3886	0.0434	0.0375	0.0134	-0.0428	0.2254	0.5055	-0.09	0.0905	0.098	0.0505	0.1982	60.422	12.116	133.936

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	7 - 90
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	8 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 112
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 113
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 93

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関連情報:EMDBヘッダ

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