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- PDB-5fh7: Crystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fh7
タイトルCrystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with compound 18
要素Protein polybromo-1
キーワードTRANSCRIPTION / PBRM1 / BRG1-associated factor 180 / chromatin remodeling
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of double-strand break repair / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle ...regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of double-strand break repair / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / positive regulation of cell differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / kinetochore / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / mitotic cell cycle / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein polybromo-1, Bromodomain 5 / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group ...Protein polybromo-1, Bromodomain 5 / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5XL / Protein polybromo-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Tallant, C. / Sutherell, C.L. / Siejka, P. / Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Picaud, S. / Fedorov, O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Tallant, C. / Sutherell, C.L. / Siejka, P. / Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Picaud, S. / Fedorov, O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Ley, S.V. / Knapp, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Identification and Development of 2,3-Dihydropyrrolo[1,2-a]quinazolin-5(1H)-one Inhibitors Targeting Bromodomains within the Switch/Sucrose Nonfermenting Complex.
著者: Sutherell, C.L. / Tallant, C. / Monteiro, O.P. / Yapp, C. / Fuchs, J.E. / Fedorov, O. / Siejka, P. / Muller, S. / Knapp, S. / Brenton, J.D. / Brennan, P.E. / Ley, S.V.
履歴
登録2015年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein polybromo-1
B: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9726
ポリマ－29,2962
非ポリマー6764
水3,819212
1
A: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0484
ポリマ－14,6481
非ポリマー4003
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9242
ポリマ－14,6481
非ポリマー2761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.980, 59.210, 138.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein polybromo-1 / hPB1 / BRG1-associated factor 180 / BAF180 / Polybromo-1D


分子量: 14648.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PBRM1, BAF180, PB1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86U86
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-5XL / 6-chloranyl-3-[(dimethylamino)methyl]-4~{H}-pyrrolo[1,2-a]quinazolin-5-one


分子量: 275.733 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14ClN3O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M magnesium formate, 15% PEG 3350 / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→59.21 Å / Num. all: 56934 / Num. obs: 56934 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.02 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.47→6.57 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 68.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q0O

4q0o


解像度: 1.47→54.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.108 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2085 2857 5 %RANDOM
Rwork0.18681 ---
obs0.18785 54004 94.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.183 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.59 Å2-0 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.47→54.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1912 0 46 212 2170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192027
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021960
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6491.9892728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97934521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6685236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.90823.7100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.29615400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5051518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02454
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2421.777928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2411.777929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.932.6541156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9292.6551157
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2742.0861099
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2732.0861100
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6672.9841569
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.01715.3142535
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.81314.7632442
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.508 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 144 -
Rwork0.3 2792 -
obs--66.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3090.00190.25660.513-0.12710.78560.0325-0.01650.0414-0.0543-0.03260.00970.09010.00890.00010.0352-0.0025-0.00590.01210.00170.0113Chain A5.12571.130920.2742
20.37570.106-0.53310.51220.12671.00630.0315-0.002-0.0521-0.0314-0.0618-0.0106-0.12850.00510.03040.0384-0.01360.01820.0232-0.01560.0256Chain B16.435124.369922.4891
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B620 - 734
2X-RAY DIFFRACTION2B620 - 734

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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