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- PDB-1w4l: Complex of TcAChE with bis-acting galanthamine derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w4l
タイトルComplex of TcAChE with bis-acting galanthamine derivative
要素ACETYLCHOLINESTERASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ALZHEIMER'S DISEASE (アルツハイマー病) / CHOLINESTERASE (コリンエステラーゼ) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / GPI-ANCHOR (グリコシルホスファチジルイノシトール) / MUSCLE (骨格筋) / NERVE (神経) / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION / SERINE ESTERASE / SERINE HYDROLASE / SYNAPSE (シナプス)
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / side of membrane / synaptic cleft / シナプス / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, fish/snake / コリンエステラーゼ / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold ...Acetylcholinesterase, fish/snake / コリンエステラーゼ / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GALANTHAMINE DERIVATIVE / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種TORPEDO CALIFORNICA (ゴマフシビレエイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Greenblatt, H.M. / Guillou, C. / Guenard, D. / Badet, B. / Thal, C. / Silman, I. / Sussman, J.L.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2004
タイトル: The complex of a bivalent derivative of galanthamine with torpedo acetylcholinesterase displays drastic deformation of the active-site gorge: implications for structure-based drug design.
著者: Greenblatt, H.M. / Guillou, C. / Guenard, D. / Argaman, A. / Botti, S. / Badet, B. / Thal, C. / Silman, I. / Sussman, J.L.
#1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 1998
タイトル: Potent Acetylcholinesterase Inhibitors: Design, Synthesis, and Structure-Activity Relationships of Bis-Interacting Ligands in the Galanthamine Series
著者: Mary, A. / Renko, D.Z. / Guillou, C. / Thal, C.
履歴
登録2004年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7225
ポリマ－61,3251
非ポリマー1,3964
水5,567309
1
A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子

A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,44310
ポリマ－122,6502
非ポリマー2,7938
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)111.327, 111.327, 136.859
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 ACETYLCHOLINESTERASE / / ACHE


分子量: 61325.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TORPEDO CALIFORNICA (ゴマフシビレエイ)
器官: ELECTRIC ORGAN / Variant: G2 FORM / 組織: ELECTROPLAQUE / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-GL8 / GALANTHAMINE DERIVATIVE / (4AR,6S,8AR)-11-[8-(1,3-DIOXO-1,3-DIHYDRO-2H-ISOINDOL-2-YL)OCTYL]-6-HYDROXY-3-METHOXY-5,6,9,10-TETRAHYDRO-4AH-[1]BENZOFURO[3A,3,2-EF][2]BENZAZEPIN-11-IUM / (4aS,8aS)-3-メトキシ-6β-ヒドロキシ-11-[8-(1,3-ジオキソ-1,3-ジヒドロ-2H-イソインド(以下略)


分子量: 529.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H37N2O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FIRST THREE N-TERMINAL RESIDUES AND LAST 8 C-TERMINAL RESIDUES NOT SEEN IN DENSITY, AND NOT ...FIRST THREE N-TERMINAL RESIDUES AND LAST 8 C-TERMINAL RESIDUES NOT SEEN IN DENSITY, AND NOT INCLUDED IN COORDINATE FILE. RESIDUES 486-489 HAVE POOR DENSITY, AND ARE NOT MODELED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.29 %
結晶化温度: 277 K / pH: 5.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 35-40% W/V PEG 200 0.1M MES PH 5.8 4 DEG. CELSIUS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→40 Å / Num. obs: 52750 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: その他 / 解像度: 2.16→39.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2157149.21 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 2636 5 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.184 52748 98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS BULK SOLVENT MODEL USED / Bsol: 57.5284 Å2 / ksol: 0.381833 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.31 Å25.71 Å20 Å2
2--7.31 Å20 Å2
3----14.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→39.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4204 0 95 309 4608
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.892.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 255 5 %
Rwork0.204 4844 -
obs--53.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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