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- PDB-5hfr: Crystal structure of the second bromodomain H395R mutant of human BRD3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hfr
タイトルCrystal structure of the second bromodomain H395R mutant of human BRD3
要素Bromodomain-containing protein 3
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription regulation / post translational modifications recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / : / molecular condensate scaffold activity / histone binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II ...lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / : / molecular condensate scaffold activity / histone binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site ...Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Bromodomain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Tallant, C. / Lori, C. / Pasquo, A. / Chiaraluce, R. / Consalvi, V. / Fonseca, M. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the second bromodomain H395R mutant of human BRD3
著者: Tallant, C. / Lori, C. / Pasquo, A. / Chiaraluce, R. / Consalvi, V. / Fonseca, M. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S.
履歴
登録2016年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 3
B: Bromodomain-containing protein 3
C: Bromodomain-containing protein 3
D: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6169
ポリマ－53,3064
非ポリマー3105
水7,242402
1
A: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3882
ポリマ－13,3261
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3892
ポリマ－13,3261
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4513
ポリマ－13,3261
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3892
ポリマ－13,3261
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.828, 92.546, 102.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-683-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Bromodomain-containing protein 3 / RING3-like protein


分子量: 13326.446 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 306-416 / 変異: H395R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD3, KIAA0043, RING3L / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15059
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.59 % / 解説: Rod
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M sodium nitrate, 10 % PEG 3350, 5 % EDO, 0.1 M bis tris prop. pH 6.5
PH範囲: 6.5-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→29.55 Å / Num. all: 68935 / Num. obs: 68935 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 2.483 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OO1

2oo1


解像度: 1.7→29.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.889 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22086 3348 4.9 %RANDOM
Rwork0.19369 ---
obs0.195 65516 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.4 Å2-0 Å2
3---1.42 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→29.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3628 0 20 402 4050
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193751
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4861.9655045
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8638180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0825438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.80822.766188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.72415672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.981532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02884
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1111.4061752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1081.4051751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7352.0992184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7362.0992185
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9871.7081999
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9841.7041996
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1492.4382857
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.10912.4854725
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.10912.4894726
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.696→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 220 -
Rwork0.284 4395 -
obs--91.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5630.42910.19350.76340.51490.3837-0.0269-0.01550.063-0.07560.03130.0233-0.04650.0258-0.00440.0188-0.0101-0.00690.0115-0.01030.0378Chain A-50.0029-48.575217.4614
20.35660.32-0.05010.899-0.59450.60460.0067-0.0106-0.0783-0.0670.0012-0.03050.03190.0263-0.00790.0228-0.0073-0.00380.01760.01550.0352Chain B-55.2098-90.378817.4609
31.26880.70230.58521.04870.37310.2851-0.00850.0213-0.0773-0.04510.0627-0.1479-0.00090.0019-0.05420.008-0.01150.00680.0184-0.00360.0414Chain C-33.2968-62.480115.4745
40.93360.6649-0.35370.6652-0.36010.25270.0071-0.00420.0502-0.00970.03730.0626-0.0072-0.014-0.04440.0138-0.00650.00280.01620.00590.0183Chain D-72.2056-76.338515.7083
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A307 - 416
2X-RAY DIFFRACTION2B307 - 416
3X-RAY DIFFRACTION3C308 - 416
4X-RAY DIFFRACTION4D308 - 416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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