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- PDB-1som: TORPEDO CALIFORNICA ACETYLCHOLINESTERASE INHIBITED BY NERVE AGENT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1som
タイトルTORPEDO CALIFORNICA ACETYLCHOLINESTERASE INHIBITED BY NERVE AGENT GD (SOMAN).
要素PROTEIN (ACETYLCHOLINESTERASE)
キーワードSERINE HYDROLASE / CHOLINESTERASE / NERVE AGENT / ORGANOPHOSPHOROUS ACID ANHYDRIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / choline metabolic process / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / synaptic cleft / side of membrane / synapse / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYLPHOSPHONIC ACID ESTER GROUP / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Torpedo californica (エイ)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Greenblatt, H.M. / Millard, C.B. / Sussman, J.L. / Silman, I.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystal structures of aged phosphonylated acetylcholinesterase: nerve agent reaction products at the atomic level.
著者: Millard, C.B. / Kryger, G. / Ordentlich, A. / Greenblatt, H.M. / Harel, M. / Raves, M.L. / Segall, Y. / Barak, D. / Shafferman, A. / Silman, I. / Sussman, J.L.
#1: ジャーナル: Structure and Function of Cholinesterases and Related Proteins
年: 1998
タイトル: Crystal Structural of "Aged" Phosphorylated and Phosphonylated Torpedo Californica Acetylcholinesterase
著者: Millard, C.B. / Kryger, G. / Ordentlich, A. / Harel, M. / Raves, M.L. / Greenblat, H.M. / Segall, Y. / Barak, D. / Shafferman, A. / Silman, I. / Sussman, J.L.
履歴
登録1999年3月17日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年6月2日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_assembly ...chem_comp / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_assembly.details ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3]
改定 1.52023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ACETYLCHOLINESTERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,84714
ポリマ－61,3251
非ポリマー52113
水3,315184
1
A: PROTEIN (ACETYLCHOLINESTERASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (ACETYLCHOLINESTERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,69328
ポリマ－122,6502
非ポリマー1,04326
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area3080 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area37560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.560, 111.560, 137.002
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ACETYLCHOLINESTERASE)


分子量: 61325.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: NERVE AGENT GD (SOMAN) COVALENTLY BOUND TO CATALYTIC SERINE (SER200)
由来: (天然) Torpedo californica (エイ) / 器官: ELECTRIC ORGAN / Variant: G2 FORM / 組織: ELECTROPLAQUE / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 10 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-VXA / METHYLPHOSPHONIC ACID ESTER GROUP


分子量: 79.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O2P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細GD (SOMAN) HAS UNDERGONE DEALKYLATION AND THE PINACOLYL GROUP IS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON ...GD (SOMAN) HAS UNDERGONE DEALKYLATION AND THE PINACOLYL GROUP IS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS. DUMMY ATOMS NOT USED IN REFINEMENT TO SHOW LOCATION OF TWO DENSITY FEATURES NEAR THE INDOLE RINGS OF TRP84 AND TRP279

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 35-40% W/V PEG 200 0.15M MES PH 6.0 0.05M NACL 4 DEG. CELSIUS , temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 6 / PH range high: 5.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
235-40 %(w/v)PEG2001reservoir
30.15 MMES1reservoir
40.05 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 49048 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.297 / % possible all: 94.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 286328 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.1 % / Rmerge(I) obs: 0.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: 2ACE

2ace


解像度: 2.2→29.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high rms absF: 2163305.5 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: REFINED INITIALLY WITH REFMAC TO AN R OF 23.4 AND RFREE OF 27.9 CONTINUOUS ELECTRON DENSITY FEATURES IN FRONT OF THE INDOLE RINGS OF TRP84 AND TRP279 DID NOT SATISFACTORILY REFINE WITH WATER ...詳細: REFINED INITIALLY WITH REFMAC TO AN R OF 23.4 AND RFREE OF 27.9 CONTINUOUS ELECTRON DENSITY FEATURES IN FRONT OF THE INDOLE RINGS OF TRP84 AND TRP279 DID NOT SATISFACTORILY REFINE WITH WATER MOLECULES. THESE FEATURES WERE LEFT EMPTY DURING REFINEMENT, BUT THEIR POSITIONS ARE INDICATED IN THE MODEL BY OXYGEN ATOMS WITH ZERO OCCUPANCY (RESIDUES 1000 - 1009)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 2460 5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs-48792 96.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.78 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.77 Å23.42 Å20 Å2
2--7.77 Å20 Å2
3----15.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4174 0 42 184 4400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.22
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 398 5.1 %
Rwork0.264 7455 -
obs--94.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE.PARAMSOMAN.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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