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- PDB-4xah: X-ray crystal structure of S. cerevisiae Cgi121 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xah
タイトルX-ray crystal structure of S. cerevisiae Cgi121
要素EKC/KEOPS complex subunit CGI121
キーワードPROTEIN BINDING / KEOPS / Cgi121 / Bud32-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / telomere maintenance via recombination / telomere maintenance / maintenance of translational fidelity / DNA recombination / tRNA binding / chromosome, telomeric region / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm ...EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / telomere maintenance via recombination / telomere maintenance / maintenance of translational fidelity / DNA recombination / tRNA binding / chromosome, telomeric region / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
PF0523-like / CGI121/TPRKB / CGI121/TPRKB / CGI121/TPRKB superfamily / Kinase binding protein CGI-121 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EKC/KEOPS complex subunit CGI121
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang, W. / Graille, M. / Collinet, B. / van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of the Gon7/Pcc1 and Bud32/Cgi121 complexes provide a model for the complete yeast KEOPS complex.
著者: Zhang, W. / Collinet, B. / Graille, M. / Daugeron, M.C. / Lazar, N. / Libri, D. / Durand, D. / van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2014年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EKC/KEOPS complex subunit CGI121
B: EKC/KEOPS complex subunit CGI121


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1842
ポリマ－43,1842
非ポリマー00
水6,900383
1
A: EKC/KEOPS complex subunit CGI121


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5921
ポリマ－21,5921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: EKC/KEOPS complex subunit CGI121


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5921
ポリマ－21,5921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.650, 76.900, 84.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 EKC/KEOPS complex subunit CGI121 / CGI-121 homolog


分子量: 21591.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: CGI121, YML036W
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q03705
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 100mM NaCl, 10mM 2-mercaptoethanol,0.6 M sodium citrate, 0.05 M sodium citrate pH 5.0
PH範囲: 5.0 - 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 115741 / Num. obs: 32377 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 3.5 % / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Cootモデル構築
SHELXDE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
精密化解像度: 2.5→20 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2365 1944 5.03 %
Rwork0.1852 --
obs0.1878 38679 97.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.763 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9791 Å20 Å2-0 Å2
2--3.2108 Å20 Å2
3----5.1899 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2849 0 0 383 3232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9993993
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.861153
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008512
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94760.39371290.31132628X-RAY DIFFRACTION99
1.9476-2.00020.34251250.25492649X-RAY DIFFRACTION100
2.0002-2.05910.30661520.22952612X-RAY DIFFRACTION100
2.0591-2.12550.2491320.21292664X-RAY DIFFRACTION100
2.1255-2.20150.23311600.21172624X-RAY DIFFRACTION99
2.2015-2.28960.29171430.21392631X-RAY DIFFRACTION99
2.2896-2.39380.24911460.19612624X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.51990.24541280.19172662X-RAY DIFFRACTION99
2.5199-2.67780.2091340.18042650X-RAY DIFFRACTION99
2.6778-2.88440.2231310.18472675X-RAY DIFFRACTION99
2.8844-3.17450.24811350.18132662X-RAY DIFFRACTION98
3.1745-3.63340.22961550.17872642X-RAY DIFFRACTION98
3.6334-4.57610.19211460.13792607X-RAY DIFFRACTION96
4.5761-34.53440.20191280.15992405X-RAY DIFFRACTION84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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